黄灵芝1,2 符晓2 祁显涛2 刘昌林2 谢传晓2 吴鹏昊1 任姣姣1,* 金洁2,*
2 中国农业科学院作物科学研究所, 北京 100081
摘要 Abstract
开发超微型基因编辑系统是当前基因编辑技术发展的重要方向,该论文比较了3种不同来源Cas12f的编辑活性及相关优化技术,为拓展植物微型基因编辑工具特别是在玉米背景中的应用,提供了有较大应用潜力的参考信息。论文研究紧跟前沿技术热点,并具有一定的探索创新性,建议发表。
1 材料与方法
1.1 材料
将暗培养14 d的玉米品种B73的黄化苗用于制备原生质体。
1.2 菌株与质粒
大肠杆菌克隆菌株为Trans1-T1 (北京全式金生物技术有限公司,CD501),原核表达菌株为BL21 (DE3) (北京全式金生物技术有限公司,CD601),酵母转化菌株为AH109 (北京酷莱搏科技有限公司,CC317)。
原核表达载体pET-30a和酵母表达载体pGADT7和pGBKT7为本实验保存,克隆载体pEASY-Blunt 3购自全式金生物技术有限公司(CB301-01);引物均由生工生物工程(上海)股份有限公司合成,OsCas12f、SpCas12f和UnCas12f经玉米密码子优化后的全长编码序列及其sgRNA的骨架序列均由南京金斯瑞生物科技有限公司合成。
1.3 试验方法
1.3.1 Cas12f原核表达载体、酵母表达载体及玉米原生质体瞬时表达载体的构建
原核表达载体构建:以人工合成的3个目的片段OsCas12f、SpCas12f和UnCas12f作为模板,利用带同源臂序列的引物进行PCR扩增(表1),采用pET-30a载体作为目的载体,通过限制性内切酶Hind Ⅲ和BamH Ⅰ在37℃酶切3 h后,通过NEBuilder DNA组装试剂盒(NEB北京分公司,E2621L)将pET-30a线性载体和不同Cas12f基因片段相连,最终成功构建pET-30a-OsCas12f、pET-30a-SpCas12f和pET-30a-UnCas12f载体。
酵母表达载体构建:根据目的载体序列来设计引物(表1),扩增获得3种Cas12f、Cas12i.3片段。将pGADT7载体作为目的载体,通过限制性内切酶Kpn Ⅰ和BamH Ⅰ进行双酶切获得线性载体。通过无缝克隆将扩增的目的片段与线性pGADT7载体相连,完成中间载体pGADT7-Cas12i.3、pGADT7-OsCas12f、pGADT7-SpCas12f、pGADT7-UnCas12f的构建;将中间载体利用Nhe Ⅰ和Not Ⅰ限制性内切酶切割,与SNR52启动子序列和带有T1基因靶位点与T2基因靶位点的sgRNA序列(表1)相连,最终完成7个表达载体pGADT7-Cas12i.3-sgRNA、pGADT7-OsCas12f-T1、pGADT7-OsCas12f-T2、pGADT7-SpCas12f-T1、pGADT7-SpCas12f-T2、pGADT7-UnCas12f-T1、pGADT7-UnCas12f-T2的构建。
eGFP报告载体构建:将pGBKT7载体用BsaB Ⅰ与BssH Ⅱ进行双酶切,与带有T1、T2基因靶位点和eGFP序列目的片段(表1)相连,完成pGBKT7-eGFP报告载体的构建。
玉米原生质体表达载体构建:同上述方法一致,通过2次酶切和2次连接将扩增后的片段先后克隆至瞬时表达载体pUC19中,分别完成了pUC19-Ubi-OsCas12f-Rbcs、pUC19-Ubi-SpCas12f-Rbcs、pUC19-Ubi-OsCas12f-Rbcs-sgRNAT1、pUC19-Ubi-OsCas12f-Rbcs-sgRNAT2和pUC19-Ubi-SpCas12f-Rbcs-sgRNAT1和pUC19-Ubi-SpCas12f-Rbcs-sgRNAT2六个载体。在这6个表达载体中,由玉米Ubiquitin1启动子驱动Cas12f表达,用CaMV35S enhancer-CmYLCV-ZmU6复合型启动子驱动sgRNA表达[19]。
1.3.2 不同Cas12f蛋白的原核表达及纯化
