1863年6月，石达开在四川向官军投降，希望借此可以挽救其二千旧部的性命。过往六年，他率部穿越十五个省份，行程九千六百公里，刚开始是为寻求一块合适的根据地，后来只是为了逃生。石达开曾路过我的老家，他的母亲死在了那里。下葬前，石达开命令开馆示众，表明并无随葬钱财，请求乡人不要掘其母之坟墓。作为一个外乡人，他能做的只有这些。
石达开为了不让妻儿落入官军手中受辱受苦，先让五名妻妾自杀，把未成年的孩子淹死。当年曾指挥长沙保卫战，令西王丧命的骆秉章审问石达开，六周之后便将他凌迟处死。骆秉章在奏折中说：“石达开自供与洪秀全等自广西金田起事即封伪王，及窜扰各省情形，历历如绘，皆臣所素悉，语皆符合，且其枭桀之气，见诸眉宇，绝非寻常贼目等论”。石达开的两千旧部被囚在当地一处大庙，也被屠杀殆尽。
当年意气起事的少年，在天京事变和终局之时，不知有何感触？当年他曾写七律一首如下，其志向在太平天国诸王中算最为高远。
投鞭慷慨莅中原，不为仇雠不为恩。
只觉苍天方聩聩，莫凭赤手拯元元。
三年揽辔归羸马，万众梯山似病猿。
我志未成人亦苦，东南到处有啼痕。
石达开投降之时，李秀成还在想办法保卫天京。12月初，苏州落入官军之手。官军保证赦免太平军降将和城内平民，后来又背信弃义，悉数杀尽。12月中，李秀成返回天京指挥城防，官军发动了对南京的第一次攻城，在深挖的地道里装满炸药，轰开城墙的主要建筑，但太平军还是抵挡住了试图通过破口的官军。评估一番形势后，他劝洪秀全放弃天京，另图别论。天王可能是厌倦漂泊、可能是自认时日无多、也可能只是完全放弃了世俗事务，他答复李秀成：
朕奉上帝圣旨、天兄耶稣圣旨下凡，作天下万国独一真主，何惧之有。不用尔奏，政事不用尔理，尔欲出外去、欲在京，任由于尔。朕铁桶江山，尔不扶，有人扶。尔说无兵，朕之天兵多过于水，何惧曾妖者乎！尔怕死，便是会死，政事不与尔干。
事已至此，李秀成、洪仁玕诸人也无良策。官军的包围正像绞索一样，逐步收紧，天京的补给也越来越困难。但是，饥饿并未让天王畏惧。他仔细读了《出埃及记》第16章，知道上帝会保护忠诚的太平军，一如他每天清晨在地面的露水里撒吗哪，来保佑在西乃荒漠里的以色列子民，达四十年之久。
1864年6月1日，洪秀全安静地去世，死时并没有大张旗鼓。那时，他刚过五十诞辰不久。洪秀全死了五日之后，幼天王天贵福坐上王座。
1864年7月19日的正午，官军统帅曾国藩下令点燃南京城东墙下地道里的炸药。爆炸的威力炸开城墙，石块纷飞。官军从缺口中蜂拥而入，太平军挡了一阵，但旋即陷入混乱、撤退和屠杀。
忠王带着天贵福杀出重围，但不多时他就落了单。一些农民抢劫了他，并把他交给了官军。他接受了审讯，并写下了长长的自白书，然后被处死。天贵福运气好一点，逃到了湖州，那里干王还保留着一座基地。然而在官军、洋人以及太平军叛军的联合攻击下，干王的部队也只坚持到了8月。洪仁玕带着天贵福突围，有意回到南方的广东。然而，天罗地网已经展开。10月，洪仁玕和洪天贵福先后被捕，并被处决。洪天贵福死时，离其十五岁生日还有一个星期。
到了1864年年底，不仅天王已辞世，而且所有那些他册封于他左右的核心圈内的诸王都已死尽：北王、东王、南王、西王、翼王、干王、忠王以及洪秀全之子幼天王天贵福。即使天父皇上帝对洪秀全的离世感到伤心，也没有任何迹象可寻。
历时十多年的太平天国就这样结束。数千万生灵涂炭，中国的人力、财力、物力几乎全部被参与者投入到双方的惨烈争斗。英法乘机发动了第二次鸦片战争，西方的冒险家们也渗透到了两个敌对阵营的各个方面。无论是为了什么目的，这场战争的代价都未免太痛苦。
