钯催化2,4-二卤嘧啶的C2-选择性C-S偶联反应

学术   2025-01-27 08:31   上海  

导读
嘧啶是生物活性小分子(如药物和农药)中常见的结构骨架,也是具有重要价值的有机材料。嘧啶在生物活性化合物中具有特殊作用并广泛存在于自然界中。特别是,核酸碱基(DNA的组成部分)就是嘧啶衍生物。在小分子药物中,大多数嘧啶骨架在2-和4-号位上被取代。因此,发展可以使这些位点官能团化的合成策略具有很高的应用价值。简单易得的2,4-二氯嘧啶是2,4-双官能化嘧啶衍生物的重要前体。然而在交叉偶联和亲核芳香取代(SNAr)中,这些底物通常在C4发生反应,生成区域异构体B。最近,美国蒙大拿州立大学Montana State University)Sharon R. Neufeldt课题组报道了由氮杂卡宾配体配位的Pd(II)预催化剂可以独特地影响2,4-二氯嘧啶与硫醇的C2-选择性交叉偶联。该反应的区域选择性与先前报道的约1500个钯催化交叉偶联反应的C4-选择性形成鲜明对比。作者所报道的催化体系的位点选择性对Pd(II)预催化剂的结构极为敏感,这主要是由于竞争性的C4-选择性亲核芳香取代的存在。大多数一级硫醇和硫酚具有很高的C2-选择性,并且可以兼容一系列取代的二氯嘧啶(Scheme 1)

(Scheme 1,图片来源:J. Am. Chem. Soc.

成果
首先,作者以2,4-二氯嘧啶1和硫醇作为模板底物对此转化进行探索(Table 1)。通过一系列条件筛选,作者发现当使用催化剂5a (2 mol%), K3PO4 (2.0 equiv), 在MeCN 中0 ℃反应3小时可以以90%的产率, >99:1的C2-选择性得到相应的产物2a

(Table 1,图片来源:J. Am. Chem. Soc.

在得到了最优反应条件后,作者对此环化的底物范围进行了考察(Figure 1)。实验结果表明,一系列不同取代的嘧啶和硫醇均具有良好的兼容性,以中等至良好的产率和良好的选择性得到相应的产物11a-38a。其中包括酯基、卤素、烷基、三氟甲基、硝基、硅基等一系列官能团均可兼容,证明了此转化的实用性。

(Figure 1,图片来源:J. Am. Chem. Soc.

为了证明这种C2-选择性硫化过程的实用性,作者利用该反应实现了一种逆转录酶抑制剂PNU-142721的类似物的制备(Scheme 2)。与之前所报道的合成方法相比,此C2-选择性硫化过程可以以更短的路径实现合成,从而避免了POCl3的使用,并可以获得更广泛的硫醚衍生物。

(Scheme 2,图片来源:J. Am. Chem. Soc.

接下来,作者探索了使用Pd/NHC预催化剂(如5a)所得到的不寻常选择性的根源。作者之前已经表明,大位阻的NHC配体可以反转二氯杂芳烃4849在C-C交叉偶联中的传统位点选择性(Figure 2A)。这与配体控制的发散选择性主要取决于键强度和前沿分子轨道系数产生互补影响。对于大体积的NHC配体,4849中氮远端的C-Cl键的非常规选择性反应归因于单配位的12e-PdL的氧化加成。PdL偏向于在LUMO系数较大的位点(对这些底物来说是氮的远端)发生反应,这是因为PdL更倾向于氧化加成机理。另一方面,双配位14e-PdL2的位点选择性随着键强度的增加而增加,当14e-PdL2发生氧化加成时,可以看到接近氮的较弱的C-Cl键的常规选择性。然而,2,4-二氯嘧啶1不符合4849的模式。对于底物1,C-Cl键强度和LUMO系数都有利于在同一位点(C4)发生反应,表明14e-和12e-Pd都有利于常规C4位点的反应。


事实上,DFT计算表明PdL(L = IPr)和[Pd(L)(L ')](L = IPr, L ' = SMe)应该更倾向于插入C4-Cl(Figure 2B,比较TS50aTS50b和比较TS51aTS51b)。这一预测与作者使用预催化剂5a的实验结果不一致,尽管它与先前报道的C4选择性交叉偶联的文献一致。似乎硫醇本身对独特的C2-选择性至关重要:使用类似条件但不加硫醇的Suzuki偶联反应可以得到C4-芳基化产物(Figure 2C)。然而,在Figure 2C的Suzuki反应中加入硫酚并没有改变芳基化的选择性。


此外,作者没有发现任何证据表明该反应是在热力学控制下的,即使是在与硫酚偶联的高温反应条件下。作者预测C2取代产物并不比C4取代的区域异构体更稳定(Figure 2D)。此外,将C4偶联产物(如31b)重新置于催化反应条件下,即使存在氯源(如1),也不会导致任何C2偶联产物31a的异构化(Figure 2E)。

(Figure 2,图片来源:J. Am. Chem. Soc.



总结
美国蒙大拿州立大学Sharon R. Neufeldt课题组报道了首例不依赖于底物控制的2,4-二氯嘧啶的C2选择性交叉偶联反应。含有IPent配体的钯配合物对于促进C2选择性是最佳的,尽管这种选择性高度依赖于PdII预催化剂的结构。许多硫醇和取代的2,4-二卤嘧啶在反应中普遍具有良好的C2选择性,但大位阻的硫醇和一些取代的嘧啶则有利于C4偶联。至少在某些情况下,C4选择性SNAr可能会优先于预期的催化发生。初步的机理研究表明,硫醇偶联配偶体是C2选择性的重要因素,且催化硫化条件下的C-Cl裂解不太可能通过传统的氧化加成机理进行

论文信息

Oliver D. Jackson, Albert Reyes, Collin D. Stein, Nathaniel G. Larson, Calvin T. Andrews, Sharon R. Neufeldt*. C2-Selective Palladium-Catalyzed C−S Cross-Coupling of 2,4-Dihalopyrimidines. J. Am. Chem. Soc., 2025, https://doi.org/10.1021/jacs.4c17020.



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