Nature插图的傻瓜式复现(二)之数据浓缩气泡图

文摘   科学   2024-11-25 11:17   北京  

气泡图

气泡图是一种三维数据图气泡的位置包含了X和Y的位置信息,气泡的大小包含了Z的大小信息,如果再以颜色区分气泡,则可以再加入第四维度的信息。当数据量特别大时,则可以通过这种方式将数据图变得简洁明了。

Nature原图


插图结构


插图解读


主图1中,气泡在左侧能表达PRs大于GRs,在右侧能表达PRs小于GRs,气泡对应的横坐标位置可以表达数据集中的值,气泡的大小能够表达PRs比GRs大多少百分比或小多少百分比,气泡的颜色能够表达数据的显著性差异。

复现方法:Excel+Visio


在Excel中实现气泡图的绘制

气泡图需要三列数据,第一列是X轴的数据,第二列是Y轴的数据,第三列是气泡的直径大小。因为没有相关数据,这里用随机数代替原始数据。缺省值不填任何数据。

选中三列数据,插入气泡图,修改气泡图坐标轴的范围,X轴为-3到3,Y轴的范围为0-26,代表纵坐标的26类指标,点击气泡,在右侧设置里面将气泡的大小缩放至合适的大小

再将右侧的气泡绘制出来。

在Visio中绘制图形的坐标轴

用直线工具画出主图的轮廓。

我们可以将原图复制粘贴在Visio中,直接在图片上面绘制,这样大小尺寸就可以跟原图保持一致。

画轮廓前,我们需要输入一个10pt或8pt的字作为大小的金标准,画的轮廓要按照这个金标准调整大小。例如下面这样的比例是不合适的,我们无法为每个刻度分配标注信息

字体大小不变,调整轮廓大小,大概是这样的比例,就可以继续绘制了。

刻度线是用直线绘制的,绘制出第一根直线后,通过CTRL+左键的方式复制,然后用排列和位置工具自动调整刻度线的位置和间距

在方框内加入无边框的矩形,区分数据类型。因为无边框矩形是我们后画的,所以它们的图层在方框图层之上,导致方框的边界被覆盖,这时候我们要调整一下无边框矩形的图层,将它们置于底层,坐标轴边框如果是用矩形工具画的,需要改为无填充。

将Excel的气泡图粘贴至Visio中取消组合

重要提示:Office的Excel在粘贴时经常无法取消组合,本人用的是WPS

首先先将Excel的图形取消组合,然后缩放大小,与坐标轴轮廓一致。位置调整好以后,给每个气泡加上横线。

为气泡加上颜色,原图的颜色是由红到蓝的渐变色,因为visio中没有取色器的工具,所以我们需要利用微信截图,在选择截图范围时,将鼠标悬停在想要吸取颜色的地方,便能够看到鼠标旁边的RGB值,将那个颜色手动输入到visio中就可以获取原图的颜色了。如果希望颜色变化得更平滑,可以在中间插入更多的颜色

然后,为气泡填充相应的颜色。基本的效果已经实现了。

添加标注的信息

在这里我只完成了一幅主图便立即添加标注信息的原因是:标注信息的大小和位置很可能需要根据实际情况进行微调,而其他主图与主图1的模板相同,所以在最后进行其他主图的绘制是最节约时间的。

我们按照原图的信息将需要的文字打出来,灵活使用位置和对齐功能。

绘制剩余的部分

图形字体的比例调整好以后,将坐标轴轮廓和其他相同的元素复制三个,这些元素可以组合为一个整体,防止在复制时漏掉某些元素。

我们要经常使用参考线实现图形的对齐,操作方法是鼠标放在标尺上向下或者向右拉动一下

在这里我将右边的图例进行了一下改动,因为整幅图的结构偏长,所以图例适合用竖版图例。

其他主图的气泡位置和大小根据实际数据调整。

零散知识点

布局构思:在模仿别人数据图的样式的时候要对自己的图的布局进行构思,不能一概而论,一般的布局有1*1,1*2,2*1,2*2,3*2,3*3这几种,要提前想好自己用哪种布局,这样才能对子图的长宽比例有一个大概的了解。例如上图可以变成这样的布局,布局不同需要考虑的自然不同。

多用参考线:visio有非常方便的参考线,在对齐元素时可以自动吸附,这是保证布局整齐的关键步骤。如图为一些必要的参考线。

形状保护:将Excel中的气泡粘贴至visio中后,需要调整所有气泡的长和宽,这个过程不是等比的,会将气泡变成椭圆,这时候要用到形状保护工具。这样即使只是将气泡的高度降低了,它的宽度也会随之改变。


柱状图的变体

这个图其实是柱状图的变体,我们经常会在柱状图上加入标注,表示数据前后变化的增长比例或降低比例,有时还会在图上加这样的显著性差异符号,加入的符号太多导致这种图看起来乱乱的,没有原图简洁,而且需要4幅这样的图,既占篇幅,又不美观。选择合适的图形样式对提升论文的质量至关重要。


心得体会

Nature论文需要具备充足的数据量,如果这些数据用一些常规的数据图表表达的话,则需要很多的子图,而一篇论文的图是有限的,所以很有必要以一种极简单的方式,对大量的数据进行整合。我们应该学习Nature的插图,其中包含了很多的智慧,只有我们一步一步地去复现这个过程,我们才能理解某些操作的必要性。

本文只是提供了一种简单复现方法,对科研大神来说,还是用代码实现最好。

Nature插图的傻瓜式复现(一)请阅读Nature原图复现,原来这么简单?

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在读博士的科研经历,专注分享论文写作和科研画图的相关知识。
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