【LorMe周刊】细菌铁载体:多样性、摄取途径和应用

文摘   三农   2024-11-19 14:00   江苏  

作者:许家正,南京农业大学博士在读,主要研究潜在铁载体介导菌群抗病

周刊主要展示LorMe团队成员优秀周报,每周定期为您奉上学术盛宴!本期周刊介绍铁载体生物合成、多样性、摄取以及应用。原文于2024年9月发表在《Nature Reviews Microbiology》上

导读
铁是几乎所有细菌生长和致病性的关键营养元素,但在有氧环境以及宿主营养免疫的条件下,铁的生物可利用性很低。本综述文章深入探讨了铁载体在细菌铁获取中的核心作用,介绍了细菌铁载体合成途径,强调了铁载体结构和细菌获取铁载体途径的多样性。除了螯合铁,铁载体还可以螯合多种其他金属,展现出在环境领域的重要性。本综述整理了铁载体在农业、生物修复、金属回收以及医学领域的应用潜力。

主要内容

一、细菌使用铁载体获取铁

一般来说,细菌通过铁载体介导的铁获取过程涉及一系列步骤:感应铁缺乏;合成并分泌铁载体;螯合铁;通过特定的转运系统导入铁载体-铁复合物;最后在细菌细胞内从这些铁载体中释放铁。
1.1 铁载体的生物合成

铁载体的生物合成是铁获取机制研究中的关键环节。在已鉴定的500种铁载体中(实际已发现703种铁载体结构,详见公众号之前推送:【LorMe成果】SIDERITE:全面揭示化学空间隐藏的铁载体),只有少数几种的生物合成途径得到了深入解析。铁载体的合成主要通过NRPS(非核糖体肽合成酶)途径。其中,第一个被描述生物合成途径的铁载体是大肠杆菌产生的enterobactin(图1)。该生物合成过程涉及多种酶的协调作用,包括通过EntA、EntB和EntC将莽草酸(chorismate)转化为2,3-二羟基苯甲酸(DHB),随后通过NRPS EntF和另外三种酶(EntE、EntB和EntD)组装三个DHB分子和三个L-丝氨酸,形成最终的铁载体结构。

另一个重要范例是铜绿假单胞菌中的pyoverdine I的生物合成。pyoverdine I由四种NRPS——PvdL、PvdI、PvdJ和PvdD——组装的11个氨基酸肽构成(图2)。这一多酶复合体的形成不仅包括NRPS,还涉及PvdH、PvdA和PvdF参与合成非典型氨基酸(图2a),以及周质中PvdQ、PvdP和PvdO参与的脂肪酸链的去除和色素的环化,最终合成完整的铁载体pyoverdine I(图2b)。这一全新的多酶复合体(图2d)的发现,为细菌中的铁载体合成提供了新视角,并指出了铁载体生物合成可能发生在细胞质膜附近,从而优化了前体分子在不同酶之间的转移效率,以及对铁载体合成后分泌出细菌的重要性。

图1:大肠杆菌中enterobactin的生物合成途径

图2:铜绿假单胞菌中 pyoverdine I 的生物合成途径

1.2 铁载体的铁螯合作用与及其化学结构的多样性

铁载体因其对铁离子,尤其是三价铁离子(Fe³⁺)的高亲和力而备受关注,这使得它们能够有效捕获环境中的微量铁离子(表1)。铁载体的高亲和力主要得益于其多样的化学结构和双齿配位基团,如儿茶酚(蓝色)、异羟肟酸(绿色)、α-羟基羧酸(粉色)及酚酸基团(橙色)(图3)。铁载体通常包含三个双齿基团,通过八面体几何结构与Fe³⁺离子配位。然而,具备少于三个双齿基团的铁载体也并不少见,其配位化学计量可为2:1或3:1。铁载体的结构异质性反映了微生物在多样化生态位中适应不同铁可用性条件的策略。

图3:铁载体的结构

1.3 铁载体的铁吸收与运输

在细菌铁吸收和运输的机制研究中,革兰氏阴性和革兰氏阳性细菌展示了不同的复杂策略。革兰氏阴性细菌通过TonB依赖型转运蛋白(TBDTs,TonB-dependent transporters)在外膜上摄取铁载体-铁复合物,这个过程依赖于内膜中的TonB-ExbB-ExbD复合物提供能量,从而使铁载体-Fe复合物穿过外膜进入周质(图4a)。TBDTs表现出对铁载体的显著特异性,例如,铜绿假单胞菌可以表达至少14种不同的TBDTs,以利用多种铁载体。进入周质后,铁从铁载体中释放的过程可以在周质或细胞质中进行,取决于铁载体类型和细菌种类,并涉及铁的还原和可能的铁载体修饰与裂解(图4b)。革兰氏阳性细菌则依赖于锚定在细胞膜上的特异性受体,通过这些受体将铁载体-铁复合物转移至细胞膜中的ABC转运蛋白,再通过相应的还原机制释放铁,以供细菌利用。例如,金黄色葡萄球菌可以在其细胞表面表达多个系统,每个系统都专用于通过特定类型的铁载体或外源铁载体吸收铁(图4c)。

