最新顶刊文献速递|单细胞转录组系列（11月）

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顶刊文献一：Nat Med丨跨临床病理特征的转移性乳腺癌活检的多模式单细胞和空间表达图谱

文章标题：A multi-modal single-cell and spatial expression map of metastatic breast cancer biopsies across clinicopathological features

期刊：Nature Medicine（IF：58.7）

文章摘要：该研究为60例转移性乳腺癌患者的67例肿瘤活检样本绘制了一幅多模态的空间和细胞图谱。这些患者具有不同的临床病理特征，并且肿瘤涉及九个不同的解剖部位。科研人员通过单细胞或单细胞核RNA测序，并结合四种空间表达检测技术，对这些活检样本进行了详细的分析，并探讨了跨临床病理特征和方法学多样性的新兴空间表达特征。他们还特别关注了巨噬细胞群体的空间表达和共定位特征，描述了上皮-间质转化的三种不同空间表型，并确定了与局部T细胞浸润或排斥相关的表达程序。这些发现不仅为科研人员提供了关于转移性肿瘤微环境的深入理解，还展示了在临床相关发现方面的巨大潜力。

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顶刊文献二：Nat Methods丨利用单细胞 RNA 测序数据的人类胚胎参考图谱

文章标题：A comprehensive human embryo reference tool using single-cell RNA-sequencing data

期刊：Nature Methods（IF：36.1）

文章摘要：该研究借助干细胞技术构建了胚胎模型（stem cell-based embryo models），用于模拟人类胚胎的发育。这些模型的可靠性需要通过对比真实胚胎的数据来加以验证。研究人员利用单细胞RNA测序技术，对这些模型与真实胚胎的基因表达谱进行比较，以确保它们在分子水平上能够忠实再现人类胚胎的发育过程。此外，该研究利用单细胞RNA测序技术整合六个公开数据集，对人类胚胎在不同发育阶段的细胞进行全面分析，最终构建了一份从受精卵到原肠胚的基因表达参考图谱。

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顶刊文献三：Nature丨人类肠道单细胞图谱揭示肠道化生细胞在胃肠道疾病中的新作用

文章标题：Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases

期刊：Nature（IF：50.5）

文章摘要：该研究通过结合来自160万个细胞的空间数据和单细胞数据，构建了迄今为止最全面的人类肠道细胞图谱。这项研究不仅让我们更深入地了解肠癌和炎症性肠病（IBD）等疾病的发病机制，还揭示了一种特定肠道细胞的新作用，强调了它在某些人体内可能导致疼痛和炎症的循环中的贡献。

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顶刊文献四：Nature丨映射到连续组织轴的空间人类胸腺细胞图谱

文章标题：A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis

期刊：Nature（IF：50.5）

文章摘要：该研究利用单细胞测序和先进的空间绘图技术，追踪了从怀孕后11周到3岁的样本中胸腺和T细胞的发育情况，绘制人类胸腺发育的首个空间图谱，发现终身免疫的基础建立得比之前认为的要早。该研究还开发了一种名为OrganAxis的标准化高分辨率空间绘图方法，用于比较胸腺样本在不同发育阶段的组成和结构组织，其分辨率比以往任何时候都要高得多。这种方法还可能应用于其他随时间发生显著变化的器官或个体差异较大的器官，如肝脏或肾脏。

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顶刊文献五：Nature丨人神经类器官的整合转录组细胞图谱

文章标题：An integrated transcriptomic cell atlas of human neural organoids

期刊：Nature（IF：50.5）

文章摘要：该研究将26个不同方案的36个单细胞转录组数据集，整合到一个总计超过170万个细胞的人类神经类器官细胞图谱中。与发育中人脑参考数据相比较，类器官具有体外生成的原代细胞类型和状态，研究还估算了原代细胞和类器官之间，由方案不同造成的转录组相似性。该研究提供了浏览图谱和查询新数据集的程序界面，并展示了该图谱在注释类器官细胞类型，和评估新类器官方案方面的强大功能。最后，研究还表明该图集可作为一个多样化的对照队列，用于注释和比较神经疾病的类器官模型，识别可能造成模型神经疾病的基因和通路。人类神经类器官细胞图谱将有助于评估类器官的保真度、特征紊乱和疾病状态，并促进类器官制备方法的开发。

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顶刊文献六：Nat Med丨人类血管细胞的器官型图谱

文章标题：An organotypic atlas of human vascular cells

期刊：Nature Medicine（IF：58.7）

文章摘要：该研究整合了来自 19 个人体器官和组织的单细胞转录组学数据，并定义了来自~67,000个细胞（62个供体）的 42 种血管细胞状态，还表征了器官型细胞群，包括脾索内皮细胞和血脑屏障细胞，从而阐明了这些重要细胞状态的分子谱。该研究对人类血管细胞中血管多样性和器官型分子特征的理解，并对跨组织的血管疾病具有治疗意义。

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顶刊文献七：Cancer Cell丨癌周交叉呈递触发致病性炎症削弱免疫治疗疗效

文章标题：Pericancerous cross-presentation to cytotoxic T lymphocytes impairs immunotherapeutic efficacy in hepatocellular carcinoma

