读文献是我在入学之前的面试上，老师就一直强调的能力。对于刚进入研究生阶段的新生来说，读文献不仅是日常必修的任务之一，更是增强科研思维、提升课题设计能力的重要途径。今天我将结合个人浅薄的文献学习经验，向大家分享一些行之有效的阅读文献的方法。
一、泛读
速读适用于刚开始进行课题研究、对研究领域或研究方法还不熟悉的阶段。此时，首先需要确定研究方向的关键词或主题词，通过PubMed进行相关文献的广泛检索，接着逐一阅读每篇文献的题目和摘要，并在阅读过程中进行记录、整理与分类。
二、跳读
适合在课题研究过程中遇到涉及具体的研究方法细节、引物序列或试剂信息等具体问题时使用。这种情况下，不需要通读整篇文献，而是聚焦于获取所需的特定信息。
比如我想要搜索今年11月发表的与组蛋白和点击化学有关的文献，就可以用这样的检索策略，右侧的Search details会显示自动优化得到的检索词
((click chemistry) AND (histone) ) AND ("2024/11/01"[Publication Date] : "2024/11/30"[Publication Date])
在找文献的过程中，可以在PubMed直接用关键词进行全文范围的检索。找到文献以后，只要确认该文献中包含自己需要的信息（很多软件中都可以用Ctrl+F快捷键功能查找关键词），便可以直接定位到相关内容。
三、精读
精读主要集中在追踪研究领域中的最新前沿成果，通常选择高影响因子的期刊，通篇阅读并深入分析文章。通过仔细阅读Introduction部分，可以学习该研究的选题切入方式；在Results部分，可以分析研究逻辑如何层层推进；在Discussion部分，可以理解该研究的优点和不足；而Methods部分则可以让我们学习文章在模型设计中的具体条件。总体而言，精读是文献学习中最重要的步骤，它对于提升科研思维和课题设计能力具有关键作用。
我们接下来就以一篇2024年8月份发表在Cell Metabolism上的题为Dopaminylation of endothelial TPI1 suppresses ferroptotic angiocrine signals to promote lung regeneration over fibrosis的文章为例，结合文献阅读方法及具体实例，给大家介绍一下文献的精读应该如何完成。
第一步：判断文章的研究方向，即熟悉标题、摘要和introduction。
通过阅读文章标题、model图以及Introduction部分，我们可以得到：
肺在受伤后具有恢复其原始功能组织的能力，但这种再生能力受到干扰时常常会导致纤维化，这是一种病理过程，其特征是正常肺组织被异常的纤维组织所替代。单胺类神经递质（如多巴胺、五羟色胺等）可以通过转谷氨酰胺酶2（TGM2）酶活性共价修饰蛋白质，发生单胺化修饰（monoaminylation）。
丁楅森和曹中炜的以往工作发现血管内皮细胞通过旁分泌“Angiocrine”因子与邻近的上皮、间质及血液细胞相互作用从而调控肺的再生和纤维化。本研究通过整合点击化学、蛋白组学、基因敲除/敲入鼠、临床分析等多学科手段，进一步发现多巴胺通过修饰肺血管内皮细胞的TPI1蛋白，平衡了脂质/葡萄糖代谢，抑制铁死亡从而促进肺再生并抑制纤维化。
这样就能够初步回答我们的两个关键问题：
研究主题是什么？
研究与我们的方向是否相关？
第二步：快速浏览文章内容，即阅读研究Results部分小标题和图片标题。
阅读完标题，我们就可以回答下一个关键问题：
论文的行文逻辑是什么？
我们可以看出，本文的行文逻辑是比较完整的从大的表型出发——筛选细胞分子——确定靶点以及机制——回归到表型研究的经典文章。
第三步：仔细分析文章内容，即找到本文的分论点和总论点，以及支持它们的论据。
一篇文章的分论点指的就是每一个Result部分结论，这部分和上面第二步有一定重合，不过我们不能简单地只是读标题就草草了事，在第三步我们要通过阅读Result的详细内容去自己判断分论点。总论点一般在Introduction最后一段或者是Discussion的最后一段，反映了作者的主要观点。而论据就是作者为了证实论点而开展的实验，并思考每一个实验结果的总量和所有实验结果之间的逻辑其是否足以支撑作者的论点。
这个部分的细节过多，由于篇幅限制，我不给大家逐句解析原文的内容了，请大家自行下载文献（https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39111287/），对比原文内容来进行学习。
内皮TGM2通过抑制铁死亡维持肺再生
TPI1是再生肺ECs中TGM2介导的多巴胺化修饰靶点，抑制铁死亡
TPI1的多巴胺化修饰调节醚磷脂合成以调节再生肺ECs中的脂质过氧化和铁死亡
