历史学家黄仁宇以“大历史观”的视角，撰写了《万历十五年》这本深入研究明史的专著。朱翊钧在位的前十年，由于年幼，由其母亲李太后代为听政，太后将所有军政大事交由张居正主持，实施了一系列改革措施，包括一条鞭法，促进了社会经济的显著发展，这一时期被称为“万历中兴”。
然而，张居正去世后，万历十四年（1586年）十一月，朱翊钧开始沉溺于酒色（或有说法称其染上了鸦片烟瘾）。因立太子之事与内阁争执长达十余年后，他选择三十年不出宫门，不问朝政，不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲。
1589年，朱翊钧不再露面，导致内阁出现了“人滞于官”、“曹署多空”的现象；以至于朱翊钧在位中期以后入中枢的廷臣竟不知皇帝的长相。万历四十年（1612年），南京各道御史上疏指出：“台省空虚，诸务废堕，上深居二十馀年，未尝一接见大臣，天下将有陆沉之忧。”首辅叶向高却说皇帝一日可接见福王两次。
万历四十五年（1617年）十一月，“部、寺大僚十缺六、七，风宪重地空署数年，六科止存四人，十三道止存五人”。囚犯们在狱中长达二十年之久未受审问，他们在狱中用砖头砸自己，辗转在血泊中呼冤。临江知府钱若赓被朱翊钧投入诏狱达三十七年之久，终不得释，其子钱敬忠上疏：“臣父三十七年之中……气血尽衰……脓血淋漓，四肢臃肿，疮毒满身，更患脚瘤，步立俱废。耳既无闻，目既无见，手不能运，足不能行，喉中尚稍有气，谓之未死，实与死一间耳”。宰相李廷机因病，连续上了一百二十次辞呈，都得不到消息，最后他不辞而别。
万历四十年（1612年），吏部尚书孙丕扬，“拜疏自去”。四十一年（1613年），吏部尚书赵焕也“拜疏自去”。
万历中后期长达30年不上朝，却有著名的六准和六不准。
万历不上朝的主要原因是皇权与文官制度发生了剧烈冲突，皇权受到压抑，万历以消极方式对抗。
然而，万历仍有两点值得肯定：
其一，万历皇帝并未因大臣与之作对甚至谩骂皇帝贵妃而杀掉一人，显示出其宽仁的一面；
其二，不上朝并不意味着不办公，万历年间的国家大事小情都是万历处理的，无论是大的如万历三大征，特别是明、日的壬辰战争一直在万历指导下进行，还是小的如利玛窦进京传教，建立教堂，月供乃至墓地都是在万历过问下得以顺利进行的。西方传教士对万历充满敬意好感，东西方文明得以交流，万历在其中起到了相当大的作用。
但是，万历颇有学习其祖父嘉靖皇帝朱厚熜的感觉，但是成长的畸形和个人能力的不足、理念追求的降低，使得万历并没有学到那位“练得身形似鹤形”祖父治国理政的精髓。
“明亡，实亡于万历”这一说法其实是成立的，因为明朝衰弱是个积重难返的过程，但是也分情况，不可能是每一代留下的弊端和问题是那么平均的，很明显万历帝留下的弊端和问题是最大的。
因为一般来说，一位皇帝对于后世造成重要影响，要么需要在位时间很长，要么是不做寻常事，比如大刀阔斧的改革什么的。
很明显万历帝这两样都占了，首先他在位48年，将近半个世纪之久，是明朝在位第一长的皇帝；其次他差不多有30年不上朝，这在明朝乃至各朝各代都是罕见的，虽然不上朝不代表不管事，但万历帝只管大事不管小事，造成的恶劣影响是十分严重的。
以经济财政来说，虽然有张居正改革的底子在，万历初期甚至可以说是中兴，但是也经不起后续折腾，万历三大征耗费本就不少，后来萨尔浒之战失败，使得努尔哈赤崛起，并且是一发不可收拾，从此直到明亡辽东战事都是个无底洞。
以吏治来说，万历帝只管大事不管小事，不只是导致很多关键岗位缺人，更是导致当时官场风气为之一变，是朝纲法纪遭到废弛，是吏治腐败。
以统治集团内部斗争来说，万历帝旷工30年，导致多党并起激斗，他并没有如同祖父嘉靖帝那般在其中寻找平衡感，不使其一家独大，而是使其成为东林党一家独大的情况，使得后面皇帝苦不堪言。
以军事战争方面来说，萨尔浒之战，竟然派杨镐这个抗倭援朝战场上的败军之将为主帅，焉能不败？ 可以说就是万历帝的错误，一手导致了努尔哈赤崛起，并且成为明朝的心腹大患。
以培养接班人来说，万历帝喜欢皇三子朱常洵，不喜欢皇长子朱常洛，想要改立太子，结果大臣不同意，万历帝干脆以不上朝偷懒方式抗争。
明光宗泰昌皇帝朱常洛
虽然最后明确立皇长子朱常洛为太子，但是万历帝多少有些自暴自弃，甚至是我死后哪管洪水滔天的意思，对于朱常洛的培养根本不上心，不培养他的班底不说，还近乎是不闻不问的态度。对于后期朱常洛的发展造成了极大的困难。
当然，一个王朝的衰亡是方方面面的，这里只是做个讨论，并非归结一家。
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