目前认为锥虫的致病作用主要是一种免疫病理反应。
锥虫的抗原可分为两类：
一类是体抗原，是由虫体内的各种酶、核蛋白和结构蛋白组成，是不同株或不同种锥虫的共同抗原，它与保护性免疫无关，仅用于免疫诊断；
另一类是表面抗原，又称变异体(variant)--VSG，是由虫体表面主要成分构成，属糖蛋白，可诱发宿主产生有保护作用的特异性抗体，虫体在血液中增殖的同时，宿主也产生相应的抗体。
锥虫在血液中寄生，迅速增殖，产生大量有毒代谢产物，宿主产生的抗体使锥虫溶解死亡释放出毒素。
毒素作用首先使中枢神经系统受损伤，引起体温升高、运动障碍、造血器官损伤贫血、红细胞的溶解，出现贫血与黄疽；
血管壁的损伤导致皮下水肿；
肝脏损伤及虫体对糖的大量消耗，造成低血糖症和酸中毒现象。
临床症状和病变因各种家畜的易感性不同而表现各异。
马属动物常呈急性发作，潜伏期5~11d，体温变化是本病的重要标志，病马呈间歇热型，体温突然升高到40℃以上，稽留数日后短时间间歇，再度发热，如此反复。
发热期间，食欲减退，精神不振，呼吸急促，脉搏频数，间歇期则以上症状缓解或消失。反复数次后，病马逐渐消瘦，被毛粗乱，眼结膜初充血，后变为黄染，最后苍白，在结膜、瞬膜上可见米粒大至黄豆大的出血斑，眼内常附有浆液性到脓性分泌物。
体表水肿为本病常见症状之一。发病后6~7d，水肿多见于腹下、胸前。疾病后期病马精神沉郁，昏睡，行走摇摆，步态强拘，尿量减少，尿色深黄黏稠。体表淋巴结轻度肿胀。末期出现神经症状至死亡。
血液检查红细胞急剧下降。锥虫出现似有周期性，且与体温的变化有一定关系，在体温升高时较易检出虫体。
◆综合诊断：
根据流行病学、临诊症状、病理变化、血液学检查和血清学检查进行综合判断。在流行地区的多发季节，首先注意体温变化，如同时出现长期瘦弱、贫血、黄疸，瞬膜上常可见出血斑，体下垂部水肿，可疑为本病。
◆血液学检查：
以在血液中查出病原为确诊依据。注意虫体在末梢血液中周期性出现，体温升高时易检出，因此须多次检查。
◆压滴标本检查：
在耳静脉或其他部位采血1滴，加等量生理盐水镜检，注意用较暗视野，如发现血浆内有活动的虫体则为阳性。
◆涂片标本检查：
制成血片后，以姬姆萨或瑞氏染色法检查。
◆集虫法：
利用锥虫比重与白细胞相似特点，离心后虫体位于红细胞沉淀的表面，此法可提高虫体检出率。
◆动物接种试验：
接种用血液、穿刺液或集虫后病料给小白鼠腹腔接种，2~3d后每天检查，观察半个月，此法检出率极高。
◆血清学诊断：
早期推广使用补体结合反应；
近年来用间接血凝反应，该法敏感性高，操作简单，在人工接种后1周左右，即呈现阳性，并可维持到4~8个月；
此外尚有ELISA和PCR诊断方法。
须认真贯彻预防为主的方针，着重抓好消灭病原、扑灭虻蝇和防护畜体等。
要做到早发现病畜，及时治疗；
长期外出及由疫区调入的家畜要先隔离；
搞好环境和畜舍卫生,消灭虻、蝇等吸血昆虫；
治疗本病的要点是：
◇ 治疗要早；
◇ 药量要足；
◇ 观察时间要长；
◇ 病马在临床治愈后4~14周方可使役。
(1)萘磺苯酰脲商品名为纳加诺、拜尔205、苏拉灭。
以生理盐水配成10%溶液，静脉注射，用量为每100kg体重1g(极量为4g)，1个月后再治疗1次。用药后个别病畜有体表水肿、口炎、肛门及蹄冠糜烂、行、荨麻等副作用，可静脉注射下列药物缓解：CaCl10g、苯甲酸钠咖啡因5g、葡萄糖30g、生理盐水1000mL混合，静脉注射，每天1次，连用3d。
(2)喹嘧胺商品名安锥赛。
有2种盐类，即硫酸甲基喹嘧胺和氯化喹嘧胺。前者易溶于水，易吸收，用药后很快收到治疗效果；后者微溶于水，吸收缓慢，但可在体内维持较长时间，达到预防目的。一般治疗多用前者，按每千克体重2mg，溶于注射用水内，皮下或肌肉注射。预防时用喹嘧胺预防盐，国外生产有2种不同比例的产品，由硫酸甲基喹嘧胺和氯化喹嘧胺溶合而成，其混合比例为3:2或3:4，使用时应以其中硫酸甲基喹嘧胺含量计算用量，可同时收到治疗及预防效果。
(3)三氨脒商品名贝尼尔、血虫净。
以注射用水配成7%溶液，深部肌肉注射，按每千克体重1mg，用生理盐水配成2%溶液，深部肌肉注射。当药液总量超过15mL时应分两点注射。
(4)氯化氮胺菲啶盐酸盐商品名为沙莫林。
是近年来非洲家畜锥虫病常用治疗药，按每千克体重1mg用生理盐水配成2%溶液，深部肌肉注射。当药液总量超过15mL时应分两点注射。
