生信技术可谓是近年来的最炙手可热的技术之一，而中药研究也是近年来的当红议题。这两个“红人”要是碰撞在一起，必能激起不小的浪花。当然，咱也不能硬凑，今天小云给大家带来的是浙江中医药大学团队联合德国美因茨大学团队在中医药领域的“神刊”《Phytomedicine》（中科院一区TOP，IF=6.7）上发表的文章——通过选择药食同源的多活性中药显齿蛇葡萄（莓茶）作为研究对象，运用代谢组学，网络药理学，基因测序等生信技术进行分析研究，从而揭示药食同源药物对疾病的作用机制。具体研究是如何进行的呢？都有哪些值得关注的创新点呢？随小云一起瞧瞧吧！1.题材新颖：文章选用药食两用的中药显齿蛇葡萄（莓茶）作为研究对象，并选择了探讨其在调节及治疗酒精性肝病中起到的作用及其调控机制，填补该疾病领域尚无治疗药物的空缺。2.内容丰富：文章运用UPLC-Q-TOF-MS/MS的代谢组学方式分析显齿蛇葡萄提取物（AGE）活性成分并进行验证，利用网络药理学预测显齿蛇葡萄治疗酒精性肝病的靶点及通路，最后通过实验来验证其作用机制。3.对比实验：文章根据过往研究中被认为对酒精性肝病有影响作用的水飞蓟素作为阳性对照，评估AGE对小鼠酒精触发的肝损伤的保护作用。4.全面验证：文章通过血清代谢组数据分析，组织病理学检查，网络药理学和 RNA-seq 分析的整合，以及体内实验和分子生物学技术对实验结果进行了全面的验证，包括AGE对多种信号通路的影响，对酒精性肝损伤的影响，对酒精诱导的肠道屏障损伤的影响等。PS：亲爱的小伙伴们，中药加网药的组合是目前发文的热点与蓝海！如果你也想借助中医药的东风快速发文就赶快来找小云吧！想自学的可以看一下我们的云生信课堂（#微信小店://云生信课堂/p7GLcTtSGnLPqiq），没时间自学的小云可以帮你搞定方案设计和生信分析哦！定制生信分析
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题目：综合网络药理学方法揭示显齿蛇葡萄通过TLR4/NF-κB/MLKL 通路改善酒精性肝病关注公众号，后台发送“123”可以直接获取原文PDF，文献编号：241118
酒精性肝病（ALD）是一种全球性的健康负担，目前预估患病率为 4.8%，且呈现逐年增加的趋势。然而，目前该疾病的治疗仅以戒酒为基础并未有特异性疗法，因此迫切需要有一款药物来真正解决酒精性肝病的治疗问题。本研究旨在通过代谢组学和网络药理学分析相结合的方法，探讨显齿蛇葡萄治疗酒精性肝病的可能性。 首先对显齿蛇葡萄进行提取，并通过UHPLC-Q/TOF-MS质谱的代谢组学方法进一步分析提取物的化学成分。再通过网络药理学预测靶标及其作用机制。最后运用小鼠的对照试验检查肝脏中炎性细胞因子和氧化应激的水平。通过RNA-seq、Western印迹分析和免疫荧光染色来证明AGE改善ALD的潜在分子机制。使用 UPLC-Q/TOF MS 和 TCM MS/MS 数据库分析通过 70% 显齿蛇葡萄乙醇水提取物冻干制备的粉末（AGE），得到其主要成分为二氢杨梅素，杨梅苷，槲皮苷，阿夫泽林，花旗松素，槲皮素，没食子酸，根皮苷，儿茶素和芦丁。 从PharmMapper、TCSMP、BATMAN-TCM、PharmMapper、SEA 和 STITCH 等 6 个数据库中获得了973个活性成分的推定靶标，再从 DisGenet、GenClip3、Genecards、OMIM、GEO 和 ArrayExpress 6 个数据库中获得与“酒精性肝病” 相关的关键靶标2179个。其中交合的基因数量为274个，使用 GO 和 KEGG 通路数据库进行富集分析确定肝保护作用相关的生物过程，主要涉及对氧化应激、内毒素和酒精的反应；AGE 可能通过调节 Toll 样受体信号通路、NF-κB 信号通路和坏死性凋亡相关通路等通路来减轻 ALD 肝损伤。