12月文章成果盘点|凌恩携手深圳农业基因组研究所破解猪泛基因组和遗传变异数据集

文摘   2025-01-08 08:01   内蒙古  

2024年12月,凌恩生物助力客户发表文章66篇,累计影响因子427分,其中包括iMeta、Microbiome、Chemical Engineering Journal、Nano Letters、Science of the Total Environment、Science China-Life Sciences、npj Biofilms and Microbiomes、International Journal of Biological Macromolecules等期刊文章。此次收录的文章涵盖多个研究方向,其中多组学研究34篇,微生物方向42篇,基因组方向26篇,转录组方向20篇,代谢组方向10篇,宏组学方向18篇,eDNA方向2篇。

接下来小编挑选了一些高分文章,让我们一起回顾一下吧~


第1篇


多组学解析中外猪种表型分化和复杂性状形成的遗传机制

英文题目:Multiomics analysis reveals signatures of selection and loci associated with complex traits in pigs

发表期刊:iMeta

影响因子:23.8

作者单位:中国农业科学院深圳农业基因组研究所

涉及的凌恩生物服务产品:泛基因组+真核有参转录组+全基因组甲基化


主要研究内容:


本研究通过整合九个高质量基因组和1,081个重测序数据集,构建了全面的猪泛基因组和遗传变异数据集,为复杂性状分析奠定了基础。该数据集识别了与脂肪沉积、肌肉生长和免疫功能相关的选择性扫描信号及基因,为育种提供了遗传标记。结合27个肌肉发育阶段的转录组和甲基化组数据,揭示了东西方猪种肌肉生长差异的表观遗传机制。研究发现人工选择影响DNA甲基化和基因调控,从而影响肌肉生长和肉质。关键基因如GHSR和BDH1调节骨骼肌发育和肉类生产,ABCA3影响免疫反应和肺损伤,而BRCA1则与脂肪细胞生长和脂肪沉积相关。

第2篇


青藏高原湖泊微生物群落的功能特征及适应性

英文题目:Functional traits and adaptation of lake microbiomes on the Tibetan Plateau

发表期刊:Microbiome

影响因子:13.8

作者单位:中国科学院南京地理与湖沼学研究所

涉及的凌恩生物服务产品:宏基因组binning


主要研究内容:

本研究从54个湖泊收集了69个水样,包括淡水、半咸水和咸水湖泊。通过宏基因组binning测序组装了8271个中高质量的MAG,为青藏高原湖泊微生物组研究提供基础。结果表明,淡水湖泊基因与有机碳降解、碳固定和能量转化相关,咸水湖泊基因与渗透调节、厌氧代谢相关,显示对高盐和低氧环境的适应。气候变暖可能使淡水微生物受益,但也可能释放更多温室气体。咸水湖泊微生物群落受更强选择压力,基因组变异的非同义/同义比值(pN/pS)低于淡水湖泊,可能与更苛刻的环境条件有关。


第3篇


低光照条件下藻类-细菌联合体对脂肪酸组成的调节

英文题目:Sustainable lipids production in algal-bacterial consortia under low light in‐tensity: Regulation of light–dark on fatty acid composition

发表期刊:Chemical Engineering Journal

影响因子:13.4

作者单位:湘潭大学

涉及的凌恩生物服务产品:二代16s+二代18s+宏基因组binning+宏转录组+脂质组+非靶向代谢组

主要研究内容:

藻类-细菌废水处理工艺在生物燃料回收方面具有巨大潜力。本研究调查了在低光照强度和光暗循环条件下藻类-细菌联合体中的脂质生产率和脂肪酸组成的调节。通过比色法测定藻类-细菌反应器中的脂质含量保持在 21.7%−31.1%。组装得到 110 个宏基因组组装基因组 (MAG),其中 91% 拥有不饱和脂肪酸生物合成基因。光照条件下藻菌聚体中的脂质含量、长链脂肪酸和不饱和脂肪酸的比例均高于黑暗条件下,而黑暗条件下中链脂肪酸和饱和脂肪酸的比例高于光照条件下。光照阶段长链脂肪酸和不饱和脂肪酸的积累归因于fabD等基因的上调,而黑暗阶段fadD、cbr4和htd2基因的上调促进了中链脂肪酸和饱和脂肪酸的产生。