多巴胺化修饰的TPI1减轻肺再生过程中促铁死亡的DHAP-缩醛磷脂轴
TPI1中谷氨酰胺(Q)65残基的多巴胺化修饰减少促纤维化的铁死亡并维持肺再生
TPI1 Q65多巴胺化加强了催化残基与DHAP而非GAP之间的接触，促进将DHAP转化为GAP的反应
PNX后阻断ECs中的TPI1多巴胺化增强小鼠肺纤维化样反应
内皮TPI1 Q65的多巴胺化通过减少铁死亡减轻博来霉素损伤后的肺纤维化
研究团队整合了多维化学蛋白质组学方法，揭示了多巴胺选择性地修饰内皮微环境，从而激活肺再生过程并旁路纤维化进程。化学蛋白质组学分析显示，多巴胺通过对三磷酸异构酶1（TPI1）的多巴胺化修饰作用，阻止了内皮细胞（ECs）中铁死亡的发生。抑制ECs中TPI1的多巴胺化会引发铁死亡相关的血管分泌信号异常，进而异常激活成纤维细胞，导致肺再生过程向纤维化的转变。
在机制层面，TPI1中谷氨酰胺(Q) 65位点的多巴胺化显著增强了TPI1将二羟丙酮磷酸（DHAP）转化为甘油醛3-磷酸（GAP）的活性，从而引导了再生肺内皮细胞中醚磷脂的合成路径和葡萄糖代谢过程。该代谢改变有效降低了脂质过氧化并阻止了铁死亡的发生。在损伤后的内皮微环境中，恢复TPI1 Q65位点的多巴胺化修饰可逆转铁死亡，恢复血管的促再生分泌功能，并有效缓解肺纤维化。总体而言，TPI1的多巴胺化平衡了脂质和葡萄糖代谢，抑制了再生肺内环境中促纤维化的铁死亡。
本研究共7个主图，一共160个Panel，可以说在论据上是非常充足的，论证逻辑也是非常的丝滑，完全没有强行扭转行文逻辑的感觉。因此，假如我自己的研究领域也是蛋白翻译后修饰，那么本文就是非常好的学习材料，值得反复研读！而本文的methods部分也会成为我自己在进行实验设计时候的可靠参考！
第四步：批判性思考，即从审稿人的角度出发，对该研究论文内容进行创新性、可靠性的解读（也是我的导师最强调的能力）
就论文的可靠性而言，毋容置疑。本研究共包含7个图（Figure），包含160个小图（Panel），且这仅是主要图表；实验部分更是广泛而详尽，涵盖了细胞实验、动物模型及分子层面的验证。论文也是来自多个团队的研究者（四川大学丁楅森、曹中炜、叶庭洪、蒲强、张鸣及哈尔滨医科大学杨力明共同通讯）合作得来，不仅使用了条敲小鼠和点击化学技术，还进行了分子对接等实验，逻辑验证极为严谨充分。
从创新角度来看，本研究发现了神经递质多巴胺通过一种不依赖于多巴胺受体的方式，而是通过蛋白翻译后修饰去发挥作用。当然，此前已有研究报道多巴胺化修饰，但大多是在神经系统中对H3组蛋白的修饰，以发挥转录调控的功能。
前面我提到过本文是比较完整的从大的表型出发——筛选细胞分子——确定靶点以及机制——回归到表型研究的经典文章。并且很大一部分内容依托于两位主要通讯作者（丁楅森、曹中炜）于2014年在美国做研究期间合作以共同第一作者身份发表的主刊文章，不仅与该主刊相关的内容在本文中有较大的省略，而且多巴胺化修饰早有报道，本文没有进一步的新机制挖掘，因此很有可能是在机制上没有做到焕然一新甚至颠覆性的突破（当然必须要承认这是非常难做到的），导致没能冲击主刊。
希望大家能在研究生阶段坚持学习文献，尤其要注重文献的精读和系统整理。精读不仅是简单的阅读，而是带着问题去深入剖析研究思路、实验方法和数据处理方式，借此提升自己对科研问题的理解和思考深度。不仅要读出作者想让我们看到的，更要读出作者不想让我们看到的。
在完成几十篇文献的精读与整理后，科研思维一定会逐渐变得清晰，课题设计能力也显著提升。
本文作者是"Algernon"同学，在获得授权后，实验老司机将本文发表于公众号。
本文由作者根据自身经验总结而成，内容仅供参考。
文稿：Algernon
校对：煲仔饭
素材：
Mo C, Li H, Yan M, Xu S, Wu J, Li J, Yang X, Li Y, Yang J, Su X, Liu J, Wu C, Wang Y, Dong H, Chen L, Dai L, Zhang M, Pu Q, Yang L, Ye T, Cao Z, Ding BS. Dopaminylation of endothelial TPI1 suppresses ferroptotic angiocrine signals to promote lung regeneration over fibrosis. Cell Metab. 2024 Aug 6;36(8):1839-1857.e12. doi: 10.1016/j.cmet.2024.07.008. PMID: 39111287.
https://images.app.goo.gl/8arpXGPhAue3bSQf7
经验总结｜参考文献应该如何选择？怎样阅读？
经验总结｜如何高效查找和阅读文献？
经验总结｜超详细！论文投稿的流程及注意事项（贰）——英文期刊
