索马里的海军组建于1964年2月10日；早在独立前，意大利殖民者就在索马里有组建海上巡逻部队。
索马里海军部队的成立由苏联主要支援，在位于亚丁湾的索马里北部沿海城市柏培拉和南部位于印度洋、与肯尼亚接壤的索马里第三大城市基斯马尤建立了海军基地，在梅尔卡建立有海军雷达站，并开始装备183型鱼雷艇。
↑索马里海军部队军徽
1977年，由于欧加登战争，索苏关系恶化，索马里方面终止了所有与苏方的合约，驱逐苏方军事顾问。
↑停泊的两艘索马里海军205蚊子级导弹艇，1983年8月
到1990年，索马里海军的库存为2艘蚊子级鱼雷艇、4艘胡蜂级导弹艇、一艘波尔诺克尼级登陆舰以及4艘小型登陆艇和若干小型巡逻艇。
1991年初索马里民主共和国政府垮台后，一些舰只逃亡至也门南部的亚丁避难，随后可能加入也门海军中服役。
现在，比起索马里海军，更容易想到的恐怕还是索马里海盗。
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