饮食可以保护免受自身免疫疾病的影响，但饮食是否通过宿主和/或微生物组起作用仍不明确。在此使用生酮饮食（KD）作为模型来解析这些复杂的相互作用。生酮饮食以微生物组依赖的方式拯救了实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的小鼠模型。对饮食进行补充，添加单一的依赖于生酮饮食的宿主代谢物（β-羟基丁酸 [βHB]），能够拯救EAE，而无法在肠道中产生βHB的转基因小鼠则发展出更严重的疾病。移植由βHB塑造的肠道微生物组具有保护作用。乳酸菌的序列变体与T辅助17细胞活化的降低相关。最后分离出一种L. murinus菌株，该菌株能够保护小鼠免受EAE的影响，其表型与通过βHB补充富集的乳酸菌代谢物——吲哚乳酸相似。因此，饮食通过改变宿主代谢来改变肠道微生物组的免疫调节潜力，强调了采用更综合的方法来研究饮食、宿主和微生物组之间相互作用的有效性。
