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根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十条规定，印制、使用发票的单位和个人，必须接受税务机关依法检查，如实反映情况，提供有关资料，不得拒绝、隐瞒。因此，在税务检查中，应积极配合税务机关的调查，如实提供相关资料和情况。在税务检查中发现未取得发票，应当采取以下措施进行处理：
首先，检查未取得发票是否已超过5年。根据《国家税务总局关于发布<企业所得税税前扣除凭证管理办法>的公告》第十七条规定：企业以前年度应当取得而未取得发票、其他外部凭证，且相应支出在该年度没有税前扣除的，在以后年度取得符合规定的发票、其他外部凭证或者按照本办法第十四条的规定提供可以证实其支出真实性的相关资料，相应支出可以追补至该支出发生年度税前扣除，但追补年限不得超过五年。因此，企业未取得发票已超过五年，即便后期取得了发票也不能税前扣除，对此部分已税前扣除的成本费用的，应当直接进行纳税调整。
其次，未超过5年应下达责令限期改正。根据《国家税务总局关于发布<企业所得税税前扣除凭证管理办法>的公告》第十五条规定，汇算清缴期结束后，税务机关发现企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证并且告知企业的，企业应当自被告知之日起60日内补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证。其中，因对方特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，企业应当按照本办法第十四条的规定，自被告知之日起60日内提供可以证实其支出真实性的相关资料。因此，告知纳税人补开、换开发票是必经程序，而不能对未取得发票直接进行纳税调整。
其三，审查企业提供的特殊原因未取得发票是否符合政策规定。根据《国家税务总局关于发布<企业所得税税前扣除凭证管理办法>的公告》第十四条规定，企业在补开、换开发票、其他外部凭证过程中，因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，可凭以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除：（一）无法补开、换开发票、其他外部凭证原因的证明资料（包括工商注销、机构撤销、列入非正常经营户、破产公告等证明资料）；（二）相关业务活动的合同或者协议；（三）采用非现金方式支付的付款凭证；（四）货物运输的证明资料；（五）货物入库、出库内部凭证；（六）企业会计核算记录以及其他资料。前款第一项至第三项为必备资料。因此，如果未取得发票是因为对方未开具，应要求对方补开发票；若对方无法补开，可以提供其他能证明业务真实性的合法凭据，以支撑业务真实性。企业提供特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的证据，经审查符合条件的，可以予以税前扣除；不符合条件的，不予税前扣除。
其四，计算补缴企业所得税。企业未取得发票并且也不能提供无法补开、换开发票的特殊情况，或提供的资料不符合条件的，应当进行企业所得税纳税调整。未按规定取得发票在纳税调整时，应当分年确定已税前扣除的成本费用，分年确定应补或应退企业所得税。如果未取得发票导致未缴或少缴企业所得税，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十二条规定，税务机关在三年内可以要求补缴税款。如果纳税调整之后并未造成少缴企业所得税的，应根据税收征管法第六十四条进行处理，即纳税人、扣缴义务人编造虚假计税依据的，由税务机关责令限期改正，并处五万元以下的罚款。
