单细胞Flex
限时限量抢购
活动时间:即日起至2024年12月31日
巨惠价
10999元/样本
含抽核,上机,建库,测序50G及基础分析
活动说明:
1. 活动时间为合同签订时间;
2. 样本数量≥6 ;
3. 活动最终解释权归伯豪生物所有。
10X Genomics及伯豪生物均实验过许多组织类型:肺癌、前列腺癌、鼻咽癌脑转移、肺转移、肝癌、肠道、结直肠癌、肺癌淋巴结、子宫内膜癌、胃癌、食管鳞癌、胃癌脑转移、颈部淋巴结,黑色素瘤,卵巢癌,肾等。伯豪生物已完成数百例样本,如图所示FFPE居多,此外有细胞固定冰冻样本。不同组织类型的基因中位数有所差别,项目开展前您可与伯豪生物科研顾问联系沟通了解白名单样本以及其他样本的更多信息。
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Flex应用样本
• FFPE样本,医院病理科大量存档样本,进行回顾性研究。
• 某些传染类疾病样本,由于运输和实验条件限制不便于取新鲜样本,可固定后送样检测。(附:细胞/核固定操作流程)
• 准确获取样本瞬时基因表达谱“微量”变化,实验处理/药物治疗的不同时间及不同发育时间组等。新鲜组织解离过程容易诱导应激基因的表达,或随着处理时间的延长而导致转录表达谱发生变化,引起细胞转录模式发生“人为改变”。尤其对于一些解离时间较长和基因表达变化迅速的组织。
• 与FFPE空间转录组联合,极大开拓了FFPE样本的利用空间。
• 某些新鲜或冰冻样本质检结果差,无法满足常规实验要求的样本。
• 石蜡样本后续需经过DV200质控,DV200≥50%的样本继续进行细胞核解离操作,(基于现有项目经验DV200<50%的属于风险实验,详见下表)。细胞核产量需≥50万个,背景干净杂质少,核膜完整度>80%,结团率<10%;合格样本,可继续进行后续单细胞实验。
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Flex亮点
• 探针捕获更灵敏,分析数千个至数十万个细胞或细胞核的基因表达,捕获人类或小鼠全转录组,可检测低表达基因。
• 兼容不同样本类型,将单细胞分析扩展到临床试验或其他转化研究所使用的FFPE组织并附带针对不同样本类型而优化的示范方案,包括细胞系、原代细胞以及含有脆弱细胞的解离组织。
• 锁定细胞瞬时状态,准确获取样本瞬时基因表达谱“微量”变化。
• 细胞捕获率高达65% ,多细胞(multiplets)比例低,每1,000个细胞仅为0.8%,满负荷上样时每个样本的多细胞比例不超过8%。
• 减少批次效应,在不折损数据质量的情况下保存样本,实现在同一次运行中批量分析样本,并最大限度减少实验可变性。
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送样建议
• 优先寄送蜡块,要求被包埋组织体积>0.5cm3,蜡块密封后4度避光保存和运输。如不方便提供蜡块,可切石蜡卷寄送。
• 石蜡卷要求:
(1)RNA抽提质检:5μm≥2卷或者25μm/50μm≥1卷。
(2)细胞核提取:25μm厚度的石蜡切片≥4卷或50μm厚度石蜡切片≥2卷。
(3)蜡卷被包埋组织横截面积>0.3cm2,现切现用(4度最多保存1周),厚度不可小于25μm,石蜡卷置于1.5ml EP管内,密封后4度避光保存和运输,保证石蜡卷完整不破碎。石蜡卷如破碎较为严重,说明样本脆性较大,会影响样本质量。注:某些组织类型由于同等体积下细胞数量较少,可能需要提供更多蜡卷,例如穿刺样本、脂肪组织、肺癌、心肌等。
• FFPE保存年限:无明确年限要求,已有文献表明相对于保存时间,固定时间对RNA质量影响更显著(Trinks A,2024)。
单细胞Flex
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2024年11月11日~12月31日
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