刚进入天京的时候，太平军还是非常积极进取的，一来锐气还在，二来清廷这台机器也还没有完全反应过来，然而进展并不很顺利。
1853年5月，为了夺取妖穴北京，太平天国派了约七千名广西旧部和新募士兵，组成一支勇于献身的太平军北伐。但是上帝没有保佑这项事功。官军不断放出虚假情报，让太平军以为有大队官军向南进发，令之猜测不已；官军主力和地方团练其实却固守小城镇，意外延缓了太平军的推进。
除了北伐，还有西征，然而在湖南，太平军遇上了今后最强劲的对手。
西征战役胜败参半：长沙攻不下来，湖南也没能守住，因为湖南士绅已学会如何招募、训练和供养团练，其间在籍丁忧的儒吏曾国藩与巡抚骆秉章携手，整编陆营和水师，逐渐建立起一支强大的武装力量。
在较近的安徽，他们遇上了自己的旧冤家江忠源。在技术加成下，太平军报了蓑衣渡之仇。
在安徽省，战事围绕着战略重镇庐州打了好几年，庐州曾由士绅首领江忠源据守，他在蓑衣渡之战告捷而获拔擢为安徽巡抚。太平军发明了一种挖掘双层地道的战术，两条地道上下交叠，再引爆定时引线将之相连，最后拿下了庐州。第一次爆破之后，防守的官军蜂拥而上，修补被炸开的大缺口，快要修好时，又再次引爆，炸死修墙的士兵，且再炸开一个大缺口，太平军由此冲进城内。江忠源自杀。
和这些军事上的挫折相比，问题更大的是，太平天国内部出现了裂痕，这些裂痕表现为权力之争，内里却是路线之争。东王杨秀清借天父下凡，挑战天王的权威，同时对亲近天王的同僚进行打击，其中，也包括韦昌辉和秦日纲，正是这两人，日后一手操持了天京之变。
上帝在1853年12月驾临了几次，杨秀清还公开羞辱了洪秀全的两位心腹。一是北王韦昌辉，另一个是顶天侯秦日纲。两人早在紫荆山就追随洪秀全。韦昌辉粗通文墨，拜上帝会众为他在家乡出力，他便把家财全捐给了“拜上帝教”。秦日纲在矿坑里干活的时候就研习兵法，素养极深。这些年来，两人都为洪秀全处理军机要务，秦日纲在健在的诸王中位高权重。
杨秀清从理论构建上，找到了天王的命门，并不断试探整个系统的底线。
1853年12月底，杨秀清改变已经开始奏效的规矩，再次公开代上帝发言，由此生了一连串的事......一天，北王和若干高官与杨秀清论过政事，上帝忽然降凡。其时只有天王府中的四名女官及其僚属在场，上帝借杨秀清之口对这些女子讲话。上帝的旨意是天王洪秀全专横擅权，苛待宫女，纵容幼主。服侍天王的这四名女官——圣旨都提了名字——不用再服侍天王，即送东王府，其职可由天王府中其他宫女接替。待北王与众官员赶到时，上帝已返回天庭，于是他们便从在场的四名女官手里跪接了圣旨。上帝又突然降凡（这次是在洪秀全的金殿中），命天王应受责四十大杖。洪秀全俯伏受杖，上帝饶了他，返回天庭。
显然，东王权力欲望强烈，并极具才干。除了军事上的才能外，他更意识到，太平天国的世界观和价值观，并不适合进一步的扩张。彼时，曾国藩正以维护名教为号召，传檄华中。确实，天王的那些宗教主张和中国传统的儒家文化相差太远，社会的精英很难团结在天王周围。
杨秀清求诸儒家主流价值，说明他晓得许多人（儒士、白丁兼有之）对太平军的统治极为不悦。乡勇首领如曾国藩正在建立地方武力，与太平军相抗，他们知道这也是一场道德价值之争，也有能力加以驳斥。
东王积极抢占解释权，他和搭乘“响尾蛇”号来的英国人进行了交流，给了英国人很多解释，也问了英国人很多问题。在这期间，他对自己的看法似乎更加坚定。
在“响尾蛇”号返抵上海的这一天，杨秀清在南京再次为上帝代言。意思很简短，但在太平天国史上却是未曾见过的：朕今日下凡，非为别事。只因尔等将番邦存下的旧遗诏书、新遗诏书颁发，其旧遗新遗诏书，多有记讹。尔禀报韦正、翼王，禀奏东王，启奏尔主，此书不用出先。
上帝借杨秀清之口，要求在场的太平众官员对此议论，他们也说不出什么。有个太平军老将说，他不识字，想不出这圣旨究竟有何用处；另一个受过旧教育，领悟到杨秀清究竟要得到什么答复，于是说道：“天父天兄圣旨决无差错。”这显然是说，由萧朝贵和杨秀清转达给世间的圣旨乃是真正的启示，而成文的太平天国经书则有待质疑。上帝借杨秀清之口说：“且未成文成章，尔等拿去斟酌，改好成文成章也。” 这对洪秀全及其信徒的挑战非常明显：他们信奉《圣经》至今，其中的上帝话语现在应由人来修改。但由杨秀清代言的上帝话语则分毫无爽，谁也不能更改。
杨秀清看来已经拿到了占优的盘面，然而，天国的裂痕，已经无可避免地产生和扩大。