将不同Cas12f质粒转化到BL21 (DE3)感受态细胞中后挑取单克隆,最终在700 mL含有卡那抗生素(浓度均为50 µg mL-1)的LB液体培养基37℃进行扩大培养到OD600值在0.70~0.75区间,冰浴1 h,按1∶100加入0.5 mol L-1 IPTG试剂进行诱导表达,恒温摇床培养温度18℃,转速为140转 min-1,培养14~16 h。4000转 min-1、4℃,离心20 min,收集菌体。加入45 mL结合缓冲液重悬菌体。超声波破碎菌体,12,000转 min-1、4℃,离心1 h,取上清并过滤除菌。
细菌裂解液离心后按1∶1000比例加入清洗好过的Ni-NTA琼脂糖介质,4℃旋转孵育60~90 min。将样品通过收集柱经重力自然流出后,用20倍柱体积的清洗缓冲液清洗,之后用洗脱缓冲液进行洗脱,通过凝胶电泳(10% SDS-PAGE)对收集的各个组分进行鉴定。
利用100000-MWCO蛋白超滤管将样品中的洗脱缓冲液替换为蛋白储存液(50 mmol L-1 Tris,600 mmol L-1 NaCl,20% glycerol,1 mmol L-1 TCEP (pH 7.5))直到样品浓缩体积为2 mL,并用Pierce M BCA Protein Assay Kit (Thermo Fisher,23227)对不同Cas12f蛋白进行定量。
分别在玉米ZmGDIa (Zm00001d010255)和ZmGRF5 (Zm00001d026240)基因上设计了靶向编辑位点T1:5′-TTC TGG GCA CGG GGC TCA AGG AGT GCA-3′和T2:5′-TTT CTT GAA CGG TTG CGG CCG CGG TGC A-3′,设计的靶位点适用于Cas12f在酵母及玉米原生质体中的活性检测。以合成的Cas12f的sgRNA骨架为模板,T7 sgRNA scaffold F、T1 sgRNA scaffold R、T2 sgRNA scaffold R为引物(表1),通过重叠PCR将T7启动子及靶点序列分别添加到sgRNA序列的5′端和3′端,扩增获得不同Cas12f蛋白的sgRNA体外转录模板,2%琼脂糖凝胶电泳后胶回收,获得体外转录底物。体外转录使用HiScribeT7 RNA快速转录试剂盒(NEB,E2025S)。最后通过苯酚:氯仿萃取纯化和乙醇沉淀法获得sgRNA[20],−80℃保存备用。
以玉米B73基因组DNA为模板,通过PCR扩增sgRNA靶序列两侧各200~300 bp序列作为PCR/RNP酶切体系的底物。将2 µg不同Cas12f蛋白和2 µg sgRNA、1 µL 10×RNP组装缓冲液混合均匀,37℃孵育30 min,加入0.3 µg酶切底物,分别在28℃、37℃、45℃和55℃酶切0.5~3.0 h。加入2 µL RNaseA,37℃孵育15 min去除反应体系中的sgRNA,60℃孵育20 min终止反应,1%琼脂糖凝胶电泳检测酶切情况。采用ImageJ软件对酶切条带进行条带灰度值分析,酶切效率计算公式为:酶切效率(%) = (b+c)/(a+b+c) × 100%,式中,a为未消化PCR底物的灰度值,b和c为酶切产生条带的灰度值。
1.3.5 酵母细胞转化
取10 µL Carrier DNA,95~100℃,5 min,冰浴后快速冷却,重复1次。取100 µL AH109感受态冰上融化后依次快速加入构建完成的Cas12f酵母质粒2~5 µg、PEG/LiAc 500 µL充分吹打混匀,30℃水浴30 min,期间水浴至15 min时轻轻混匀1次。加入20 µL DMSO混匀,45℃水浴15 min (中间混匀1次)。5000转 min-1离心40 s,弃上清,加入1 mL YPD Plus,30℃震荡培养90 min,5000转 min-1离心40 s,弃上清,加入300 µL 0.9% NaCl重悬,均匀涂布在缺Trp (Tryptophan)和Leu (Leucine)的酵母培养基上,30℃倒置培养96 h。
试验设计组合方式:阳性对照载体pGADT7-Cas12i.3-sgRNA+pGBKT7-eGFP;OsCas12f编辑活性检测对照组pGADT7-OsCas12f+pGBKT7-eGFP,实验组pGADT7-OsCas12f-T1+pGBKT7-eGFP、pGADT7-OsCas12f-T2+pGBKT7-eGFP;SpCas12f编辑活性检测对照组pGADT7-SpCas12f+pGBKT7-eGFP,实验组pGADT7-SpCas12f-T1+pGBKT7-eGFP、pGADT7-SpCas12f-T2+pGBKT7-eGFP;UnCas12f编辑活性检测对照组pGADT7-UnCas12f+pGBKT7-eGFP,实验组pGADT7-UnCas12f-T1+pGBKT7-eGFP、pGADT7-UnCas12f-T2+pGBKT7-eGFP。