期刊：Cancer Cell（IF：48.8）

文章摘要：该研究通过对肝细胞癌（HCC）患者的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学测序，揭示了HCC中癌周巨噬细胞通过内质网（ER）相关的降解机制介导的胞质途径途径将抗原交叉呈递给肿瘤反应性细胞毒性T淋巴细胞（CD103+CTL），这一过程导致CD103+CTL滞留在癌周区域，从而激活巨噬细胞中的NLRP3炎症小体，促进肝癌进展和免疫治疗抵抗。此外，尽管存在组织驻留效应细胞表型，但CD103+CTL的聚集预示着接受多种治疗的HCC患者的不良临床结局。相应地，靶向肿瘤微环境中CD103+CTL重新分布的治疗策略，不仅能促进肿瘤内CD103+CTL的浸润，还能削弱癌周巨噬细胞的促肿瘤炎症反应，从而增强免疫检查点阻断（ICB）疗法对HCC的治疗效果。

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顶刊文献八：Cell丨胎儿单核吞噬细胞在先天性寨卡病毒感染中的不同功能

文章标题：Differential contributions of fetal mononuclear phagocytes to Zika virus neuroinvasion versus neuroprotection during congenital infection

期刊：Cell（IF：45.5）

文章摘要：研究发现寨卡病毒感染的卵黄囊内巨噬细胞前体细胞可能会迁移到胎儿体内造成胎儿大脑感染，胎儿的小胶质细胞可以抵抗寨卡病毒感染，但是原始巨噬细胞和单核细胞可以促进神经炎症，并可能可以作为潜在的治疗靶点。此外，该研究对感染的胎儿小鼠大脑进行了单细胞RNA-seq，绘制了寨卡病毒感染过程中的大脑细胞类型的神经炎症图谱。最后他们利用人类大脑类器官进行验证，发现在寨卡病毒感染过程中小胶质细胞也具有神经保护作用。

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顶刊文献九：Nature丨心脏、血液和肿瘤的免疫检查点治疗的心肌炎免疫反应特征

文章标题：Immune responses in checkpoint myocarditis across heart, blood and tumour

期刊：Nature（IF：50.5）

文章摘要：该研究利用单细胞RNA测序结合T细胞受体（TCR）测序、显微镜和蛋白质组学分析，通过28名免疫相关性心肌炎（irMyocarditis）患者和41名未受影响个体的心肌、外周血和肿瘤组织的深度测序，揭示免疫相关心肌炎的免疫反应特征。这项研究揭示ICIs治疗患者免疫相关心肌炎发生的心肌、外周血和肿瘤的免疫反应特征，为理解免疫相关心肌炎的致病机制和发现新的生物标志物以及开发预防或治疗靶点提供新的思考。

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顶刊文献十：Nature丨γδ T细胞可节律性产生IL-17以维持脂肪从头生成

文章标题：Rhythmic IL-17 production by γδ T cells maintains adipose de novo lipogenesis

期刊：Nature（IF：50.5）

文章摘要：

据了解，免疫系统的昼夜节律有助于抵御病原体。该研究利用scRNA-seq对脂肪组织中的固有T细胞进行分析发现产IL-17型γδ T细胞尤其依赖分子钟来维持脂肪组织稳态，脂肪细胞特异性IL-17受体C（IL-17RC）缺陷的小鼠在脂肪从头生成方面存在缺陷，从而损害全身代谢和昼夜体温调节，这一发现为代谢相关疾病提供了潜在的治疗靶点。

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顶刊文献十一：Cell丨成纤维网状细胞可在肿瘤内形成保护T细胞的环境

文章标题：Fibroblastic reticular cells generate protective intratumoral T cell environments in lung cancer

期刊：Cell（IF：45.5）

文章摘要：该研究发现成纤维网状细胞（Fibroblastic Reticular Cells, FRCs）在肿瘤微环境中扮演了一个关键的角色，它们不仅参与构建微环境，还积极影响免疫系统对肿瘤的反应。为了揭示FRC在肿瘤微环境中的起源，研究团队应用单细胞转录组分析对人类和小鼠的肺癌样本进行了研究。结果显示，FRCs在肿瘤微环境中发挥着至关重要的作用。它们通过生成特定的免疫微环境，吸引并激活T细胞，从而增强宿主对肿瘤的免疫反应。通过调控FRC及其分泌的趋化因子CCL19和CCL21，可能为包括肺癌在内的多种实体瘤的治疗带来新的突破。

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顶刊文献十二：Nat Methods丨基于单细胞 RNA 测序的植入前小鼠和人类胚胎的深度学习模型

文章标题：Deep learning-based models for preimplantation mouse and human embryos based on single-cell RNA sequencing

期刊：Nature Methods（IF：36.1）

文章摘要：该研究利用一系列深度学习工具，来整合和分类这些庞大的数据集。这种方法使得他们能够清晰地定义小鼠和人类胚胎的细胞类型、谱系和状态，从而最大限度地利用这些宝贵的实验资源来获取信息。这些深度学习工具不仅提高了数据处理的效率，还使得研究者们能够更深入地理解胚胎发育和细胞分化的复杂过程。

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顶刊文献十三：Nature丨用于大规模搜索相似人类细胞的细胞图谱基础模型

文章标题：A cell atlas foundation model for scalable search of similar human cells

期刊：Nature（IF：50.5）

文章摘要：单细胞RNA测序已经在器官、疾病、发育和扰动中分析了数亿个人类细胞。挖掘这些不断增长的图谱可以揭示细胞疾病的关联，发现意外组织环境中的细胞状态。该研究开发了SCimilarity，这是一个度量学习框架，能够快速查询来自不同研究的数千万个细胞特征，表征这些细胞特征在转录上与输入的细胞特征或状态相似。SCimilarity 是单细胞图谱的基础模型，使研究人员能够查询人体相似的细胞状态，为从人类细胞图谱中生成生物学见解提供了强大的工具。

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