完成宏网络分析所需的前置分析较多，分析过程的着色、差异化等步骤也较为繁琐。为此，LorMe包提供两个宏网络分析相关功能并配套模块分析功能，首先进行预分析，并可根据预分析效果与研究需求，再次调整可视化内容，最后进行模块分析。在进行宏网络分析前，同样有一些注意事项：
由于采用传统的plot()可视化方法，图例的位置与右下角plot面板的尺寸有关。如图例位置与网络图重叠，可拉伸plot面板进行调整。 使用network_withdiff进行初始化分析后，可提取差异物种的分布统计，并通过network_visual_re进行定制化调整。 对于超过4组处理的封装对象，indicator会提供非常多的tag类型，这种情况建议先查看tag类型，再根据需求手动将tag调整至6类以下方便更好可视化。
# 数据准备library(LorMe)data("Two_group") #使用内置示例数据# 首先进行预分析set.seed(999)## 网络分析network_results <- network_analysis(taxobj = Two_group,taxlevel = "Genus",n = 10,threshold = 0.8)## 差异分析之指示物种分析（也兼容保内DESeq分析获得的结果）indicator_results <- indicator_analysis(taxobj = Two_group,taxlevel = "Genus")# 宏网络分析network_diff_obj <- network_withdiff(network_obj = network_results, # 网络分析结果diff_frame = indicator_results, # 差异分析结果aes_col = Two_group$configuration$treat_col# 差异节点颜色)## 查看各模块包含的差异物种总数print(network_diff_obj$tag_statistics$sum_of_tags)## 查看各模块包含的不同处理差异物种数量print(network_diff_obj$tag_statistics$detailed_tags)
## 根据差异节点数，如想要只展示差异节点数量在10个以上的模块network_visual_re(network_visual_obj = network_diff_obj,module_paint = TRUE, # 把背景着色改为TRUEmodule_num = c(1, 4) # 指定模块ID)## 或者我们想展示包含差异节点数量最多的5个模块my_module_palette <- color_scheme("#FEEFE0"),5)#先用独立工具配个色network_visual_re(network_visual_obj = network_diff_obj,module_paint = TRUE,= c(1, 3, 4),module_palette = my_module_palette
随后，我们根据差异物种聚集的模块，对这些模块丰度进行组间分析。
moduleframe=Module_abundance(network_obj =network_results,#网络分析结果No.module = c(1,2,3)#所需分析模块)#我们对富集control处理节点较多的模块执行模块分析moduleframe$plotlist$Plotobj_Module3$Barplot #根据我们的样本量选择合适的可视化,这里柱状图比较合适moduleframe$plotlist$Plotobj_Module3$Statistics #查看具体统计信息(写文章或展示需用)#我们对富集treatmment处理节点较多的模块执行模块分析moduleframe$plotlist$Plotobj_Module1$Barplot #富集treatment节点较多的模块#作为比较,我们也看看宏网络可视化中未显示的模块moduleframe$plotlist$Plotobj_Module2$Barplot #此处就没有发现显著差异
接下来进行模块组成分析：
## 此处展示指定物种模式：显示与主要物种组成分析一致的前5个门community <- community_plot(taxobj = Two_group,taxlevel = "Phylum",n = 5,rmprefix = "p__") # 主要物种组成分析top5_phyla <- names(community$filled_color) #提取主要门的名字module_results <- Module_composition(network_obj = network_results,#网络分析结果No.module = c(1, 3),#所需分析模块taxlevel = "Phylum",#展示的分类水平mode = "select",#可视化模式：指定物种palette = community$filled_color,#分类水平颜色select_tax = top5_phyla,#指定物种名称rmprefix = "p__"#移除前缀)print(module_results$Module1$Pie_plot_Module1)print(module_results$Module3$Pie_plot_Module3)# 模块组成的其他展示模式请阅读帮助文档
编辑|汪宁褀
排版|许家正
审核|韦中