第4篇


多营养相互作用通过旱地生物结皮中的微生物死物积累支持地下碳封存

英文题目:Multitrophic interactions support belowground carbon sequestration through microbial necromass accumulation in dryland biocrusts

发表期刊:Soil Biology and Biochemistry
影响因子:9.8
作者单位:中国农业大学
涉及的凌恩生物服务产品:二代16s扩增子+二代18s扩增子+二代ITS扩增子+多营养级分析

主要研究内容:

地下生物在碳的生物地球化学循环中起着至关重要的作用。然而,跨多个营养级的物种相互作用如何影响土壤碳封存仍不清楚。本研究探讨了多营养相互作用在塑造微生物死体碳(MNC)积累中的关键作用,比较了黄土高原旱地生态系统中生物结皮覆盖的土壤和裸露的土壤。生物结皮相关土壤的 MNC 比裸土高 2.5 倍,细菌死体碳(BNC)占土壤有机碳的比例大于真菌死体碳(FNC),并在裸土中观察到更大的网络复杂性和更频繁的营养内关联(WTA)。本研究阐明了一种有助于旱地生态系统碳封存的新机制,并揭示了土壤微生物死体的动态和稳定性。

第5篇


特洛伊木马生物异质结赋予粘接性水凝胶强大的抗菌和传感性能用于感染皮肤再生

英文题目:Trojan Horse Bioheterojunction Empowers Adhesive Hydrogel with Robust Antibacterial Activity and Sensing Capacity for Infected Cutaneous Regeneration

发表期刊:Nano Letters

影响因子:9.6
作者单位:四川大学

涉及的凌恩生物服务产品:原核链特异性转录组



主要研究内容:

近年来,与光疗相关的多模态抗菌治疗已成为快速抗菌的常见策略。但是,热休克蛋白的过表达增加了细菌的热耐受性,导致单独的光疗已经不足以完全根除细菌。本研究开发了一种特洛伊木马生物异质结(Th-bioHJ),该材料中的镓(III)因其与铁(III)的相似性,可以被细菌误认为必需的铁元素而主动摄取,进而破坏电子传递链并抑制细菌呼吸,该策略被称为 “特洛伊木马策略”,将其与光疗(PTT/PDT)结合可实现有效地快速消灭细菌。此外,该水凝胶能够实时监测人体运动,适用于可穿戴传感器。这项研究为粘接性水凝胶在感染性伤口管理中的应用提供了全新的见解。

第6篇


不同的高通量测序方法对了解淡水水库中细菌抗生素耐药基因的影响

英文题目:The impacts of different high-throughput profiling approaches on the understanding of bacterial antibiotic resistance genes in a freshwater reservoir

发表期刊:Science of the Total Environment

影响因子:8.2
作者单位:中国科学院城市环境研究所

涉及的凌恩生物服务产品:抗性宏基因组+16s绝对定量


主要研究内容:

细菌抗生素耐药基因(ARGs)是一种新兴的环境污染物,通过致病菌严重威胁人类健康。本研究同时采用这高通量定量PCR(HT-qPCR)和抗性宏基因组测序对淡水水库中跨空间和时间的ARGs进行检查和比较。结果表明,不同的ARG分析方法对细菌ARG的理解的影响可能很小或可以忽略不计。HT-qPCR方法具有节省时间、绝对定量、对生物信息学技能要求低的优势,但与宏基因组方法相比,也存在一些缺点,包括更高的PCR扩增和引物偏差、更高的引物依赖性和相对较低的ARG亚型定量能力。因此建议HT-qPCR方法可用于常规水生环境监测,而宏基因组方法可应用于全面的调查以获取更多ARG亚型信息。本研究为选择正确的ARG分析方法进行水环境中的细菌ARG监测和风险评估提供了有用的参考。

第7篇


肠道微生物群在高原认知障碍中的作用:补充Clostridium sp.的治疗潜力

英文题目:Gut microbiota’s role in high-altitude cognitive impairment: the therapeutic potential of Clostridium sp. supplementation

发表期刊:Science China-Life Sciences

影响因子:8
作者单位:军事医学研究院

涉及的凌恩生物服务产品:宏基因组+氨基酸靶向代谢组


主要研究内容:

