CGM将于北京时间7月31日星期三 8:00 PM举办在线沙龙活动。本期我们有幸邀请到佐治亚大学张旋博士讲述“绘制大豆单细胞基因表达和染色质可及性图谱”。
嘉宾简介
内容摘要
位于非编码区的顺式调控元件可以精确调控基因的时空表达，但目前大豆基因组中的顺式调控元件还有待注释。这里我们通过整合空间转录组，单细胞转录组和单细胞基因组技术，绘制了大豆十个组织单细胞水平的基因表达和顺式调控元件图谱，共注释了103个细胞类型，包含303,199 个染色质开放区域。利用该图谱，我们分析了关键固氮相关转录因子Nodule Inception(NIN)的核心调控网络，鉴定了三种细胞亚型的胚乳及其营养转运相关基因的时空表达，还绘制了高密度的大豆早期胚胎发育轨迹并鉴定了胚胎细胞分化的关键转录因子。最后，我们利用这些数据构建了一个大豆单细胞转录调控图谱数据库（https://soybean-atlas.com/），以方便对任何大豆基因进行单细胞水平上的转录及调控网络的挖掘。
关键词：snRNA-seq, scATAC-seq, spatial RNA-seq,种子发育，根瘤发育
Zhang, Xuan, Ziliang Luo, Alexandre P. Marand, Haidong Yan, Hosung Jang, Sohyun Bang, John Pablo Mendieta, Mark AA Minow, and Robert J. Schmitz. "A spatially resolved multiomic single-cell atlas of soybean development."bioRxiv (2024): 2024-07.
佐治亚大学Bob Schmitz 课题组招博士后，对表观遗传，表观基因组学，单细胞技术感兴趣的欢迎联系。实验或生物信息背景均可，实验背景的话最好不排斥学习生信。详见课题组网站：https://schmitzlab.uga.edu/
参加方式
2024年7月31日 星期三 8:00 PM（北京时间）
2024年7月31日 星期三 2:00 PM（欧中时间）
2024年7月31日 星期三 8:00 AM（美东时间）
参与平台：腾讯会议及Bilibili（关注：CGMonline）
腾讯会议ID：914-7750-2482
腾讯会议链接: https://meeting.tencent.com/dm/oftYkEStbPqB
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