CGM第425期:小麦种子贮藏蛋白泛基因组尺度的基因分型和表型预测

文摘   科学   2024-07-15 08:32   北京  

CGM将于北京时间7月17日星期三 8:00 PM举办在线沙龙活动。本期我们有幸邀请到中国科学院遗传与发育生物学研究所张召衡博士生讲述PanSK: a k-mer-based pangenome approach for cataloging seed-storage-protein genes in wheat to facilitate genotype-to-phenotype prediction and improvement of end-use quality”。

嘉宾简介


张召衡
2016-2020;山东农业大学;本科

2020-2023;中国农业大学;硕士研究生

2023-至今;中国科学院遗传与发育生物学研究所;博士研究生(在读)

内容摘要

小麦是全球35%以上人口的主食,其面粉被用来制作数百种烘焙食品。优异的加工品质是如今小麦主要的育种目标。然而,调控小麦品质的籽粒储藏蛋白编码基因其序列重复性高、拷贝数多、品种间变异复杂,在已组装的基因组中常存在缺口,导致其在育种上的应用受到限制。在此,我们开发基于SSP基因特异短核苷酸序列(k-mer)策略,在泛基因组水平实现无需参考基因组比对的小麦籽粒储藏蛋白基因精准分型。利用PanSK我们揭示了地方品种中未被利用的储藏蛋白基因多样性。通过基于k-mer的关联分析鉴定到23个与加工品质关联的SSP基因作为潜在的育种目标。并在1BL / 1RS易位系小麦中发现ω-secalins的清除与加工品质的提高有关。最后利用基于k-mer SSP基因分型结果构建了机器学习模型,实现了对小麦的品质性状的精准预测,为小麦的品质基因设计育种提供了一种可靠的方法。


关键词:小麦;加工品质;籽粒储藏蛋白,k-mer;泛基因组;表型预

参考文献:Zhang et al. A k-mer-based pangenome approach for cataloging seed-storage-protein genes in wheat to facilitate genotype-to-phenotype prediction and improvement of end-use quality. Mol Plant. 2024 Jul 1 ;17(7):1038-1053.

参加方式

2024年7月17日 星期三 8:00 PM(北京时间)

2024年7月17日 星期 2:00 PM(欧中时间)

2024年7月17日 星期 8:00 AM(美东时间)


参与平台:腾讯会议及Bilibili(关注:CGMonline)

腾讯会议ID:914-7750-2482

腾讯会议链接: https://meeting.tencent.com/dm/oftYkEStbPqB


(可点击阅读原文/Read more直接进入)


扫描二维码

关注我们


BilibiliCGMonline 欢迎三连!

CGM网站:cgmonline.co

YouTube:Chinese Genomics Meet-up

微信群: 请添加微信好友SuonThriangh,请务必注明"CGM+姓名单位"。


CGM基因组沙龙
华人基因组学在线沙龙,华人学者学术交流平台(https://cgmonline.co)
 最新文章