![]()
园艺植物涵盖了水果、蔬菜、观赏植物、和药用植物等众多植物类型，往期的内容中也有不少类似花卉、药用植物等相关的组学数据库和工具（数据库客户案例：每个物种都需要一个数据库！），但始终缺少综合性的园艺植物数据库。
今天，小编要向大家介绍一款综合性的园艺植物数据库——HortDB数据库。该数据库涵盖了五大植物类型共174种园艺植物。网址：https://bioinformatics. hainanu.edu.cn/hortdb/。
![]()
HortDB V1.0 的数据涵盖范围极广，包含174种园艺植物物种，涉及99个科、126个属，分类细致，涵盖蔬菜、水果、观赏植物、药用植物等多个类别。拥有203个基因组，基因组大小总计72.78Gb。同时，涵盖丰富的功能注释，如 GO、KEGG、NR、PFAM注释等，还包括17777个园艺相关基因和108条通路。表1 HortDB数据库数据集统计表
![]()
包含了众多实用的比较分析和可视化绘图分析工具，如Blast + 和 Batch Query 工具包可实现对选定序列的快速比较、可视化与批量下载，大大提高了研究效率。基因搜索、转录因子和基因家族搜索等工具、GO 和 KEGG 富集分析工具、HortPlot 工具包中还提供了九种常用绘图功能，如维恩图、热图、曼哈顿图等，满足在线可视化需求，便于数据展示与分析、并且具备在线引物设计和SSR挖掘功能，进一步拓展了数据库在研究中的应用范围。图2 HortDB数据库工具栏
![]()
图3 引物设计界面
![]()
图4 基因搜索功能
HortDB V1.0 非常注重用户体验，所有数据和工具都免费开放使用。总之，HortDB数据库提供了丰富的园艺植物组学数据，并配套了生物信息学工具，为园艺植物的研究提供了全面而深入的支持。
凌恩-盈飞团队，致力于开拓前沿分子生物学技术和高性能计算在生命科学研究、分子育种及人类健康领域的应用，旨在为生命科学领域客户提供领先的数据管理和分析解决方案。公司拥有多项自主专利技术和软件著作权，成功开发VG多样性分析软件、VG转录组分析软件、VG生信分析云平台、R J肿瘤信息管理系统（临床应用）、Y-STR/Y-SNP法医学分析平台（法医应用）、FD个人基因组分析和报告系统、FD祖源分析和报告系统、FD家系分析和报告系统、动植物物种数据库（水稻、蕨类、瓠瓜、旱獭、桉树等）、TMBQ靶向代谢组批量定量分析平台、蛋白代谢数据分析平台等。客户群体包括高等院校、科研院所、三甲医院及疾控中心，药企及基因检测公司等。HortDB V1.0: a genomic database of horticultural plants. Horticulture Research, 2024.
![]()
