外泌体专题II|Olink精准蛋白组学助力细胞外囊泡研究

文摘   2024-12-20 10:32   上海  
小编说

细胞外囊泡(Extracellular Vesicles, EVs)是细胞释放的脂质双层结构颗粒,广泛存在于各种生物液体中。其包含脂质、蛋白质和核酸,能在细胞外环境中稳定存在,并在多种生物过程,如细胞间通讯和信号传导,起到关键作用。

由于EVs具有稳定性和含有特定于来源细胞的物质,将其作为液体活检样本,能够有效减少组织活检的侵入性。检测EVs中的生物标志物,有助于我们更深入地理解复杂疾病,诊断难以确诊的患者,并监测治疗效果。

由于EVs的样本量较少,检测蛋白质含量需要高灵敏度高准确性的技术。Olink的PEA技术以极低的样本消耗和出色的检测灵敏度,在EVs研究领域受到青睐。继我们之前分享了关于Olink在外泌体生物标志物发现中的应用案例,外泌体的应用文章近期不断增加,今天,小编就带大家一起看一看五篇典型的新增案例。

疾病诊断和预后及免疫调节标志物应用

探索EVs心血管疾病诊断和预后标志物
Science Reports (IF=4.9)

细胞外囊泡(EVs)是心血管疾病诊断和预后的新生物标志物来源。目前尚未广泛比较血浆EVs与血浆及动脉粥样硬化斑块中的蛋白质,但这一比较将可能为生物标志物来源的起源和内容以及它们与动脉粥样硬化进展的关联提供见解。本案例在Athero-Express样本库中选择了88名颈动脉内膜切除术患者的样本,在柠檬酸血浆、血浆来源的LDL-EVs和动脉粥样硬化斑块中通过Olink Cardiovascular III panel测量了92种蛋白质。

研究结果
  • 蛋白质在来源之间具有相关性,并且与术前中风和3年主要不良心血管事件(MACE)有关。血浆和pEV蛋白之间的相关性在83种蛋白质中具有统计学意义。
  • 与血浆和斑块相比,EVs在MACE方面差异表达的蛋白质最多(下图),似乎比血浆或动脉粥样硬化斑块提供了更多关于系统性动脉粥样硬化严重程度和进展的信息。

柱状图表示按术前中风(A)和3年MACE(B)分层的差异表达蛋白的数量。这是根据每个生物标志物来源(EV、斑块和血浆)进行的,总共测量了94种蛋白质。

UCMSC培养条件对其免疫调节能力的影响
Cells (IF=5.6)
脐带间充质干细胞(UCMSCs)通过分泌细胞外囊泡(EVs)等旁分泌介质,展现出调节免疫系统的能力。培养条件的差异会改变UCMSCs的分泌物组成,进而影响其免疫调节潜力。UCMSCs通常在21% O2条件下体外培养,但研究开始关注低氧环境(5% O2)下的生长,以模拟体内环境。此外,促炎培养环境能增强UCMSCs的抗炎能力。本研究分析了在正常氧、低氧和促炎条件下培养的UCMSCs产生的EVs,以探讨培养条件对EVs蛋白质组的影响。通过Olink Inflammation panel技术,我们从UCMSC条件培养基中分离并表征EVs,并分析了其蛋白质组成。
研究结果
  • 从在常氧或缺氧条件下培养并用促炎细胞因子(TNF-a、IFN-y和IL-1ẞ)刺激的UCMSC中分离的EV表现出EV蛋白质分泌物的改变。
  • 来自促炎条件的EV显示出增加的促炎蛋白质组学谱(例如CCL3、MCP2、MCP4、CSF-1)常氧组与常氧/促炎预处理组之间有16种蛋白质存在统计学差异,而缺氧组与缺氧/促炎预处理组之间有21种蛋白质存在统计学差异(下图)。

火山图显示了在常氧和常氧/促炎预处理条件(A)以及低氧和低氧/促炎预处理条件(B)下EVs中蛋白质表达的标准化蛋白表达(NPX)差异。

阿尔茨海默症早期疾病检测生物标志物应用


pEV助力AD早期标志物发现‍‍‍‍‍‍
NanobiotechnologyIF=9.5)

阿尔茨海默病(AD)在发展过程中,痴呆期通常优于前驱AD期出现,此时Aβ和p-tau导致的神经元损伤和轻度认知障碍(MCI)达到高峰。大多数AD病例在神经元损伤不可逆时才被诊断。因此,鉴别MCI病因是临床医生面临的挑战。血液生物标志物作为预筛查工具受到广泛研究,而血浆细胞外囊泡(pEV)作为AD早期生物标志物的新来源也颇受关注。为了确定与前驱期AD相关的外泌体蛋白质组学特征,作者对一组早发性MCI(EOMCI)患者进行了一项横断面研究,使用Olink蛋白质组学的多重PEA技术在pEV、脑脊液(CSF)和血浆样本中测量了184生物标志物(Olink Inflammation and Neurology panels)(下图 )。

