CGM第444期:精准基因组层级软件的开发

文摘   科学   2024-10-12 19:33   广东  
CGM将于北京时间10月16日星期三 8:00 PM举办在线沙龙活动。本期我们有幸邀请到中国热带农业科学院橡胶研究所许东博士讲述精准基因组层级软件的开发”。
嘉宾简介
许东
中国热带农业科学院橡胶研究所,
基因组学,助理研究员;
中国农业科学院基因组研究所,
生物信息学,博士后
中国林业科学研究院,
林木遗传育种,博士;
山东农业大学,林业,硕士。

内容摘要

随着植物研究的不断深入及测序技术的不断发展,越来越多的植物物种纳入了现今的研究体系中。不同物种,乃至是同一物种的不同品种间存在着较为明显的表型及遗传物质的差异。这种差异决定了我们的分析工具应该具有更强的针对性。因而,我们应对目前的工具进行进一步的功能细化及革新以适应学科发展的需要。在充分了解现有程序(主要集中在基因功能注释及sgRNA设计方面)优、缺点的基础上,课题组连续发开了GFAP以及CIDP,它们分别为研究人员提供切实、可用的基因功能注释及sgRNA设计工具,不再要求用户选择模板及参考物种而直接对本物种基因进行分析是这两款软件最主要的创新点。

关键词:生物信息学,程序开发、GFAPCIDP

参考文献:

1.Xu Dong, Yang Yingxue, Gong Desheng, Chen Xiaojian, Jin Kangming, Jiang Heling, Yu Wenjuan, Li Jihong*, Zhang Jin*, and Pan Weihua* (2023). GFAP: ultrafast and accurate gene functional annotation software for plants. Plant Physiology 193, 1745-1748.

2.Xu Dong†, Zhang Jin, Zhao Xianjia, Hou Yuze, Jiang Heling, He Wenchuang, Ma Xiongfeng, and Pan Weihua (2023). CIDP: a multi-functional platform for designing CRISPR sgRNAs. Horticulture Research 10, uhad092.

参加方式

2024年10月16日 星期三 8:00 PM(北京时间)

2024年10月16日 星期 2:00 PM(欧中时间)

2024年10月16日 星期 8:00 AM(美东时间)


参与平台:腾讯会议及Bilibili(关注:CGMonline)

腾讯会议ID:914-7750-2482

腾讯会议链接: https://meeting.tencent.com/dm/oftYkEStbPqB


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