摘要
PCV-2被认为是世界范围内影响猪场经济效益的病原体之一。最近，在受不同疾病影响的猪和健康动物中发现了PCV-3。本流行病学调查的目的是评估9个欧洲国家猪场中PCV-2和PCV-3的检出率。此外，第二个目的是评估在研究农场中发现的最常见的PCV-2基因型。每个国家2 ~ 11个猪场，每个猪场采集5 ~ 10头猪血清。采用常规PCR方法对来自西班牙(n = 11)、比利时(n = 10)、法国(n = 8)、德国(n = 8)、意大利(n = 7)、丹麦(n = 8)、荷兰(n = 5)、爱尔兰(n = 5)和瑞典(n = 2) 64个猪场的624头10 - 25周龄育肥猪血清进行分析。此外，每个养殖场通过ORF2基因测序对1-2个PCV -2阳性样本进行基因分型。对Ct值相对较低的PCV-3 PCR阳性样本进行测序和系统发育分析。除瑞典外，其他8个国家的猪血清中均检测到PCV-2 DNA。624份血清中有132份(21%)呈PCV-2 PCR阳性，场阳性率为47%（30/64)。624份血清中有52份(8%)检测到PCV-3 DNA，场阳性率也是47%（30/64)。48份PCV-2 PCR阳性样本成功测序并分型，其中PCV-2d基因型最多(28份)，其次是PCV-2b(11份)和PCV-2a(9份)，这些结果表明PCV-2d是目前欧洲最流行的基因型。PCV-3系统发育分析显示，来自所有调研国家的序列具有较高的同源性(>98%)。相对较低的混合感染(3%)可能表明PCV-2和PCV-3的独立传播模式。结果
PCV-2和PCV-3检测
在分析的624份血清中有132份(21%)检测到PCV-2 DNA，场阳性率为47%（30/64)。在所有调研国家的不同比例的猪中检测到病毒基因组，从荷兰的6%（3/50）到法国的70%(47/67)不等。瑞典是唯一一个在两个调研猪场中未检测到PCV-2 DNA的国家(表1)。在624份研究的血清中，有52份(8%)发现了PCV-3 DNA，这些血清也来自64个调研农场中的30个农场(47%);PCV-3 PCR阳性率在爱尔兰(2/50)和意大利(3/67)分别为4%，荷兰和瑞典分别为14%(7/50)和15%(3/20)(表1)。仅3%(16/624)的检测血清对两种病毒均呈阳性，场阳性率为20%(13/64)。在德国、荷兰和瑞典这三个国家的样本中没有发现混合感染的证据(表1)。表1 PCV-2和PCV-3在每个国家猪场和血清样本的PCR阳性率
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FARMS：猪场；SAMPLES：样本；Co-infection：混合感染；
SP：西班牙；BG：比利时；FR：法国;GER:德国；IT：意大利；DK：丹麦；NE：荷兰；IR：爱尔兰；SW：瑞典。
PCV-3阳性样品中的病毒载量很低，范围在0.97-3 Log10拷贝/μl之间，51个阳性样品中有18个低于该技术的定量范围(1-10 DNA拷贝/μl)，1个阳性样品由于没有更多的血清样品和DNA而无法进行定量测试。测序和系统发育分析
对60份PCV-2 PCR阳性样本中的48份进行了cap基因测序和分型。其中9个序列对应于PCV-2a基因型(18.7%)，11个序列对应于PCV-2b基因型(22.9%)，28个序列对应于PCV-2d基因型(58.3%)(图1和表2)。值得注意的是，一个法国农场(FR4)同时感染了PCV-2a和PCV-2b两种不同的基因型。![]()
表2不同国家PCV-2每种基因型的数量
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对于PCV-3，采用qPCR进行筛选，以选择来自不同国家的病毒载量最高的样本(n = 16)。得到的Ct值范围为32-27，分别对应于1.6-3 Log 10 PCV-3 DNA拷贝/µl。由于样本中的病毒载量较低，不可能获得完整的基因组序列;然而，从16个样本中的15个恢复了1,902个核苷酸长度序列，并用于进行系统发育分析。本研究获得的PCV-3序列之间的同源矩阵为98.9% ~ 100%，与GenBank(2019年7月)相同长度的所有255篇文献比较，相似度为96.7% ~ 100%。根据Fux(2018)提出的进化支分类和氨基酸标记位置，8个样本聚在a1亚群中，2个聚在a2亚群中，5个聚在b1亚群中(图2)。![]()
图2采用邻域连接(NJ)方法和p-distance模型构建了PCV-3的系统发育树。15个PCV-3测序样品用红色标记，并遵循“Country_Farm_Sample”代码。作为比较分析参考的基因组用黑色标记。蓝色、橙色、绿色和粉色表示Fux等人(2018)提出的亚型。
文章来源：
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翻译：王圣伟；编辑：王瑞爱
