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Evaluating culture-free targeted next-generation sequencing for diagnosing drug-resistant tuberculosis: a multicentre clinical study of two end-to-end commercial workflows
Colman RE, Seifert M, De la Rossa A, Georghiou SB, Hoogland C, Uplekar S, Laurent S, Rodrigues C, Kambli P, Tukvadze N, Maghradze N, Omar SV, Joseph L, Suresh A, Rodwell TC.
Lancet Infect Dis. 2024 Oct 29:S1473-3099(24)00586-3.
doi: 10.1016/S1473-3099(24)00586-3.
背景：
耐药结核病仍然是终结全球结核病流行的主要障碍。部署用于全面耐药性分析的分子工具，对于成功检测和鉴定结核病耐药性至关重要。我们的目的是评估一类新的分子诊断方法对耐药结核病的诊断准确性。
方法：
我们在3个国家的参比实验室(格鲁吉亚、印度和南非)对两种靶向二代测序(tNGS)检测方法检测耐药结核病的性能，进行了前瞻性、横断面、多中心的临床评估，以评估诊断准确性和指标检测失败率。符合条件的参与者年龄≥18岁，经分子确诊为肺结核，且有利福平耐药结核病的风险。以表型药敏试验和全基因组测序结果为复合参考标准，计算利福平、异烟肼、氟喹诺酮类(莫西沙星、左氧氟沙星)、二线注射剂(阿米卡星、卡那霉素、卷曲霉素)、吡嗪酰胺、贝达喹啉、利奈唑胺、氯法齐明、乙胺丁醇和链霉素等药物的两种tNGS指标检测(GenoScreen Deeplex Myc-TB和Oxford Nanopore Technologies [ONT]结核耐药检测)的灵敏度和特异度。
研究结果：
在2021年4月1日至2022年6月30日期间，共邀请832人参与研究，其中720人被纳入最终分析(格鲁吉亚、印度和南非的参与者分别为212、376和132人)。在评估的720例临床沉积物样本中，658例(91%)和684例(95%)分别在GenoScreen和ONT tNGS工作流程上产生了完全或部分结果，616例涂阳样本中分别有593例(96%)和603例(98%)产生了tNGS序列数据。与复合参考标准相比，两种工作流程对利福平和异烟肼的敏感度和特异度均超过95%，对氟喹诺酮类药物(敏感度约≥94%)和二线注射剂的准确性较高(敏感度80%)。重要的是，这些检测还检测到了与关键新药和重新使用药物(贝达喹啉、利奈唑胺)的耐药性相关的突变，而目前市场上任何其他世界卫生组织推荐的快速诊断都无法检测到这些突变。我们注意到，目前的检测方法对利奈唑胺的敏感度较低(≤50%)，需要对与耐药性相关的突变进行更多的研究。
解释：
这种多中心评估表明，免培养的tNGS可以为结核分枝杆菌临床沉积物样本的耐药性检测和鉴定提供准确的测序结果，以便及时、全面地分析耐药结核病。
END
注：除非特别声明，本公众号刊登的所有文章不代表《中国防痨杂志》期刊社的观点。
翻译：阮云洲
编辑：王 然
审校：郭 萌
发布日期：2024-11-11
