凌恩生物作为国内测序行业的领跑者,已推出的扩增子多营养级项目(真菌、细菌、古菌也能联合分析啦!再来发一篇高分SCI吧!)备受关注。目前合作客户已发表多篇高分文章。现推出更具竞争力的新分析——基于宏基因组的多营养级分析——不仅可以利用已有的宏组学数据进一步深化研究,还能将多种营养级、功能类群联合分析,全面揭示微生态构成及功能景观。
期刊:Journal of Hazardous Materials
影响因子:12.2
测序方法:16S+18S+宏基因组抗性分析
样本类型:水体和沉积物
实验设计
主要研究结果
1
水体和沉积物微生物群落的组成与多样性
首先分析了水体和沉积物中细菌、微小真核生物、病毒的物种组成、β多样性。
2
ARGs的组成、多样性以及与细菌、微型真核生物和病毒的相关性
研究分析了水体和沉积物中抗生素抗性基因(ARGs)、可移动元件(MGEs)的丰度,以及ARGs与细菌、微小真核、病毒的相关性。
3
海拔对细菌、微型真核生物、病毒和抗生素抗性基因(ARGs)的生物地理分布的影响
通过距离衰减分析不同微生物组成分和抗生素耐药基因的地理分布模式。β多样性分解分析表明,物种替换(Repl)是形成水体/沉积物中细菌、微小真核生物、病毒和ARG群落差异的主要机制。
4
细菌、微小真核生物、病毒、ARGs的组装机制
通过零模型分析水体和沉积物中细菌、微小真核生物、病毒、ARGs的组装机制。
5
影响细菌、微小真核生物、病毒和ARGs群落的关键因素
Mantel检验分析显示,海拔高度与水体和沉积物中的细菌、微真核生物、病毒和ARGs显著相关。VPA分析显示,海拔和理化因子对水体和沉积物中细菌、微真核生物和病毒变异的联合效应超过了其单独效应。
文章思考与讨论
本研究通过扩增子测序+宏基因组测序,开展多个物种和功能类群的分析研究,利用多营养级分析思路得到绒布河生境中细菌、微小真核生物、病毒、ARGs基因的丰度、多样性、群落组装机制、关键影响因子等信息,将宏样本数据层层剖析起来,数据利用率可谓“满满”。
参考文献
Distinct influences of altitude on microbiome and antibiotic resistome assembly in a glacial river ecosystem of Mount Everest.Journal of Hazardous Materials,2024.