肠道微生物群与健康紧密相关,影响认知功能,并通过肠脑轴与大脑相互作用。它们调节神经元功能,影响屏障通透性和代谢物产生。高海拔环境对大脑功能构成挑战,可能导致认知下降,个体适应性差异可能与调节机制有关。高海拔还可能影响肠道微生物,改变脑功能相关代谢物。目前,对高海拔地区认知障碍与肠道微生物关系的研究有限。本研究利用多组学方法探索人类肠道微生物群变化在高海拔环境引起的认知障碍中的作用。研究团队发现梭菌属减少,L-缬氨酸吸收受损,这是导致高海拔地区认知功能障碍的潜在因素。这些观察结果在动物以及体外类器官实验中得到了证实。

第8篇


sRNA通过调节prgJ 的基因表达促进鼠伤寒沙门氏菌的毒力

英文题目:sRNA STnc3020 contributes to the virulence of Salmonella Typhimurium may via modulating the gene expression of prgJ of T3SS needle complex

发表期刊:International Journal of Biological Macromolecules

影响因子:7.7
作者单位:石河子大学

涉及的凌恩生物服务产品:原核链特异性转录组


主要研究内容:

sRNA作为重要的转录后基因表达调控因子,在细菌的环境适应和致病性方面发挥着重要的调控作用。为了研究sRNA STnc3020对鼠伤寒沙门氏菌(S. Typhimurium)致病性的调控作用,本研究分析了STnc3020缺失对小鼠S. Typhimurium的粘附、侵袭、胞内存活、巨噬细胞凋亡和致病性的影响。结果显示,在细胞水平上,STnc3020的缺失显著降低了鼠伤寒沙门氏菌在肠道上皮细胞的黏附能力及其在巨噬细胞内的增殖和诱导凋亡能力。动物实验结果表明,STnc3020的缺失显著降低了鼠伤寒沙门氏菌在小鼠肝脏和盲肠中的定植率,提高了小鼠的半数致死量。STnc3020能够与Ⅲ型分泌系统的靶基因prgJ相互作用,STnc3020缺失后PrgJ蛋白水平显著降低。该研究结果对sRNA介导的毒力调控提供了新的思路,可能有助于研制新型的鼠伤寒沙门氏菌疫苗和药物。

第9篇


黄芪建中汤通过调节肠甲状腺轴改善大鼠胃肠上皮化生

英文题目:Huangqi Jianzhong decoction improves gastric intestinal metaplasia in rats by regulating the gut‒thyroid axis

发表期刊:Phytomedicine

影响因子:6.7
作者单位:南京中医药大学  二代16s扩增子+非靶向代谢组+靶向代谢组

涉及的凌恩生物服务产品:(SNP分析)+ GWAS


主要研究内容:

胃肠上皮化生(GIM)是胃癌进展的关键阶段。黄芪建中汤(HQJZ)已成为中医临床治疗GIM冷不耐受患者的主要治疗策略,但其详细机制仍不清楚。本研究旨在阐明HQJZ在肠道菌群-甲状腺轴的基础上缓解大鼠GIM的分子机制。结果表明HQJZ显著改善GIM大鼠胃粘膜和甲状腺组织病变,提高血清甲状腺激素T3和T4水平,增强抗寒能力。并促进粪便丁酸产生菌的富集,显着降低了线粒体损伤相关的血清代谢物的水平。体内研究进一步表明,丁酸不仅改善了GIM大鼠的甲状腺组织病变,还恢复了粪便微生物群结构以及低温趋向性。此外,丁酸减轻了SDC在这些细胞中引起的线粒体损伤。体外研究表明,丁酸通过上调TG、TPO和TSHR表达从而保护Nthy-ori 3-1细胞免受SDC诱导的损伤。


12月客户文章列表
 



凌恩生物以打造国内一流生物公司为目标,在科研测序领域深耕不辍,吸纳多名生物信息高级技术人员加盟,参与并完成多个高科技项目。现已在宏组学、基因组、表观遗传以及蛋白代谢等多组学及联合分析领域积累了深厚经验,打造出成熟的科研服务平台,以优质售前方案和优秀售后服务助力客户在高端国际期刊上发表了大量文章。


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