通过将 AGE 相关靶点与 ALD 相关靶点重叠，在 STRING 数据库中建立了一个由 274 个确定的靶点组成的 PPI 网络。随后，用 Cytoscape 软件计算拓扑特征以确定每个节点的程度，并用 CytoNCA 筛选和分析枢纽网络。根据 GO 分析，鉴定的靶基因在与宿主对外部刺激的反应相关的各种生物过程中显著富集，减轻内毒素反应，改善酒精诱导的炎症因子和 ROS 反应。Venn图分析表明，TLR4 、 IL1B 和 TNF 为潜在的关键靶点。随后，GEO 的多个 ALD 临床数据集的数据也表明，TLR4 、 IL1B 和 TNF 可能在 AGE 的抗 ALD 作用中发挥重要作用。 动物实验结果显示，通过使用显齿葡萄提取物（150或300 mg/kg）或水飞蓟素（200 mg/kg），可显著降低乙醇喂养组小鼠的肝转氨酶水平和氧化应激的相关指标ALT、AST、ALP 和 LDH 水平。同时，AGE或Sil给药还能还能减少酒精喂养小鼠肝脏的MDA水平并提高GSH含量（p < 0.05，p < 0.01），从而还原肝脏的氧化还原稳态。- AGE 对 ALD 小鼠内毒素、病理变化和炎性细胞因子的影响
由实验可知，长期饮酒后血清 LPS 水平显著升高，而AGE和Sil均显著降低 LPS 水平。（p < 0.05，p < 0.01）。 此外，长期饮酒后 TNF-α、IL-6 和 IL-1β 水平急剧升高，而 AGE 和 Sil 显著减弱了这些炎性细胞因子水平（p < 0.05，p < 0.01）。组织病理学结果显示，正常小鼠肝细胞排列整齐，轮廓清晰，而乙醇组小鼠肝脏表现为脂质蓄积和炎症细胞浸润。在对照组中，线粒体表现为具有完整膜和嵴的致密基质。异常的超微结构变化是由长期乙醇消耗引起的，包括线粒体基质的肿胀和线粒体嵴的破坏。然而，补充 AGE 或 SIL 显著缓解了酒精暴露引起的异常病理变化。上述这些发现均表明AGE 显著减少了慢性酒精诱导的肝脂肪变性和炎症。 4、转录组分析AGE 对 LPS、炎症介质水平和组织病理学变化的影响采用 RNA 测序 （RNA-seq） 分析肝脏基因表达谱，探讨 AGE 的保肝机制。GSEA 的结果显示，AGE 处理后 Toll 样受体信号通路显著富集。进一步研究表明，AGE 对 ALD 中坏死性凋亡相关基因的潜在治疗靶点为21个。 5、AGE 对酒精性肝损伤小鼠 TLR4 信号通路的影响AGE 给药显著降低 CD14 、 MyD88 和 TLR4 蛋白的表达，这证明 AGE 通过抑制 TLR4 信号通路来减少酒精触发的肝损伤。6、AGE 对 ALD 中 NF-ΚB 和坏死性凋亡信号通路的影响Western blot 结果显示，长期酒精暴露后肝脏 NF-κB 表达和 p-IκBα/IκBα 比率显著上调，而 AGE 补充剂显著逆转了这些趋势。同时，与乙醇组相比，补充 AGE 后磷酸化水平的增加显著逆转。7、AGE 通过 TLR4/NF-ΚB/MLKL 信号通路对肝细胞坏死性凋亡的影响免疫组化和免疫荧光分析结果显示，AGE对酒精引起的肝细胞坏死性凋亡具有潜在保护作用。AGE的使用可显著降低因长期喂养乙醇造成的肝脏TLR4表达上升。同时，AGE还能降低ALD小鼠肝脏中NF-κB和MLKL水平的增加。长期饮酒后，上皮细胞的微绒毛变短、分散且分布不均匀。然而，与乙醇组相比，AGE 给药显著逆转了这些病理变化。此外，长期摄入酒精减弱了紧密连接 （TJ） 蛋白 ZO-1 和 occludin 的表达，并导致肠道屏障功能中断。相比之下，AGE 补充剂通过增强 TJ 相关蛋白表达显著改善了肠道屏障完整性。 本研究通过网络药理学、体内实验和RNA-seq技术的综合应用，揭示了显齿蛇葡萄提取物（AGE）在治疗酒精性肝损伤中的潜在机制，为该疾病未来的治疗提供了新的思路。该文章思路清晰，将药食同源中药与生信技术巧妙连接，其研究方式值得我们学习。想复现的小伙伴随时联系小云！专业团队为你保驾护航，1V1定制创新思路~
