来来来，请出咱们的生信顶流种子选手——单细胞数据！不论是自测还是公开数据集，都能帮你文章再上一个档次，这等上分利器，咱们得好好使用不是~
为啥果叔要推荐单细胞？当然因为它百搭啊！在测序方面，单细胞测序能揭示单个细胞的独特信息，提供前所未有的分辨率，帮助大家了解细胞异质性。在数据分析上，可挖掘出丰富的生物学内涵，为疾病机制研究、药物研发等提供关键线索。
浙江大学一附院团队仅采用了15个样本，就拿下了14分+的NC。而且从投稿到接受就用了22天（官方公布时间可是有223天呀），小样本+快速度+顶刊，是谁羡慕了我不说。当然，不得不说，除了研究本身就出色，其团队也相当厉害，他们提供了源数据，大家还可以进行二次分析，不仅资源共享还把复现率大大提高了！
这篇文章题为：Single-cell RNA sequencing reveals the proinflammatory roles of liver-resident Th1-like cells in primary biliary cholangitis，该研究探讨了原发性胆汁性胆管炎（PBC）的发病机制及潜在治疗靶点，主要通过单细胞RNA测序技术揭示肝脏驻留Th1样细胞的促炎作用（这一技术的应用在PBC研究中尚属首次）。博士课题还不知道怎么做设计？跟着脑哥看看，换个疾病这篇到底咋复现吧。PS：课题组或者自己手头有测序数据，别浪费了呀！咱们再个性化深入分析一下，选题方向可能有意外之喜呢！一展数据分析技巧之前，别忘了找果叔把服务器安排到位，工具顺手了，分析就是嘎嘎干！新朋友来试用吧~
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题目：单细胞RNA测序揭示原发性胆道胆管炎中肝脏Th1样细胞的促炎作用
影响因子：IF=14.7
发表时间：2024年10月
公众号后台回复“111”领取文献资料，文件编号：241027
研究背景
PBC是一种慢性自身免疫性肝病，其特征是免疫细胞浸润肝脏，导致炎症、纤维化，甚至肝硬化。尽管现有的治疗手段如UDCA能够缓解部分患者的症状，传统检测方法难以全面解析其局部肝脏免疫发病机制，单细胞RNA测序技术为研究提供了可能。这时候生信就派上用场了，临床提出问题，生信提供解决方案~
样本来源和研究方法
团队获取了5例PBC患者、5例肝血管瘤患者和5例健康供体的肝脏组织及外周血单个核细胞（PBMC）进行单细胞RNA测序。
运用10× Genomics Chromium Single Cell 3' Reagent Kits v3构建单细胞RNA测序文库，采用Cellranger、Seurat、Harmony等软件进行数据处理和分析，通过多种算法和统计方法识别细胞类型、分析差异表达基因、探究细胞间通讯和转录因子活性等。
研究结果
1.PBC患者肝脏和PBMC的单细胞转录组图谱
研究团队鉴定出了多种细胞类型及其亚群，PBC患者肝脏中Th1样和调节性T细胞（Treg）增加，CD16+单核细胞减少，PBMC中变化不明显。炎症评分和细胞因子评分结果中，PBC患者肝脏中多个细胞亚群炎症水平升高，尤其是Th1样和CD8+Trm细胞，而PBMC中免疫细胞炎症变化轻微。
图1| PBC患者肝脏和外周血单个核细胞的单细胞转录组分析
2.非免疫细胞在PBC中的作用
胆管细胞和肝星状细胞参与肝脏炎症和纤维化。胆管细胞中一些生理功能相关通路下调，炎症相关基因和通路激活；肝星状细胞激活后表达与细胞外基质重塑和免疫排斥相关的基因。细胞炎症因子水平升高，吞噬功能相关基因下降；胆汁酸可能通过影响单核细胞迁移而非增殖导致其数量减少。
图2|原发性肝癌患者肝脏非免疫细胞的特征
图3|原发性肝癌患者肝髓样细胞的特征
3.PBC患者肝脏T细胞的变化
肝脏内T细胞表现出增强的促炎功能和降低的细胞毒性。多种T细胞亚群炎症反应增强，Th1样细胞变化最为显著，其具有组织驻留特性，与疾病严重程度相关。通过对PBC小鼠模型研究，验证了Th1样细胞在疾病中的作用，且发现阻断JAK-STAT通路可缓解肝脏炎症并减少Th1样细胞。
图4|原发性肝癌患者肝脏T细胞的特征
图5| PBC患者肝脏驻留Th1样细胞的特征
文章小结
从生信复现的角度，该研究在思路设计上有哪些亮点可以借鉴呢？
果叔抽丝剥茧给你细细道来~
首先样本选择合理，每组样本均为5例，为后续的比较分析提供了基础，测序结果的科学性和可靠性到位。
其次，运用单细胞RNA测序技术不仅可以获得细胞类型和基因表达的信息，还能够深入了解细胞间的异质性和相互作用。这种多组学技术的结合提供了丰富的数据资源，通过学习不同技术的整合方法，提升对复杂疾病研究的能力，复现的时候可以学习这一点。
通篇数据处理，实验步骤都很详细，包括样本采集、处理、单细胞RNA测序文库构建、数据预处理、质量控制、归一化、降维、聚类、细胞类型注释、差异表达基因分析、转录因子活性分析、细胞间通讯分析等，逻辑严密，降低了复现难度。
总的来说，该研究提供了PBC患者肝脏和PBMC的单细胞转录组图谱，加深了对PBC病理机制的理解。发现肝脏驻留Th1样细胞在PBC中具有促炎作用，是潜在治疗靶点，JAK-STAT通路可能是治疗PBC的新方向。PS：单细胞转录组测序实在太百搭啦！测序+实验冲一把10分+！公开单细胞数据集+实验发一篇7分！公开单细胞+多组学数据整一篇5分+！可以说这么好用的生信利器，给自己撑门面妥妥够的，也可以作为国科金前期的数据基础噢~果树等你来询！
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