杨秀清拿到占优的盘面之后，似乎不能很好地控制自己，对韦昌辉和秦日纲肆意凌辱，又或者，这种凌辱本就是他扩大自己影响力的一种手段。韦秦二人并非可随意拿捏之人，杨秀清在这点上判断未免有点不清。
杨秀清独断朝纲已有数年之久。洪秀全想把自桂平就追随左右的心腹秦日纲和胡以晃封为王，好填补冯云山、萧朝贵遗下的空缺。杨秀清先表同意，后来两人西征一时失利，杨秀清便削去了二人刚受封的王位。北王韦昌辉不断被唤来躬听上帝训诫，无分昼夜；若是北王胆敢拖延，便有当众受鞭笞之虞。秦日纲因“不尽职守”而遭上帝责骂，以下狱为奴相胁。那些被杨判为“大违天规”者，则浇以膏油烧死，谓之“点天灯”。
然而东王在军事上还是有两把刷子的，不断的军事胜利，本身也是树立和巩固威信最好的手段。
杨秀清运筹帷幄，决胜百里之外——他可能偶尔也会和洪秀全商量。他派出大军增援，试图营救受围的北伐军，结果无功而返。他批准收复武昌和进军湖南的军事行动，并在1853年协调各部进军安徽和江西两省。他知道位于南京下游八十公里处长江南岸的镇江乃扼通往天京和大运河的要冲，至关重要。因此，当官军倾巢而出，欲夺回镇江时，杨秀清调集兵力增援，并由身经百战的将领率军。太平军浴血苦战而大胜，不但解了镇江之围，也增强防卫能力。部队精神还未养足，正在照护伤患之际，杨秀清断定，对聚集天京城东侧的官军大营发动攻击，此其时也。疲惫不堪的将领虽然大为不满，几乎要公开抗命，但还是凭着实战经验，趁敌之不备，连连直捣官军大营，结果大获全胜，一万多名官军被杀，彻底毁了官军大营，败军之将狂逃数十里才保住性命。
东王不但低估了韦秦二人，似乎也低估了天王。天王不怎么操理一般性事务，却也不是一个可以随意操纵的木偶。
东王认为这些胜利乃是他权力的保证，他的野心也随之日炽。天王称“万岁”，而杨秀清是“九千岁”，这乃天差地别，让杨秀清心中不平。杨秀清把最忠于天王的将领派以要务，即使军队元气还未完全恢复：石达开被派往西边的湖北省，秦日纲被派往江苏丹阳，北王韦昌辉被派往江西南昌。一等众将领带兵离开南京，杨秀清便告诉天王，他也想有“万岁”之衔。天王身边没有心腹将领，踌躇难决，便假意答应，建议以此盛事为两个月之后杨秀清祝寿。一面派出心腹密使暗中躲过杨秀清无所不在的耳目，分赴石达开、秦日纲、韦昌辉等处，命之立即返回天京，瓦解杨秀清的阴谋。
此事后续发展，竟以一个四处飘荡的爱尔兰人记载最详，我们将再一次看见，那些浪荡四方的外国人，是怎么在战火纷飞的中国找到自己生存的缝隙。
有个人称安东尼（Antonie）或安东尼奥（Antonio）的意大利人早在1853年就参加了太平军。此人力气甚大，很让他得意的是一柄近十公斤的剑——他的绝招是在战场上倒地装死，当清兵靠近时跳将起来，取下清兵脑袋。他的洋人身份使他享有特殊待遇，太平军给他钱“去买他嗜好的鸦片和酒” 。
安东尼目睹或者知悉了天京事变的很多过程，并记载了下来。
1856年9月1日午夜，北王韦昌辉率约三千名老兵抵南京，他已把江西战役的指挥权交给下属。秦日纲因离天京较近，此时已在城内，他随身带着精兵，是从夏天在镇江和南京城外战役中大获全胜的部队里精心挑出来的。秦日纲向洪秀全的妹夫赖汉英及胡以晃了解了状况，又和洪秀全稍稍谈过之后，决定不等石达开，抢在杨秀清集结城内六千多名忠于他的部队之前下手。于是，部队在曾饱受羞辱的北王率领之下突袭东王府，杨秀清还没来得及逃进为应付紧急事变的“空墙”，便遭斩杀。秦日纲、韦昌辉之前答应洪秀全，只杀杨秀清一人，如今所部不顾于此，见人就杀，无分男女、官位、老幼或职业。杨秀清的首级被割下来，挂在街心的一根木杆上。
