果叔依然准时到达！今天要分享一篇重磅研究，生信分析文章能发表在顶刊Cell上面，看来文章的实力强的可怕呀！这个研究开发的新技术，可以对临床FFPE组织中的多种RNA进行空间分析，这么好用的新方法，代码还公开，心动就继续看下去吧~
空间转录组这个技术已经很火了，但现有技术主要关注mRNA表达，对其他RNA种类的空间分析有限。这不，作者一下就关注到了这个点，在此基础上开发了Patho-DBiT技术（结合原位聚腺苷酸化和计算创新），克服了FFPE样本中RNA片段化和酶反应抗性的问题，实现了对RNA物种的高灵敏度和覆盖度的空间分析。此外，该技术还能够捕获全基因组单核苷酸RNA变异，以区分恶性和非恶性细胞。就这创新角度和工作量，妥妥拿下顶刊没得说啊！PS：想不想把新工具为你所用呢，这篇代码公开，大家可以试试哦，当然代码获取或者数据分析有困难，别忘了果叔持续在线，能帮你快速解决科研难题！空转+单细胞分析，必不可少服务器的助力噢~
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题目：福尔马林固定石蜡包埋组织中RNA生物学的空间探索
杂志：cell
影响因子：IF=45.5
发表时间：2024年6月
公众号后台回复“111”领取文献资料，文件编号：241104
研究背景
空间转录组学虽变革了对发育生物学、肿瘤学和疾病病理学的理解，但现有技术对其他RNA种类的空间分析有限。FFPE组织是临床病理诊断的重要材料，但其中的RNA易降解、化学修饰，且传统技术难以对其进行空间分析。
数据来源
通过Patho - DBiT技术对临床FFPE组织中的多种RNA进行空间分析，包括小鼠胚胎、大脑以及临床AITL、MALT、DLBCL等样本，相关原始数据可在NCBI Gene Expression Omnibus数据库获取，代码存放于GitHub。
研究思路
开发了Patho-DBiT技术，利用原位聚腺苷酸化和微流体芯片技术实现RNA的空间条形码标记。然后，通过计算创新对标记的RNA进行解码，以揭示FFPE样本中丰富的RNA生物学。接着，研究团队在多个临床FFPE样本上验证了Patho-DBiT的性能，包括基因表达、RNA加工、单核苷酸变异和微RNA调控网络的分析。最后，通过与单细胞RNA测序数据的整合，研究团队在单细胞水平上解析了肿瘤克隆结构和进展的时空动态。
研究结果
1.Patho-DBiT设计与小鼠胚胎空间全转录组图谱
Patho-DBiT的技术流程，包括了组织切片、原位聚腺苷酸化、cDNA合成和空间条形码标记。通过在E13小鼠胚胎切片上的应用，验证了Patho-DBiT能够检测到平均每个像素点5480个基因和15381个唯一分子标识符（UMIs），显示了与组织形态和密度的高度一致性。通过全基因组泛mRNA和UMI图谱，展示了基因表达的空间分布与组织结构的强相关性，突出了Patho-DBiT在空间分辨率和基因检测能力方面的优势。
2.小鼠大脑中基因表达和RNA加工的空间共图谱
通过分析FFPE小鼠大脑切片，Patho-DBiT揭示了区域特异性剪接事件和A-to-I RNA编辑的空间分布，这些结果和Allen Brain Atlas中的区域注释和原位杂交结果高度一致，证明了Patho-DBiT在解析复杂组织中RNA生物学的能力。
3.AITL样本中的空间转录组图谱
随后，作者团队分析了AITL患者的FFPE组织切片，Patho-DBiT揭示了与组织学结构一致的10个空间组织簇，并通过与CODEX技术的比较，验证了B细胞、T细胞和巨噬细胞的空间分布模式，展示了Patho-DBiT在临床样本中的应用潜力。
4.MALT样本的超高分辨率组织结构
通过使用20微米像素大小的设备，Patho-DBiT在MALT患者的FFPE组织切片上实现了超高分辨率的空间转录组图谱，揭示了包括B细胞、巨噬细胞、浆细胞和分泌粘液的细胞在内的不同细胞类型的空间分布，与H&E染色的组织形态学特征紧密对应。
技术优势和局限
Patho-DBiT优势：
l可同时分析多种RNA，包括mRNA、非编码RNA等，更加全面。
l对RNA的检测具有高灵敏度和准确性。
l可应用于临床FFPE组织的分析，为病理学研究提供新方法，有很高的临床应用潜力。
Patho-DBiT局限：
l与先进的空间转录组学技术相比，缺乏单细胞分辨率。
l在像素水平上的替代剪接分析覆盖度较低。
文章小结
Patho-DBiT是一种强大的技术，可用于探索FFPE组织中的RNA生物学，未来的研究可进一步改进技术，提高分辨率和准确性，拓展其在临床诊断和治疗中的应用。这对于经常和临床样本打交道的临床小伙伴们来说，简直是打开了新研究的大门呀~果叔知道大家都在寻找能够让自己研究脱颖而出的方法，Patho-DBiT可能就是一个新创新点噢。PS：宝贵的样本信息可得好好利用起来，里面藏着不少科研创新点哦，感兴趣生信分析挖掘数据的朋友，可以找果叔帮你评估、设计噢！好方法、好代码都来不及要跟你讨论啦~
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