纯生信47天冲进Q1区7.7分！这才是当下极品毕业神刊！分析方法全是老“套路”，出奇制胜就因为选题牛！

学术 2024-10-30 19:00 上海

2024了，这个研究还能采用最最最传统的生物信息学方法，拿下IF:7.7分的一区Int J Biol Macromol。这个杂志发文量大，最近接收很多纯生信或加了简单验证基因表达PCR实验的文章，TOP期刊，但是国内关注人数不算太多，投稿机会可能大噢，做单分子分析相关可以大胆一试。有这样一篇文章作为基础申报课题也是一个非常不错的选择，果叔整理了期刊基础信息供参考~

期刊全称：INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES

下面，果叔直接拿出一篇该期刊近期最新纯生信佳作跟大家分享一波。文章题目：Structure of POU2AF1 recombinant protein and it affects the progression and treatment of liver cancer based on WGCNA and molecular docking analysis。作者利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）和分子对接分析，主要研究了POU2AF1重组蛋白的结构特征及其与相关蛋白的相互作用，探讨其在肝癌进展和治疗中的作用。这些生信分析方法，能看得出来都是经典中的经典，还能发7+，看来选题上下了不少功夫！还是应了那句话，生信好不好发，纯看选题新不新~PS：时间不够想尝试纯生信或者干湿结合发文？果叔就是你的靠谱第一选择！快速评估方向，为你打造个性化思路设计，快来试试吧！左手服务器，右手猛输出，效率直接拉满！新朋友欢迎随时尝鲜试用噢~

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题目：基于WGCNA和分子对接分析POU2AF1重组蛋白结构及其对肝癌进展和治疗的影响

影响因子：IF=7.7（Q1）

发表时间：2024年10月

公众号后台回复“111”领取文献资料，文件编号：241030

研究背景

肝癌是全球第三大癌症死因，主要包括肝细胞癌（HCC）、肝内胆管癌等类型，其中HCC最为常见。POU2AF1是一种转录因子，在多种癌症中发挥重要的调节作用，但其在肝癌中的作用机制尚不清楚。

数据来源和分析方法

①　从GEO数据库中提取GSE113996和GSE141016数据集的RNA-Seq数据及临床信息，使用limma包识别差异表达基因（DEGs），并进行GO和KEGG功能富集分析。合并数据集后，使用“sva”软件校正批次效应。

②　对合并后的数据集使用WGCNA软件构建基因共表达网络，确定软阈值，识别与肿瘤相关的基因模块。利用GSCA数据库分析枢纽基因对化疗药物的敏感性。

③　以5Z-7-oxozeaenol为配体，与枢纽基因进行分子对接模拟，从PDB和AlphaFold数据库获取基因产物的结构，使用PyMOL、Chem3D等软件进行处理。

都是很传统的生信分析方法，很好复现！有任何问题找果叔帮你答疑解决哦~

研究结果

1.GSE113996数据集的DEGs分析

在GSE113996数据集中，共鉴定出70个差异表达基因（DEGs），其中54个基因表达下调，16个基因表达上调。火山图和热图清晰展示了这些DEGs的表达模式。生物学过程（BP）富集分析显示，这些基因在对其他生物体的响应中显著富集，暗示了它们可能在与外部生物实体的相互作用或响应机制中发挥作用。

2.DEGs的GO和KEGG分析

GO分析显示，这些DEGs在细胞核、CXCR3趋化因子受体结合等分子功能上显著富集，这些功能在免疫细胞信号传导和趋化中至关重要。KEGG通路分析揭示了这些DEGs在免疫反应和炎症中的关键作用，表明它们可能参与调节这些过程。

3.GSE141016数据集的DEGs分析

GSE141016数据集中的DEGs表达模式通过火山图和热图展示，显示了这些基因在免疫反应中的显著富集，表明它们可能在免疫系统功能和响应中发挥作用。

4.DEGs的GO和KEGG分析

GO分析揭示了DEGs在细胞表面成分和细胞因子活性上的显著富集，暗示这些基因可能参与细胞间相互作用和信号传导。KEGG通路分析进一步支持了这些DEGs在免疫反应和炎症过程中的功能角色。

5.合并数据集的WGCNA分析

102个样本被分为四组，包括正常、HBV相关HCC、原发性HCC和转移性HCC。通过WGCNA分析，研究人员识别出与肿瘤显著相关的基因模块，并确定了与各组高度相关的26个基因。

6.POU2AF1作为枢纽基因

Venn分析显示，只有一个基因在DEGs和模块基因中共享。K-M生存分析表明，POU2AF1表达与生存率无相关性，但在HCC组表达下调，在转移性HCC组表达上调。

7.POU2AF1的分子对接分析

GSCA在线分析，POU2AF1蛋白与化合物(5Z)-7-Oxozeaenol之间存在显著正相关。分子对接技术预测了这两种实体之间的分子相互作用，特别是(5Z)-7-Oxozeaenol与POU2AF1的结合稳定性，揭示了它们之间强烈的结合相互作用，为POU2AF1作为治疗靶点提供了科学依据。

研究讨论

lWGCNA可用于识别与肿瘤相关的基因模块和潜在的生物标志物或治疗靶点。

lPOU2AF1在肿瘤细胞中的表达水平与癌症的发展和预后显著相关，可能通过调节特定信号通路和基因转录影响肿瘤细胞的代谢特征和增殖能力。

l肿瘤细胞的代谢模式为糖酵解途径，与正常细胞不同，这种代谢重编程受多种基因调控。

lPOU2AF1可能通过与Oct-1和Oct-2蛋白结合控制基因表达，还可能参与肝癌的发生发展。

文章小结

该研究使用了WGCNA、分子对接、GEO数据库信息、差异基因富集分析、生信分析等经典的生信分析方法。亮点就在于不仅提供了新的理论基础，还为肝癌治疗提供新的概念和靶点，创新性和原创性足够以及有临床意义都是顺利拿下7分+的关键因素。PS：生信分析怎么少的了服务器？快来试试果叔提供的，飞速直达云端处理速度，关键是专人维护，你不用费心，专心处理数据就ok！问题都交给果叔就好啦，欢迎新朋友来尝鲜~

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