伯豪生物植物单细胞抽核实验纪实-小麦

文摘   2024-12-26 16:36   上海  


伯豪生物

植物单细胞抽核实验纪实-小麦

小麦(学名:Triticum aestivum L.)是禾本科、小麦属一年或越年生草本植物。是一种营养丰富、经济价值较高的商品粮,在中国南北各地广为栽培,品种很多,性状均有所不同。经过长期的发展,已经成为世界上分布最广、面积最大、总产量第二、贸易额最多、营养价值最高的粮食作物之一。小麦产业发展直接关系到国家粮食安全和社会稳定。所以针对于小麦的产量以及抗病性提高就是重中之重。

但如果没有不同细胞群的精确转录图谱,人们就无法准确描述它们的所有功能以及驱动它们活动的潜在分子网络。所以制备植物原生质体或者抽取植物单细胞核就是我们做植物单细胞实验最需要攻克的难关。但是原生质体的分离过程具有巨大的挑战性,例如不同物种和组织之间细胞壁中有机大分子的复杂成分需要特定的酶成分和浓度来水解细胞壁。同时,样品与酶的接触面积也会影响分离效率,并且原生质体的大尺寸降低了大多数目前可用的商业化单细胞平台的捕获效率。其次,植物细胞大小的差异很大,再加上渗透压对细胞大小的影响,可能导致实验偏差。因此,snRNA-seq就变成了一种植物单细胞水平RNA测序的重要技术。

我们利用伯豪生物自主研发上市的伯优®植物样本细胞核分离试剂盒,针对于小麦根和小麦叶样本进行了抽核测试。结果如下:

小麦叶、小麦根RNA质检结果:合格,可抽核


小麦根抽核结果图片:

(1) 碎片率:7%

(2) 结团率:2%

小麦叶抽核结果图片:

(1) 碎片率:10%

(2) 结团率:3%

禾本科小麦样本的抽核的碎片率和结团率完全能够达到单细胞上机要求!


小麦单细胞核文章实例:

标题:Asymmetric gene expression and cell-type-specifc regulatory networks

in the root of bread wheat revealed by single-cell multiomics analysis

期刊: Genome Biol(IF:10.1)

发表时间:2023.4

技术平台:snRNA-seq,ATAC

文章摘要:对小麦根进行了单核RNA测序和 ATAC 测序,以研究非对称基因转录、重建细胞分化轨迹和细胞类型特定基因调控网络。、确定了 22 种细胞类型,重建了细胞分化轨迹,表明表皮/皮层和内皮之间的起源不同,从而将小麦与拟南芥区分开来。在单细胞水平进行分析时,不对称转录三元组的比例变化很大。我们还发现了决定细胞类型特征的中枢转录因子。特别证明了 TaSPL14 通过调节 BAM1 的表达参与了血管的发育。结合单细胞转录和染色质可及性数据,构建了驱动根毛分化的伪时间调控网络,发现 MYB3R4、REF6、HDG1 和 GATAs 是这一过程中的关键调控因子。

参考文献:

Zhang L, He C, Lai Y,  et al.Asymmetric gene expression and cell-type-specific regulatory networks in the root of bread wheat revealed by single-cell multiomics analysis. Genome Biol. 2023 Apr 4;24(1):65.


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