酵母绿色荧光蛋白恢复表达观察:利用LUYOR-3415RG便携式荧光蛋白激发光源对酵母克隆进行eGFP表达的可视化检测。酵母中eGFP恢复效率的计算公式:eGFP恢复效率(%) = (绿色荧光酵母克隆数/统计酵母克隆数) × 100%。
1.3.6 玉米原生质转化及突变位点检测
玉米原生质体制备及PEG介导的玉米原生质体转化方法参考Cao的文章[21]。分别取不同Cas12f表达质粒20 μg,通过PEG转化至玉米原生质体中,暗培养48 h后收集原生质体,CTAB方法提取原生质体基因组DNA,利用靶位点特异扩增引物(表1)进行PCR扩增后进行Hi-TOM测序,检测靶位点编辑情况。
2 结果与分析
2.1 OsCas12f、SpCas12f、UnCas12f蛋白的原核表达纯化
基于原核表达骨架载体pET-30a,构建了OsCas12f、SpCas12f和UnCas12f蛋白的原核表达载体(图1-A)。分别在蛋白两端融合了6×His标签,融合标签后OsCas12f、SpCas12f及UnCas12f蛋白分子量大小预测分别为62.93 kD、70.41 kD和75.12 kD。研究分别在28℃和37℃下进行IPTG诱导蛋白表达,通过SDS-PAGE蛋白凝胶电泳检测表明,Cas12f蛋白均有表达,且表达蛋白大小符合预期(图1-B)。研究进一步扩大诱导表达体系,为保持蛋白活性,蛋白诱导表达温度调整为18℃,利用Ni-NTA亲合层析柱进行蛋白纯化,获得较高纯度的Cas12f蛋白(图1-C),用于后续体外PCR-RNP活性检测。
2.2 Cas12f/sgRNA介导的体外底物酶切
A:Cas12f在0.5 h时PCR/RNP酶切效率;B:Cas12f在1 h时PCR/RNP酶切效率;C:Cas12f在2 h时PCR/RNP酶切效率;D:Cas12f在3 h时PCR/RNP酶切效率。
2.3 CRISPR/Cas12蛋白在酵母体系中活性检测
为比较不同CRISPR-Cas12f系统的真核生物基因编辑活性,构建了基于荧光蛋白表达恢复的Cas12f蛋白编辑活性报告系统。然后分别构建仅Cas12f蛋白表达和Cas12f与向导sgRNA分子同时表达的编辑载体(图4-A)。将报告载体与编辑载体共转化酵母后,Cas12f蛋白在靶位点剪切产生DNA双链断裂,通过同源重组修复可恢复eGFP蛋白的表达(图4-B)。
图4 3种CRISPR-Cas12f系统的酵母编辑效率
2.4 CRISPR/Cas12蛋白在玉米原生质体中的活性检测
前人研究证明SpCas12f在玉米和水稻中具有编辑活性[14],本研究发现OsCas12f在体外及酵母胞内具有优于SpCas12f的靶标编辑活性。因此,研究进一步评估OsCas12f同SpCas12f在玉米原生质体瞬时表达的编辑活性。研究分别构建了靶向玉米内源T1、T2位点的OsCas12f或SpCas12f植物表达载体,利用转录增强子串联玉米的Ubiquitin1启动子驱动OsCas12f或SpCas12f的表达和CaMV35s enhancer-CmYLCV-ZmU6复合型启动子驱动向导RNA的表达。瞬时转化玉米原生质体后置于37℃培养48 h,提取基因组DNA,扩增靶位点序列进行二代测序。
Hi-TOM测序结果分析表明,OsCas12f在靶向位点T1和T2均可以进行定点编辑引入缺失突变,在内源位点T1的编辑效率为2.72%,在靶位点远离PAM端发生9 bp到14 bp不等的碱基缺失,在内源位点T2的编辑效率为1.97%,在远离PAM端的靶位点处发生11 bp的碱基缺失。SpCas12f在T1靶位点没有检测到突变,在T2靶位点处检测到17 bp的插入缺失突变,编辑效率仅为1.09% (表2)。结果表明,OsCas12f蛋白的玉米原生质体瞬时表达编辑活性高于SpCas12f。
3 讨论
4 结论
参考文献
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