火力全开!浙大王宇浩团队连发3篇Science,“肠道菌群”是真的热!再结合年资助8个亿的“脂质代谢”,狠狠的上分!

学术   2024-11-01 10:00   上海  


“机制难寻,肠道菌群”,当网上有人这样戏谑玩笑的时候,大佬们却“轻舟已过万重山”了。

小云今天一反常态,没有继续给大家分享数据挖掘类的文章,而是转入“肠道菌群”话题,也是有如下想法:

1,“肠道菌群”在相当长的时间内,都是很有搞头,特别是看到浙江大学王宇浩团队的精彩成果,深受鼓舞。

2,“肠道菌群”也是当前几个少有的、还能依靠测序进行深入研究的课题方向(有测序就有数据,有数据就可以做挖掘,哈哈,又圆回来了,真是三句话不离本行了)。

首先,肠道菌群是CNS常客,也是国自然连续多年的重点资助方向之一。

能占据如果重要地位,也是因为菌群与机体的代谢、营养、免疫、循环和神经系统都有关键作用,再结合上中医药领域(菌群国自然项目中,中医药能占近一半比例)的蓬勃发展,菌群研究自然影响深远。

那么,作为一门热门的研究方向,究竟该如何设计与肠道菌群的相关研究?

菌群通过自身生成的代谢物,靶向宿主基因调节,最终影响表型。

今天带来的就是一篇肠道菌群与脂质代谢相关的文章。

脂质代谢也自不必说了,来,1、2、3上数据!去年的国自然资助金额高达8个亿,潜力无穷,小伙伴们不要放过哦~    

回到今天的主角,一篇由浙江大学王宇浩及美国西南医学中心Lora Hooper共同通讯,发表在Science的题为“The gut microbiota reprograms intestinal lipid metabolism through long noncoding RNA Snhg9”的报道。作者是将各种组学方法和经典实验方法相结合,探究菌群-lncRNA Snhg9-CCAR2-脂代谢调节途径。研究方法非常值得我们学习。

创新性如何才能提高,靠全转录组测序、Pull-down和RNA-seq等高通量方法,发掘出原创性的基因,而不再是从文献里移花接木。说起来容易,能试验成功的那就是万里挑一。所以说这个创新性也对得起这个期刊了!王宇浩教授团队威武!

PS:测序和数据分析,虽然不能直接解决所有问题,但是能提供思路和原创性的分子靶标!精巧的研究角度有时候比闷着头的研究更能解决问题!如果你一时间想不出精彩的研究切入点,又急需高质量的思路和文章,那就赶紧滴滴小云吧!

定制生信分析

云服务器租赁

(加微信备注99领取试用)

题目:肠道菌群通过长链非编码RNA Snhg9重编程肠道脂质代谢    
杂志:Science
影响因子:IF=44.7
发表时间:2023年8月
研究背景
肠道微生物群与宿主代谢紧密相连,影响消化和脂肪组织功能,与代谢性疾病相关。全球代谢性疾病增多,研究肠道微生物群对宿主代谢的影响变得重要。长非编码RNA(lncRNA)在多种生物过程中有重要作用,但其在肠道微生物群调控宿主代谢中的作用尚不清楚。
研究思路    
研究概要
(1)作者对常规小鼠和无菌小鼠(GF)的小肠上皮细胞进行全转录组测序,发现菌群能显著抑制Snhg9基因的表达,而且该基因表达升高,会影响脂质吸收和体脂积累;
(2)为探讨Snhg9基因的具体作用途径,通过RNA-pulldown实验质谱分析发现,Snhg9是与细胞周期和凋亡蛋白2(CCAR2)相结合的lncRNA;
(3)进一步的机制实验表明,lncRNA Snhg9分解CCAR2-SIRT1复合物,最终降低Pparg的表达,并调节脂质代谢;
(4)为全面了解Snhg9基因的作用机制,作者构建了Villin-Snhg9转基因小鼠,并对其肠道进行转录组测序
研究主要结果展示
1.lncRNA Snhg9的表达被微生物群所抑制    
2.ncRNA Snhg9与CCAR2结合
3.lncRNA Snhg9将CCAR2从PPARg抑制剂SIRT1中分离出来,抑制PPARg活性    
4.Villin-Snhg9转基因小鼠的脂质吸收减少,并能免受高脂饮食诱导的代谢紊乱    
5.微生物群通过髓系细胞-ILC3接力抑制Snhg9表达    
文章小结
本研究逻辑清晰,研究方法完整,从组学到机制实验,最终确认出菌群-lncRNA Snhg9-CCAR2-脂代谢调节途径,为理解菌群与宿主代谢之间的复杂相互作用提供了新的视角。方法上,本文以测序起始,筛选出潜在研究对象lncRNA Snhg9,再结合pull-down探究其所结合的靶标。大胆假设,仔细求证,增强了结果的可靠性。虽然本文不全是测序,但是也体现了高通量测序及数据分析在顶级研究中的意义,小伙伴如果对菌群感兴趣,可以留言,小云可以再分享一些菌群的数据分析挖掘文章!有各种需要的来戳小云吧!面面俱到,只等你来

定制生信分析


云服务器租赁

热点推荐

孟德尔随机化

临床公共数据分析

单细胞测序

肿瘤免疫与微环境

机器学习

单基因分析

生信云服务器

代码合集(点击查看)

培训班系列(点击查看)

云生信学生物信息学
专注生信10余年,原创文章数千篇; 公号资料免费领,寻求服务找小云; 长期学习加关注,生信干货更不停。
 最新文章