1、《中医药学与儒道佛思想研究》，国家社会科学基金九五规划重点项目（1997年，排名第二）
2、《中医哲学范畴研究》，北京中医药大学科研课题(2000年)
3、《北京市民养生观念的调查研究》，美国人类学基金课题（2002年，中方负责人）
4、《阴阳五行的本体与特征研究》，北京中医药大学科研课题（2002年）
5、《道藏医药文献的整理与数字化处理》，北京中医药大学科研课题（2002年）
6、《现代北京中医群体养生文化研究》，北京市社会科学基金十一五规划项目（2008年）
7、《北京养生实践及其养生文化史研究》，北京市重点学科课题（2009年）
8、《中医医德规范研究》，国家中医药管理局（2009年）
9、《中医医院核心价值和行为规范研究》，国家中医药管理局（2009年）
10、《综合医院中医药工作研究》，国家中医药管理局（2010年）
11、《中医医德规范的推广与评价研究》，国家中医药管理局（2010年）
12、《中医原创思维与健康状态辨识方法体系研究•中医思维认知科学研究》，科技部973计划项目子课题（2011年～2015年）
13、《北京太医院医事制度研究》，北京市哲学社会科学十二五规划重点项目（2011年～2013年）
14、《清末民国医易汇通学派文献整理与研究》，教育部人文社会科学研究规划基金项目（2012年～2014年）
15、北京白云观所藏明《道藏》医药养生文献整理与利用研究，北京市教委、北京市社科基地共建项目（2013年～2015年）
16、《中医理论体系框架结构研究•中医理论起源形成与发展的内在规律研究•《黄帝内经》理论框架的思想文化基础》，科技部973计划项目子课题（2013年～2016年）
17、北京第一期复合型中医药学术带头人培训项目，北京市中医管理局（2014年～2015年）
18、《先秦两汉简帛医书身体观研究》，国家社科基金重点项目 15AZX008（2015年～2019年）。国家社科基金重点项目结题鉴定为“优秀”，获2021年度北京中医药大学最具影响力学术成果奖
19、《中医药文化助推中华优秀传统文化复兴研究》，首席专家，国家社科基金重大项目 16ZDA234（2016年～2022年）
20、《北京中医药文化旅游资源的历史挖掘与利用研究》，北京市社会科学基金项目 16JDLSB003（2016年～2019年）
21、《中医原创思维的哲学方法论研究》，国家社科基金重大项目子课题17ZDA331（2017年～2021年）
22、《中医药文化国际传播认同历史规律研究》，国家社科基金重大项目子课题18ZDA322（2018年～2022年）
23、《中华医藏·医经类》提要编撰，国家文旅部、国家中医药管理局项目（2018～2021年）
24、《北京中医药文化资源调查研究》，首席专家，北京市中医管理局项目（2019年～2023年）
