经验总结|科研中常用到的在线工具、网站或数据库系列(1)

文摘   2024-11-12 07:05   广东  

在科研、学习过程中使用一些便捷插件和在线网站,往往会事半功倍。下面我主要介绍几个文献阅读以及英文文章写作时会用到的一些插件,以及科研作图时可能需要用到的一些在线数据库和网站。

一、文献阅读辅助在线工具

1、EasyScholar:文献在线阅读插件,可以查看文献期刊、影响因子。通过网址(https://www.easyscholar.cc/)下载EasyScholar插件可以在我们查阅文献时快速把握文献的期刊以及分区,有助于我们对文献进行筛选阅读,可以直观的区分高、低分文章。

图1期刊相关信息显示


2、文献在线翻译软件

1)DeepL:在浏览器上使用DeepL(网址:https://www.deepl.com/zh/translator/l/en/en)可以进行快速、准确且高质量的翻译文句文段,专有名词翻译比较准确。免费版本可能会有字数限制,此时我们可以分段翻译。

图2 DeepL在线翻译


2)沉浸式翻译-网页在线翻译插件下载:可以免费快速即时在线翻译英文界面,例如在Pubmed网页打开查阅的文献后可以直接中文在线浏览,为快速查阅文献找到重点提供极大的便利。

图3 在线翻译软件介绍


3)知云文献翻译

知云文献翻译是一个文献阅读常用软件APP(网址:https://www.zhiyunwenxian.cn/)。对我们收藏或者已下载的PDF文献,我们可以通过这个软件进行阅读用微信快速登录即可。知云文献翻译自带PDF阅读器可直接打开PDF文件,翻译阅读不需要同时打开多个软件,可跨页翻译;而且还自带多种常用注释工具:打字机、附注、高亮等等对阅读的文献进行分类、做笔记等。

图4 知云文献翻译的功能


二、科学研究辅助作图在线网站或数据库

1、生物信息学在线作图网站

(1)微生信(网址:https://www.bioinformatics.com.cn/)常常可以基于原始数据(包括在GEO数据库下载的数据、转录组数据等),按照提示步骤输入数据即可作图,例如基因差异分析相关的火山图、热图、KEGG、GO分析图等。 

图5微生信在线简介

图6使用界面


(2)使用步骤:例如我们目前需要对转录组测序的结果做基因差异表达的直观聚类图/热图,我们可以按照微生信平台的提示的详细步骤,更改输出图形的相关参数例如色块的颜色线条的粗细以及基因排列顺序等,具体如图7所示,输入原始数据即可获得热图等。值得注意的使当我们选择聚类方向分析时,此时基因样本以样本间的关系为主,我们自己设置的基因表达顺序即会更改。

图7热图具体操作步骤

图8 作图参数更改界面


2、Figdraw:开放式绘图平台

Figdraw(在线网址:https://www.figdraw.com/static/index.html) 是国内原创开放式在线科研绘图平台,生物、化学以及医学等方面的研究均可使用平台上的原创素材进行再创作,例如绘制机制图、示意图、流程图与生物素材相关等。我们可以将素材经过简单旋转、拉伸、拆分、组合等操作,就可以完成高清科研图片的绘制。

图9 Figdraw打开界面


3、NCBI在线网址: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

(1)NCBI全称National Center for Biotechnology Information,是一个众多功能强大的数据检索与分析工具,例如我们常用的BLAST(引物设计、验证), Gene(查询基因信息)等等。其中PubMed Central是一个收录生命科学领域同行评审期刊(Peer Reviewed Journals)文献的数据库,现收录超过百万条全文文献,是一个十分全面且方便的论文文献库。我们常用的功能主要使用引物设计,基因信息查询等等。

图10 NCBI打开界面


(2)引物设计、验证:常用的PCR和qPCR引物均可以在这进行设计验证,例如在文献中找到了我们想要使用的引物即可用Blast验证引物的特异性。

图11 引物验证


4、miRNA靶向数据库

(1)miRBase序列数据库(网址https://www.mirbase.org/)是一个包括已发表的miRNA 序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务,允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。在该网站上我们只需输入miRNA的名称就可以查询到绝大多数已经发表的miRNA的相关信息。 

图12 miRBase打开界面


(2)Targetscan(网址:TargetScanHuman 8.0)用于预测哺乳动物中miRNA结合位点miRNA结合位点的软件。对于未知miRNA的研究,可以通过已知目的基因预测miRNA;对于已知的miRNA可以预测众多存在以及已发表的下游靶基因,主要通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因。在图12中主要通过更改、选择参数确定目标基因或者目标miRNA。

图13 TargetScan打开界面


大家有用过什么好用的工具或网站,欢迎评论区留言。





本文作者是"旺旺仙贝"同学,在获得授权后,实验老司机将本文发表于公众号。

本文由作者根据自身经验总结而成,内容仅供参考。

文稿:旺旺仙贝

校对:煲仔饭

素材:

  • https://images.app.goo.gl/FRdAmX5MWsLjZ1uo7





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