国自然热点:北京生命科学研究所/清华大学生物医学交叉研究院蒋辉团队揭示FBXL4抑制线粒体自噬机制

文摘   2024-12-16 20:01   上海  

线粒体自噬(Mitophagy)是一种通过去除功能失调或过量的线粒体,达到线粒体质量和数量控制的重要机制。线粒体自噬缺陷与神经变性、衰老、癌症和其他病理生理状况有关。哺乳动物已经进化出多条线粒体自噬途径,主要包括PINK1-Parkin 途径、线粒体自噬受体BNIP3和FUNDC1介导的缺氧诱导线粒体自噬和NIX介导的线粒体自噬等,然而线粒体自噬的调控机制和病理意义仍然知之甚少。

2023年7月3日,北京生命科学研究所/清华大学生物医学交叉研究院蒋辉实验室,在The EMBO Journal(IF:9.4)杂志上发表名为“A mitochondrial SCF-FBXL4 ubiquitin E3 ligase complex degrades BNIP3 and NIX to restrain mitophagy and prevent mitochondrial disease”的文章。该研究通过线粒体靶向CRISPR敲除筛选基础线粒体自噬调节因子鉴定出FBXL4,并发现在Fbxl4 KO细胞和小鼠体内的线粒体自噬过度激活,进一步遗传和生化特征表明,FBXL4是一种线粒体泛素E3连接酶,通过降解线粒体自噬受体BNIP3和NIX来抑制线粒体自噬。敲除Bnip3或Nix均可抑制过度活跃的线粒体自噬,纠正代谢紊乱,拯救Fbxl4-/- KO小鼠的生存能力。


主要内容

1. 线粒体靶向CRISPR-Cas9筛选线粒体自噬调节因子

首先,为了监测细胞的线粒体自噬水平,研究者使用了mitoQC报告基因,该报告基因表达靶向线粒体外膜的GFP-mCherry串联蛋白。在正常条件下,GFP和mCherry都正常发挥功能;当线粒体被溶酶体吞噬时,GFP被酸性pH淬灭,而mCherry保持完整。研究者建立了HeLa四环素诱导的mitoQC(TO-mitoQC)报告细胞系,并将其与Cas9和靶向核编码线粒体基因的自定义sgRNA文库结合,通过多西环素诱导mitoQC的表达。通过FACS测量mCherry/GFP荧光强度比率分析线粒体自噬水平,并对高和低线粒体自噬水平的细胞进行分选和测序。
接下来,研究者使用mtKeima报告基因(一种pH敏感蛋白,靶向线粒体基质)进一步分析线粒体自噬。Knockout实验显示PPTC7、MFN2和FBXL4的敲除诱导线粒体自噬,而TMEM11和MARCH5的敲除则没有影响。FBXL4-KO细胞的线粒体自噬水平通过FACS和荧光显微镜分析进一步验证,发现这些细胞的线粒体自噬显著增加,并且通过重新表达FBXL4-FLAG能够恢复这些表型。此外,敲低关键自噬基因FIP200和Beclin1可以阻止FBXL4-KO细胞中的线粒体自噬。研究者还使用mCherry锚定线粒体外膜生成另一个线粒体自噬报告基因,免疫印迹分析显示FBXL4-KO细胞中约15%的报告基因被切割,相比之下,WT细胞中仅有3.2%。FBXL4-KO细胞中线粒体蛋白水平下降,通过重新表达FBXL4或敲除自噬基因BECLIN1可以恢复这些蛋白水平。总之,FBXL4-KO在HeLa细胞中过度激活线粒体自噬。

图1 线粒体靶向CRISPR-Cas9筛选Mitophagy调节因子


2. FBXL4缺失转录后上调BNIP3和NIX过度激活线粒体自噬

为了揭示FBXL4缺失细胞中过度活跃的线粒体自噬的分子机制,研究者使用MitoCarta2.0 sgRNA文库和mtKeima报告基因进行了反向筛选。结果显示,BNIP3和NIX两个线粒体自噬受体的敲除抑制了FBXL4缺失引起的线粒体自噬。此外,免疫印迹分析显示FBXL4缺失显著增加了BNIP3和NIX蛋白水平,但mRNA水平下降了50%。这些异常的线粒体自噬受体调节在FBXL4-FLAG重新表达后得到恢复。接下来,研究者分别在野生型和FBXL4缺失的HeLa细胞中敲除了BNIP3和NIX。通过荧光成像和FACS分析发现,单独敲除BNIP3或NIX部分抑制了线粒体自噬,而双敲除完全阻止了FBXL4缺失细胞中的线粒体自噬。因此,FBXL4缺失通过BNIP3和NIX过度激活了线粒体自噬。此外,MTCH2的敲除也抑制了FBXL4缺失细胞中的线粒体自噬。免疫印迹分析显示,MTCH2敲除减少了野生型和FBXL4缺失细胞中BNIP3和NIX的蛋白水平。这些结果说明持BNIP3和NIX调节FBXL4缺失细胞中过度线粒体自噬。

图2 FBXL4缺失转录后上调BNIP3和NIX过度激活线粒体自噬


3. FBXL4是一个完整的线粒体外膜蛋白

为了探究FBXL4如何调控BNIP3和NIX,研究者确定了FBXL4在线粒体中的亚定位。通过从稳定表达FBXL4-FLAG的HeLa细胞中纯化线粒体,并使用不同的线粒体制备进行蛋白酶K消化实验,发现FBXL4是线粒体外膜蛋白。随后通过碱性提取实验,证实了FBXL4是一个整合线粒体外膜蛋白。研究者使用DAS跨膜预测服务器分析FBXL4蛋白序列,预测其N端包含一个跨膜域(TMD)。通过将FBXL4的N端不同截断序列与RFP融合,分析这些融合蛋白的亚细胞定位,免疫荧光成像和蛋白酶K消化实验显示,氨基酸1-23序列将FBXL4定位于线粒体外膜。因此,FBXL4是一个由N端氨基酸1-23靶向的N-锚定线粒体外膜蛋白。

