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题目：从类风湿关节炎到骨质疏松转变的细胞凋亡相关遗传机制：生物信息学和功能分析方法关注公众号，后台发送“123”可以直接获取原文PDF，文献编号：241112
骨质疏松症（OP）和类风湿性关节炎（RA）是两种普遍存在且相互关联的疾病，全球健康负担日益加重。导致RA和OP进展的一个关键过程是细胞凋亡或程序性细胞死亡。具体而言，RA中浸润关节组织的免疫细胞释放促炎细胞因子，促进骨形成细胞凋亡，导致骨密度和强度降低。尽管对这些过程有一定的了解，但将细胞凋亡与从RA到OP的进展联系起来的确切的遗传和分子途径仍然不清楚。本研究的目的是探讨糖皮质激素诱导的骨质疏松症（OP）和类风湿关节炎（RA）的机制，重点关注细胞凋亡及其在RA向OP发展过程中的作用。研究结果
首先从GEO数据集GSE12021 （RA）和GSE56814 （OP）中收集差异表达基因（DEGs）。对数据集GSE12021进行差异分析，鉴定出2660个p值小于0.05的基因。在GSE12021中，通过WGCNA分析，筛选出p值小于0.05的模块，得到1571个与RA相关的模块基因。OP的GSE56814数据集通过差异表达分析发现了418个关键基因。 接下来鉴定RA和OP共有的基因，确定了418个关键基因。将RA的差异表达基因、RA的WGCNA模块相关基因和OP的差异表达基因进行交集分析，最终鉴定出23个关键基因进行进一步分析。 对23个关键基因进行富集分析。GO分析结果表明，这些关键基因主要富集于细胞器遗传、高尔基遗传和骨化等途径。KEGG富集结果表明，这些关键基因主要集中在破骨细胞分化和MAPK信号通路等通路中。 为了进一步探索从RA到OP的机制，将这些关键基因与凋亡相关基因取交集，探讨凋亡相关基因在这两种疾病中的作用。鉴定出10个关键基因，并进行了蛋白-蛋白相互作用分析来研究这些基因及其相关蛋白。在OP数据集上使用LASSO筛选上述10个关键基因，从中确定了6个关键基因，即BRD4、MMP14、NR4A1、ATXN2L、NFKB2和ACIN1。随后进行随机森林分析，鉴定出10个关键基因。此外，在RA数据集中细化了这10个关键基因的筛选。通过LASSO分析，鉴定了四个关键基因：MMP14、ATXN2L、MAVS和JUNB。随机森林分析得到前10个关键基因。通过取交集确定了两个关键基因：ATXN2L和MMP14。 此外，作者对这两个关键基因进行了GSEA分析，以探索其潜在的通路。GO分析结果显示，ATXN2L在GOBP_PLATELET_DEGRANULATION和GOCC_AZUROPHIL_GRANULE中显著富集。ATXN2L的KEGG分析结果显示KEGG_CITRATE_CYCLE_TCA_CYCLE和KEGG_GLUTATHIONE_METABOLISM显著富集。对于MMP14， GO分析结果显示GOBP_DETECTION_OF_CHEMICAL_STIMULUS和GOBP_MYELOID_LEUKOCYTE_MEDIATED_IMMUNITY显著富集。MMP14的KEGG分析结果显示，在KEGG_LYSOSOME和KEGG_NEUROACTIVE_LIGAND_RECEPTOR_INTERACTION中显著富集。 将选择的关键基因与GSE56814的免疫浸润结果进行相关性分析。发现ATXN2L与B细胞naïve、T细胞CD4记忆激活、T细胞调节Tregs呈正相关，而MMP14与B细胞记忆呈正相关，与T细胞CD4记忆静息负相关。此外，T细胞CD4记忆静息和肥大细胞静息在疾病组和正常组之间存在显著差异。 最后，进行ROC性能评价，发现ATXN2L的AUC值为0.667，MMP14的AUC值为0.649，表明诊断性能良好。作者还构建了蛋白质相互作用网络，并预测了与这两个关键基因相关的miRNA相互作用网络。 文章小结
总之，ATXN2L和MMP14基因可能在骨质疏松症和RA的发病机制中发挥重要作用，为今后的研究提供了新的视角和潜在的治疗靶点。这篇文章用到的分析都是咱们最常见的，非常容易复现。只有确定好选题、选好杂志，纯生信想发高分依然可以轻松实现！抓紧联系小云定制属于你的专属分析方案吧~需要试用服务器的宝子也可以直接滴滴哦~
