有部分孩子过敏可能与牛奶蛋白过敏有关。
据报道，4.6% 的 牛奶蛋白过敏的婴儿出现便秘；在对常规治疗效果不好，并到三级诊所就诊的儿童中，慢性便秘引起的食物过敏患病率在 28%-78% 。
一些婴儿和儿童在剔除膳食中的牛奶后得到了改善，提示摄入牛奶与便秘相关。例如，一项研究调查了65例（11-72月龄）转诊至儿童消化科的慢性便秘儿童。给予患儿2周的牛奶或豆奶，豆奶的孩子便秘改善，牛奶的孩子便秘没有改善。门诊便秘的孩子，家长怀疑牛奶蛋白过敏，给于低敏奶粉后便秘没有改善，说明孩子便秘与牛奶过敏无关。
不是所有的牛奶蛋白过敏的孩子都会便秘。也不是所有的便秘孩子都与牛奶蛋白过敏有关。对于慢性便秘、对常规治疗效果不好且没有器质性疾病的警报体征/症状的儿童，可以考虑进行为期 4 周的牛奶蛋白 消除饮食。在消除 牛奶蛋白症状改善的受试者中，牛奶蛋白的诊断应通过食物激发来确认，以避免不必要的长期饮食回避，否认容易造成营养不良。
