华大时空-伯豪生物首批FF V1.3内测数据新鲜出炉！

文摘 2024-11-06 13:50 上海

“探索无限可能，共绘时空前沿——在2024时空组学用户峰会·北京站”上，华大生命科学研究院主任科学家廖莎正式发布了适用于新鲜冷冻（FF）样本的时空转录组FF V1.3。在正式发布前，伯豪生物作为华大时空组学的生态合作伙伴已经提前体验过较前作有巨大提升的FF V1.3版本啦，那现在就跟随小编来看一下我们的内测结果吧~

更高的基因数，获得更高质量的数据

内测样本类型我们选取了小鼠脑组织，使用华大时空转录组FF V1.3中1 cm*1 cm芯片。结果显示，在时空转录组FF V1.3优化时空试剂、酶、探针以及算法软件后，实验结果整体数据结果非常漂亮。在1,870,628,731个Reads的测序深度下，Bin 20 （约10μm，近似单个细胞直径）平均MID为745，平均基因数达到了487，检测到的基因总数为43,114。可以看出，升级后的每个细胞内检测出了更多高质量转录本数据，为各种应用场景下的科学研究提供了无限可能。

小鼠脑样本华大时空转录组FF V1.3基础数据展示

CellBin分析，精准解析组织基因表达空间特征

在华大自主研发的基于Stereo-seq系列的CellBin一站式细胞分割结果中我们看到，在CellBin水平能够捕获到的更多的空间转录组信息，单个细胞中位 MID数为1,611，中位基因值可以达到964，整体内测数据结果与华大公布的小鼠脑数据结果基本一致。

CellBin基于华大时空芯片底层设计，利用track线实现1μm内配准精度，将细胞影像图和表达矩阵对齐；利用影像学特征完成高精度的组织分割、细胞核分割以及细胞内分子归类，刻画出单个细胞的分子边界；映射到芯片内，提取分子信息，获得精准的单细胞表达矩阵。

伯豪内测数据：小鼠脑组织中时空转录组FF V1.3捕获基因数与MID数

七大性能共提升，为科研提供全新的视角与方向

除了提升捕获性能与CellBin的分析体验外，时空转录组FF V1.3用户实操体验方面做了很多优化，主要表现为：将新鲜冰冻样本RIN≥7的质控条件，向下兼容至RIN≥4，这能够使更多低质量的珍贵组织可以进行空间转录组探究；提升透化荧光信号强度，让最佳透化时间选择更加容易；将H&E封片剂集成进试剂盒，方便选择同片ssDNA染色/H&E染色，且两种染色方案都支持单细胞分割；优化试剂和实验流程，缩短操作时间，极大提升了实验效率。

在可视化分析工具提升上，华大推出了StereoMap，这是一款桌面端可视化软件，可以实现图像处理和交互式可视化探索。这款全新的分析软件功能更加强大，操作更加简单、易用，允许以单细胞级分辨率（CellBin）轻松解析基因表达空间特征、探索全转录组空间奥秘。

时空转录组FF V1.3七大性能全面提升

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伯豪生物是生物芯片上海国家工程研究中心的有机组成部分，是国家工信部专精特新“小巨人”以及上海市科技小巨人企业。聚焦单细胞（核）多组学、空间转录组学以及Olink蛋白组学等服务产品，协助客户发表SCI论文超过2000篇，平均影响因子超过5。

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