毕业神刊投稿上大分!武汉协和医院二次分析王炸组合“单细胞+空间转录组”数据,多点开花拿捏“0经费”的你!

学术   2024-11-13 19:00   上海  
好久没分享黄金搭档“单细胞+空间转录组”的文章了,主要原因呢是大家纷纷后台反馈测序太贵了,经费烧不起啊,所以这类文章思路大家复现不了!但是今天小云发现的这篇组合文章一定要拿出来说道说道,毕竟他一下解决了大家“没钱”的烦恼,文章还发表在6.1分的Journal of Translational Medicine上,这性价比也是拉满了!
顺带提一下期刊吧,Journal of Translational Medicine目前还接收纯生信文章,对于生信相关的研究持开放、积极的态度~并且有一定的发表量,且年发文量稳定。当然如果你的文章有少量实验验证(简单表达水平验证),期刊可能会更加青睐。值得一提的是,该刊审稿速度相对较快,平均2.33月,简直不要太香!可以称得上毕业神刊了!毕竟最近科睿唯安杀红眼了,一大批神刊“on hold”,咋也得转战其他神刊了,所以大家视情况可以投起来哈~
下面言归正传看文章,文章是武汉协和医院发表的研究论文,该研究通过分析公共的单细胞和空间转录组数据,深入探讨了B细胞的亚群分布、分化轨迹以及与肿瘤细胞的相互作用,无任何测序成本;通过简单高效的小鼠模型,不仅进一步验证了免疫靶点的作用,而且增强了文章结论的可靠性和临床转化的可能性想像本文一样把单细胞、空间转录组数据分析运用自如、玩出花来么?或者本文的复现有困难?那就随时联系小云!

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发表时间:2024年8月
研究背景
胃腺癌(GC)是一种全球发病率和死亡率都很高的恶性肿瘤,晚期胃腺癌(AGC)患者的治疗选择有限,预后较差。尽管免疫疗法已成为AGC的一种有力治疗手段,但并非所有患者都能从中获益。研究B细胞与肿瘤细胞之间的相互作用是否影响免疫疗法的有效性,对于改善AGC患者的治疗效果具有重要意义。
研究主要方法及思路
(1)重新分析公开数据集:对公开数据集中的单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学(ST)数据进行重新分析,以探究胃癌(GC)肿瘤免疫微环境(TIME)中B细胞的亚群和分化轨迹;
(2)空间转录组学和多重免疫荧光技术:通过空间转录组学(ST)和多重免疫荧光(mIF)技术揭示了B细胞和肿瘤细胞之间的共定位模式,有助于进一步了解两者之间的相互作用;
(3)多免疫治疗数据集的收集与分析:收集了多个免疫治疗数据集,以识别独特的免疫治疗生物标志物。通过分析这些数据,确定了LAMA/CD44信号轴作为潜在的预后标志物,并通过小鼠胃癌模型验证了靶向CCL28的免疫治疗潜力。
数据来源
研究结果
1. 空间转录组数据分析
通过二次分析ST和mIF数据,发现B细胞通常聚集在不同肿瘤微环境中,表明B细胞与肿瘤细胞之间存在串扰。此外,在胃癌TIME中识别出大量的IgA浆细胞,这些细胞可能通过特定的信号通路被肿瘤细胞招募。
2. 单细胞数据分析
对10名胃癌患者的单细胞转录组数据进行二次分析,发现CCL28主要由肿瘤细胞表达,CCR10主要在浆细胞中表达;mIF验证了免疫治疗反应者(R)和非反应者(NR)之间的CCL28-CCR10轴差异。
3. 胃癌浸润CD20+B细胞表现出两种独特的分化轨迹
拟时序分析发现B细胞分化Lineage1轨迹和Lineage2 轨迹,C1细胞位于细胞轨迹的起点,C4和C5分别位于细胞轨迹的末端,一条走向免疫活性状态,另一条趋于免疫抑制状态,提示GC浸润的B细胞逐渐演化为不同免疫抑制状态下的B细胞
4.LAMA-CD44串扰的预后价值
多个免疫治疗数据集分析发现,LAMA和CD44的串扰和胃癌患者免疫治疗效果和不良预后显著相关,提示其作为免疫治疗疗效的潜在预测标志物。
文章总结
又到了总结的时刻,这次不妨大家自己深挖原文好好总结下?毕竟这篇文章真的是复现好文啊!欢迎留言讨论~小云在这就强调一点:文章用到的数据(单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学(ST))等都是公共数据库下载的,没经费测序的你是不是燃起来了?快走捷径用别人测的数据发自己的毕业/晋升好文吧(6.1分的性价比真的很高了)!对了,单细胞+空间转录组分析这么大的工作量一定得用服务器,要不然数据得跑到地老天荒,想试用服务器就速速联系课题师吧!此外,思路欠缺,复现没下文的朋友也可以看过来,专业的事交给专业团队,小云随时待命,万事俱备,就差你啦!

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