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重磅更新！双因素扩增子分析流程来了！

文摘   2024-12-02 08:00   内蒙古  

微生物多样性往往与环境中的多个因素相关，一般实验设置中为了探究某个因素对样本微生物的影响，往往会通过设置单一实验对照组来进行研究。但是实际研究中，很多实验设计是存在双因素甚至多因素的分组，这种情况下，常规做法是拆分成多个单因素或者整合为一个组数较多的单因素分组进行分析。这就导致了每个因素都是单独的一份结果，无法将其进行整体展示，后续分析过程中也会比较繁琐。

凌恩生物特推出双因素扩增子分析流程，主要针对实验研究中存在的双因素设计，比如不同季节+不同处理，不同处理+不同时间等，结果支持双因素分组展示，各因素下样本中微生物组成和多样性信息一目了然，全方位展示不同因素下样本中微生物的动态变化。

 双因素扩增子分析流程 

双因素扩增子实验设置样例如下表所示


双因素扩增子分析流程图


 部分结果展示 

 案例分享 

  • 题目：Biofilms in plastisphere from freshwater wetlands: Biofilm formation,bacterial community assembly, and biogeochemical cycles

  • 期刊：Journal of Hazardous Materials

  • 样本类型：微塑料、土壤

微生物可以定殖到微塑料（MP）表面形成生物膜，称为“塑料圈”，这可以显著改变其物理化学性质和生态作用。本研究在4种不同类型的湿地添加MPs进行生物膜形成，分别在夏季和冬季进行取样。通过高通量测序、网络分析和零模型分析，探讨了塑料圈与周围土壤之间细菌群落的相互作用和组装机制。高通量测序的数据显示，与土壤细菌群落相比，塑料圈的多样性较低。网络分析表明塑料圈的共现模式简单且不稳定，零模型表明其群落组装的异质选择确定性过程增加。

图 基于Bray-Curtis距离的土壤(a)和塑性圈(b)细菌群落主坐标分析(PCoA)。

同一季节不同湿地土壤(c)和塑性圈(d)细菌群落Bray-Curtis距离的变化。(e)

不同湿地塑料圈间细菌属相对丰度在冬季有显著差异。

参考文献

Biofilms in plastisphere from freshwater wetlands: Biofilm formation, bacterial community assembly, and biogeochemical cycles. Journal of Hazardous Materials, 2024.
凌恩生物
凌恩生物旗下综合性生物咨询和服务平台。
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