图3 YRDC对GSC的维持和翻译至关重要


4. FBXL4形成SCF-FBXL4泛素E3连接酶复合物,泛素化和降解BNIP3和NIX

为了明确FBXL4如何调控BNIP3和NIX,研究者发现FBXL4含有F-盒结构域和C端富含亮氨酸重复序列(LRR)。通过免疫共沉淀实验,确定了FBXL4与Skp1和Cullin1形成了SCF-FBXL4泛素E3连接酶复合物,并与线粒体外膜上的UBXD8-VCP复合物关联。敲除F-盒或突变关键残基破坏了FBXL4与Skp1和Cullin1的相互作用。研究进一步显示,FBXL4与BNIP3和NIX关联,并通过泛素化途径调控其降解。在FBXL4缺失的HeLa细胞中,BNIP3和NIX的蛋白水平显著增加,但mRNA水平未变。重新表达WT FBXL4可以恢复BNIP3和NIX的蛋白水平,但F-盒突变体则不能。这表明,FBXL4通过其Fbox介导的SCF复合物发挥作用。为了验证BNIP3和NIX是否是SCF-FBXL4复合物的底物,研究者在FBXL4缺失的HeLa细胞中敲入了3×FLAG标签。结果显示,WT FBXL4可以泛素化BNIP3和NIX,而F-盒突变体则不能。显性负性Cullin1的过表达在WT细胞中增加了BNIP3和NIX的蛋白水平,并激活了线粒体自噬。综上所述,这些结果表明BNIP3和NIX是SCF-FBXL4复合物的底物,FBXL4通过泛素化途径调控降解,从而影响线粒体自噬。

图4 FBXL4形成SCF-FBXL4泛素E3连接酶复合物,泛素化和降解BNIP3和NIX


5. FBXL4的致病性突变破坏了SCF-FBXL4复合物的组装,损害了BNIP3和NIX的降解,引起线粒体自噬过度激活。

为了研究患者来源的FBXL4突变是否影响线粒体自噬,研究者从文献中收集了10个突变。通过AlphaFold2预测FBXL4的三维结构,发现这些突变位于“富含β-折叠”域或LRR域。将这些突变引入FBXL4-缺失细胞,结果显示,除了G149R突变外,所有突变都无法降低BNIP3和NIX的水平,也不能抑制过度活跃的线粒体自噬。进一步的免疫沉淀实验表明,这些突变体无法有效泛素化和降解BNIP3。为了明确这些致病突变如何影响SCF-FBXL4的功能,研究者首先检测了底物结合情况。结果显示,突变体与底物BNIP3和NIX的结合量与野生型相似。接着,研究者检测了突变体与Skp1的相互作用,结果也显示相似的结合量。为了分析SCF-FBXL4复合物的完整性,研究者使用可逆交联剂DSP进行化学交联并进行质谱分析。结果表明,V104A和I551N突变体与Cullin1的相互作用减少,表明这些突变体影响了SCF-FBXL4复合物的组装。进一步的交联和免疫沉淀实验发现,所有突变体与Skp1的结合量相似,但与Cullin1的结合量减少。综上所述,FBXL4的致病突变通过破坏SCF-FBXL4复合物的组装,影响BNIP3和NIX的降解。

图5 FBXL4的致病性突变破坏了SCF-FBXL4复合物的组装,损害了BNIP3和NIX的降解,从而过度激活了线粒体自噬


6. 在小鼠体内Fbxl4缺失会增加BNIP3和NIX的蛋白水平并且过度激活线粒体自噬

为了验证在体内环境中FBXL4是否调节BNIP3和NIX分子,以及线粒体自噬,研究者制备并且表征了Fbxl4缺失小鼠。实验结果显示,敲除Fbxl4后,发现小鼠特定部位存在BNIP3和NIX的积累,以及肌肉、心脏、肾脏、肝脏和肺部的线粒体蛋白显著减少,表明其体内线粒体质量减少。由于BNIP3和NIX是促凋亡的BH3-only蛋白,进一步实验发现BNIP3和NIX的积累不会引起凋亡。之后研究者设计了一种腺相关病毒(AAV)载体,探究Fbxl4缺失小鼠体内线粒体自噬水平,发现递送FBXL4在AAV递送45天后提高了BNIP3和NIX的蛋白水平,并且存在更高的线粒体自噬水平。

图6 在小鼠体内Fbxl4缺失会增加BNIP3和NIX的蛋白水平并且过度激活线粒体自噬


7. 敲除Bnip3或Nix拯救Fblx4-/-小鼠


为了确定过度激活的线粒体自噬是否会导致Fbx14 -/-小鼠的围产期死亡,研究者们通过在Fbx14 -/-小鼠中敲除Bnip3和Nix,分析小鼠存活率、发育能力、线粒体蛋白含量和肝脏代谢物,发现能改善小鼠的存活率、发育迟缓、线粒体蛋白减少和代谢紊乱的障碍。

图7 敲除Bnip3或Nix拯救Fblx4-/-小鼠


研究总结

本研究发现,FBXL4形成了一种线粒体SCF-FBXL4泛素E3连接酶复合物,该复合物通过降解线粒体自噬受体BNIP3和NIX,避免线粒体自噬的过度激活,从而防止过度的线粒体丧失和小鼠围产期死亡。FBXL4突变导致脑病性线粒体DNA耗竭综合征13型(MTDPS13),通过此研究为该疾病的致病机理和治疗提供新的见解。



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