图4:革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌的铁摄取

在铁摄取的具体实例中,铜绿假单胞菌和大肠杆菌展示了不同的enterobactin-铁(Ent–Fe)摄取机制。在铜绿假单胞菌中,Ent–Fe复合物通过TBDTs PfeA和PirA进入周质,并在还原酶和酯酶PfeE作用下分解为2,3-二羟基苯甲酸(DHBS)(图5a左)。而在大肠杆菌中,该复合物通过TBDT FepA进入周质,在周质中,Ent–Fe复合物与周质蛋白FepB结合,再通过ABC转运蛋白FepGD转运入内膜,最终在细胞质中由还原酶Ydjh和酯酶Fes分解(图5a右)。另一例子是铜绿假单胞菌的pyoverdine I-铁(Pvd-Fe)摄取,Pvd-Fe复合物通过TBDTs FpvA和FpvB进入周质,与周质蛋白FpvF和FpvC结合,形成复合物后与内膜上的FpvGHJK复合物绑定,铁在此被还原并从Pvd中解离出来,二价铁通过ABC转运蛋白FpvDE进入细胞质,Pvd仍与FpvF结合,后者引导其进入PvdRT–OpmQ外排泵,促进其排出到细胞外环境中(图5b)。总之,铁载体的化学结构以及细菌获取铁载体途径的多样性展示了铁载体在细菌生存和资源竞争中的关键作用。

图5:通过enterobactin和pyoverdine I的铁摄取

1.4 铁载体对铁以外其他金属的吸收和运输

铁载体不仅能高效螯合铁,还能螯合多种其他金属离子,引发了这些金属是否能通过铁载体进入细菌的广泛研究。尽管铁还原步骤是铁载体传递铁的关键,可能避免了非铁金属的吸收,但也有数据显示某些铁载体确实能传递其他金属。例如,yersiniabactin能够结合镍、铜等多种二价过渡金属,帮助大肠杆菌在锌限制的培养基中生长。此外,pyochelin也能传递非铁金属至铜绿假单胞菌细胞中,表明某些具有特定化学结构的铁载体可能具有金属载体功能。然而,铁载体传递其他金属的生物学意义和具体机制尚待进一步研究。这些发现拓展了我们对铁载体功能的理解,提示铁载体可能在细菌生理和致病性中扮演更广泛的角色。

二、铁载体在竞争与感染中的作用

铁载体在细菌竞争和感染中具有关键作用。在微生物群落中,铁载体显著影响细菌在铁限制环境中的生长与生存,细菌可以利用自身或外源铁载体获取铁,从而在竞争中占据优势,如铜绿假单胞菌通过多种铁载体在铁竞争中击败肠道沙门氏菌。在感染期间,宿主通过营养免疫限制铁以抑制病原体,而病原体则通过释放高亲和力铁载体从宿主中捕获铁,促进其生长和繁殖。此外,病原体利用共生菌或竞争对手产生的外源铁载体,进一步增强了其在宿主体内的竞争力与生存能力。因此,铁载体被视为关键毒力因子,理解其在感染中的作用为开发针对细菌铁获取途径的新型治疗策略提供了启示。


三、铁载体的创新应用

铁载体由于其对铁及其他金属离子的高亲和力,正逐渐成为多个领域中的重要创新工具。在农业中,铁载体作为生物肥料和生物农药,有助于改善植物生长、提高营养吸收和整体作物健康。它们能溶解土壤中的不溶性铁以及其他生物金属离子(如锌、铜和锰),改善植物营养吸收(图6A),并通过破坏病原体的铁获取过程来保护植物(图6B)。此外,在水产养殖中,产生铁载体的有益微生物通过竞争铁,抑制鱼类病原体的生长,减少疾病爆发。铁载体还在生物修复中应用广泛,能够与金属离子(如砷、镉、铅、汞等)形成稳定的复合物,增强这些金属的溶解度,并被微生物和植物吸收,进而从污染环境中去除有毒金属(图6C)。此外,铁载体也在稀土元素的回收过程中发挥重要作用,提供了一种环保替代方案。

在医学应用方面,铁载体展现出了巨大的潜力。铁载体可以作为抗生素载体,利用细菌的铁摄取通路直接将药物递送至细菌细胞内,增强抗菌治疗的效果(图6D)。铁载体可以被修饰以携带成像剂,通过与放射性同位素或对比剂结合,能够提高MRI和其他成像模式的对比度和可见性,用于检测和监测多种疾病中的炎症过程。铁载体在癌症治疗中也受到了关注,研究人员通过剥夺癌细胞所需的铁可以抑制其生长(图6E)。对于遗传性血色病、地中海贫血和某些类型的贫血引起的体内铁过量,铁螯合疗法利用去铁胺(Desferrioxamine)等铁载体结合体内多余的铁,减轻上述病情症状(图6F)。此外,铁载体因其对金属离子的高亲和力,基于铁载体的金属传感器广泛应用于环境中金属污染以及体液中的异常金属离子浓度检测。铁载体与病原体的特异性相互作用,也被用于开发病原体传感器,实现食品、水、临床样品和临床诊断在内的各种环境中病原体的快速检测。

图6:铁载体的应用

总结

综上所述,铁载体的化学结构以及铁载体介导的铁获取机制的多样性反映了微生物与其环境之间的复杂相互作用。铁载体介导的铁获取的分子机制,包括铁载体的生物合成、铁螯合、铁的吸收和运输,使得微生物能够在铁缺乏的环境中生存,并促进了微生物群落的动态变化。理解铁载体介导的铁获取的复杂性,对于阐明微生物的生理、生态和进化具有重要意义,同时也为开发基于铁载体及其相关铁摄取通路的环境、生物技术和生物医学应用提供了思路。铁载体因其多样的化学结构和卓越的金属螯合特性,展示了跨学科创新应用的广阔前景,或许能够为解决不同领域的挑战提供创新的解决方案。



论文信息

原名:Bacterial siderophores: diversity, uptake pathways and applications

译名:细菌铁载体:多样性,吸收途径和应用

期刊Nature Reviews Microbiology

DOI:10.1038/s41579-024-01090-6

发表时间:2024.9

通讯作者:Isabelle J. Schalk

通讯作者单位:法国,斯特拉斯堡大学



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编辑|许家正

排版|许家正

审核|顾少华


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