东王就这样被解决了，然而天王的问题并没有被完全解决。
对洪秀全来说（对韦昌辉、秦日纲等人亦然），眼前的问题是如何处置六千余名东王余党，其中有许多人都是在紫荆山就入教，遍布南京各处。他们一直是忠诚的拜上帝会众，为时至少有五年以上，但是他们到底效忠的是杨秀清，还是洪秀全，这点并不清楚。可以冒险留待日后考察其行止，也可以来个一不做二不休。洪秀全在与北王等将领商量之后，决定不冒这个险。他们的计谋很阴毒，也很有效。天王颁布诏书，用语愤怒，斥责将杨府上下赶尽杀绝的血腥行径，锁拿北王韦昌辉、秦日纲，令之跪在天王府宫门前。天王府的宫女贴出一份长逾两米的黄绸，以朱砂书写，判两人受五百大杖，这种酷刑当年在紫荆山是用来处置叛徒的。天王府的女官在府门前厉声宣读天王旨意，有些人在旁聆听，但有些东王余党则凑上前来看。东王余党都被请来看北王受刑，地点设在天王府内。出入东王府向来不得带兵刃，所以这次人人也把武器留在门外，坐在中庭两侧的长形大厅里。韦秦两人跪在天王府的外院，刑杖开始落在他们身上，东王余党蜂拥上前，争相观看。等到东王余党差不多到了，大小院门一齐关闭，杖击也停止。杨秀清的余党落入圈套，有如瓮中之鳖。
韦昌辉和秦日纲的举动，未免有泄私愤的因素在其中。其实，他们的政治素养相对一般，无法完全预料自己所充当的角色，以及自己行动的后果。
翼王石达开从武昌附近赶回南京，路程比韦昌辉和秦日纲远得多。他在10月初抵达天京，途中就已得知这场匪夷所思的大屠杀。石达开义愤填膺，见了北王韦昌辉，当面指责他诛杀太甚，这等行径会帮了官军。韦昌辉大怒，说石达开可能是杨秀清一边的人，甚或已叛降了朝廷。石达开得友朋警告，说他也可能被暗杀，且城门紧闭，将不利于他，于是石达开在入城当天就缒城而出。当天深夜，韦昌辉和秦日纲包围了翼王府，破门而入，发现石达开已经逃了，就把他的妻子随从全数杀掉。
昔日的富家少年在举事之初，可能也未曾料到这样的结局，他决定扭转局面。
石达开西行溯江而上，召集了忠于他的部队、心怀不满的将领所部，还有三合会各路人马。石达开年纪虽轻，但却是太平天国诸将之中最得军心的，有本事号令近十万大军。石达开得此大军为后盾，又有长江交通之便，便重返天京，告诉天王，只有看到韦昌辉和秦日纲的人头才能让他称心。北王韦昌辉得讯便派秦日纲前去阻击石达开部队推进，并将古报恩寺炸毁，以防石达开得此制高点，炮轰天京。韦昌辉还图谋囚禁洪秀全，但计谋还没得逞，洪秀全就让亲兵杀了韦昌辉，把韦昌辉的人头送给石达开。不久，秦日纲也被诱骗回城处死。这并不能挽回石达开家人密友的性命，但至少还可堪告慰。1856年12月，石达开再入天京，受到英雄凯旋般的欢迎，场面壮观庄严。
东王被杀，北王被诛，翼王归来，天王会怎么想？天国要往哪里去？经历这场浩劫，所有事情都变了。
石达开重返天京之时，爱尔兰人和伙伴决定离开。他们已经看够了。“我们发现一切都乱七八糟，斩首变成家常便饭，我们想最好还是听由这些反贼自己去搞吧。”
