程昊宇于2024年7月起担任耶鲁大学生物医学信息学与数据科学系的助理教授 (https://hcheng-lab.github.io/)。在此之前，他于哈佛医学院和Dana-Farber Cancer Insititue的Heng Li实验室从事博士后研究。他在中国科学技术大学获得计算机科学博士学位（导师：Yun Xu）。他的研究主要集中在针对基因组数据的计算方法设计与开发，特别是基因组组装及其应用。
基因组从头组装（de novo genome assembly）是一种不依赖参考基因组的基因组重构方法。如何高效组装全基因组一直是生物信息学中的核心问题之一，并且仍然是最具挑战性的任务之一。随着长读长测序技术的进步，组装算法现在能够以经济有效的方式重建高质量的二倍体人类基因组。这一显著进展促进了对复杂基因组的全面研究，并为个人基因组时代铺平了道路。我将介绍我们为基因组从头组装设计的一整套算法，包括 hifiasm（Cheng et al, Nature Methods, 2021），hifiasm（Hi-C）（Cheng et al, Nature Biotechnology, 2022）和 hifiasm（UL）（Cheng et al, Nature Methods, 2024）。这些算法旨在通过整合各种数据类型来生成最佳基因组组装结果。
关键词：hifiasm, genome assembly, haplotype-resolve
1. Cheng H, Asri M, Lucas J, Koren S, Li H. (2024) Scalable telomere-to-telomere assembly for diploid and polyploid genomes with double graph. Nat Methods, online ahead of print. PMID: 38730258.
2. Cheng H, Jarvis ED, Fedrigo O, Koepfli KP, Urban L, Gemmell NJ, Li H. (2022) Haplotype-resolved assembly of diploid genomes without parental data. Nat Biotechnol, 40(9):1332-1335. PMCID: PMC9464699.
实验室正在招聘博后，详细信息请参照：https://postdocs.yale.edu/postdoctoral-associate-positions-computational-genomics
1. 计算机科学、生物信息学、计算生物学、统计学、遗传学或相关专业博士;
2. 编程技能强。最好具有使用 C、C++ 或 Rust 等高性能语言开发算法的经验;
3. 具有分析大规模基因组序列数据的专业知识;
4. 发表过高水平SCI;
5. 良好的英语口语和书面交流能力;
待遇: Fresh PhD: $68,000 一年; 有一期博后经验或者想应聘scientist的薪资可以再议
有意者请联系邮箱：haoyu.cheng@yale.edu, 附上CV，邮箱请以“Postdoc Application - Cheng Lab”为表头
2024年7月9日 星期二 08PM（北京）
2024年7月9日 星期二 02PM（欧中）
2024年7月9日 星期二 08AM（美东）
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