实验设计思路

研究结果
  • 已确诊为淀粉样病变的EOMCI患者的pEV中的蛋白质与CSF中的p-tau181水平、脑室容积变化、脑内高强度信号和简易精神状态检查评分相关。
  • 炎症EV蛋白可区分EOMCI Aẞ(+)和Aẞ(-)患者(下图)。
  • 循环外泌体可能先于原始血浆获得AD的病理蛋白质特征,从而成为在AD发展最早阶段识别受试者的潜在生物标志物。

示了EOMCI Aβ (+)/(-)患者脑脊液、血浆和pEVs样本中几种炎症生物标志物的水平.使用未配对t-testWelch’s correction进行了统计分析,p < 0.05 (*)

疾病严重程度、治疗结果和无进展生存期的生物标志物应用


COVID-19中EVs的蛋白质组学特征与疾病严重程度

Journal of Extracellular Vesicles (IF=25.8)

新型冠状病毒SARS-CoV-2引起的2019年冠状病毒病(COVID-19)已引发一场全球大流行。对其发病机制的深入理解将极大改善患者的治疗结果。文章中作者比较了84名感染SARS-CoV-2 且病情严重程度不同的住院患者的循环大细胞外囊泡(EV)和小细胞外囊泡(EV)中的炎症心血管疾病相关的蛋白质含量(使用Olink Inflammatory、Cardiovascular II和III panels)。

研究结果

  • 在EVs中显著富集了促炎症、促凝血、免疫调节和组织重塑的蛋白质特征,这些特征明显区分了有症状的COVID-19患者与匹配的合并症未感染对照组,并从中度疾病患者中区分出重症患者(下图)。

  • EN-RAGE、其次是TFIL-18R1,与疾病严重程度和住院时间的关联最强。

  • COVID-19患者的EVs诱导肺微血管内皮细胞凋亡的顺序与疾病严重程度有关。 

研究结果支持EVs在COVID-19疾病发病机制中的作用,并为开发基于EV的方法来预测疾病严重程度确定患者住院需求和确定新的治疗靶点奠定了基础

对COVID-19患者的循环小细胞外囊泡(SEVs)进行邻位延伸分析(PEA)。使用了未感染对照组(n = 21)、无症状组(n = 9)、中度-无需氧气组(n = 15)、中度-需氧气组(n = 15)和重症组(n = 15)患者的EDTA血浆,通过Olink的多重PEA平台比较SEVs中与炎症和心血管疾病相关的蛋白质货物


血浆EV蛋白组应用于转移性尿路上皮癌预后

Molecular Oncology(IF=5.34)

转移性尿路上皮癌(mUC)患者的预后通常不佳,因此早期预测全身治疗反应对于改善患者预后至关重要。作者研究了在I期试验中接受长春氟宁联合索拉非尼治疗的一组mUC患者中连续血浆分离的细胞外囊泡(EV)中的蛋白质谱。分离的EV为外泌体大小,并表达外泌体标记CD9、TSG101和SYND-1。研究发现,基线时每毫升血浆的EV数与无进展生存期(PFS)之间没有关联。使用基于抗体的邻位延伸分析Olink Oncology II panel对EV进行蛋白质分析,揭示了异质蛋白质表达模式
研究结果
  • 由SYND-1、TNFSF13、FGF-BP1、TFPI-2、GZMH、ABL1和ERBB3组成的蛋白质特征,推测与转移性尿路上皮癌(mUC)的无进展生存期(PFS)相关(下图)。

  • 发现了与最佳治疗反应相关的EV蛋白质特征,其中包括FR-alpha、TLR 3、TRAIL和FASLG。

  • 机器学习分类算法还识别了PFS或最佳治疗反应特征中的几种标记。

总的来说,从mUC患者血浆中分离的EV蛋白质分析显示出识别可能与PFS和/或治疗反应相关的蛋白质特征的潜力。
与无进展生存期相关的细胞外囊泡的蛋白质分析

参考文献

1. Verwer MC, et al. Comparison of cardiovascular biomarker expression in extracellular vesicles, plasma and carotid plaque for the prediction of MACE in CEA patients. Scientific Reports (2023).

2. Hyland M, et al.  Pro-Inflammatory Priming of Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cells Alters the Protein Cargo of Their Extracellular Vesicles. Cells (2020).

3. Cano A,et al. Plasma extracellular vesicles reveal early molecular differences in amyloid positive patients with early-onset mild cognitive impairment. Nanobiotechnology (2023).

4. Krishnamachary B, et al. Extracellular vesicle-mediated endothelial apoptosis and EV-associated proteins correlate with COVID-19 disease severity. Journal of Extracellular Vesicles (2021).

5. Viktorsson K, et al. Profiling of extracellular vesicles of metastatic urothelial cancer patients to discover protein signatures related to treatment outcome. Molecular Oncology (2022).
来源:Olink Proteomics

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