生信爆火新范式：空间转录组+代谢重编程，直达高端局！江苏大学团队8分+思路爽爆啦！速来学习~

学术 2024-11-19 10:02 上海

今天继续为大家推荐纯生信的高分爽分，并且还为大家介绍一对深受审稿人喜爱的新CP组合—空间转录组+代谢重编程！作为小云老粉的宝子肯定很熟悉，在国自然评审阶段，这两个热点可谓是火爆一时，不仅高居国自然中标名单前列，而且其发文数量也十分可观，其中就不乏有些0实验的高分文章出现！那这对CP组合如何才能省时省力拿下这些高分期刊呢？

今天就推荐一篇文章为大家揭开这个“谜底”，并且助力宝子们丰富自己的发文思路，绝对的经典实用，抓紧来学啦！

这篇文章是江苏大学团队发表的研究论文，主要以糖尿病大血管病为研究对象，并从结合转录组和代谢组的角度来看，证明了糖尿病血管中激活的代谢途径以及参与糖尿病代谢重编程的关键基因。该研究内容丰富，结果稳定可靠，快跟着小云一起来看看吧，说不定你会得到意想不到的启发哦~

1. 研究选题新颖：本研究首次构建了整个胫前动脉的空间基因代谢图谱，揭示了糖尿病大血管疾病血管钙化特征、SMCs表型转化趋势以及转化网络。

2. 空间转录组+代谢重编程：该CP组合已成为当前生命科学/基础医学研究的一大热点，不仅博审稿人眼球，还可以研究从转录到下游代谢调控的时空变化，更有利于我们从多组学角度，去全面解析基因-代谢调控机制。（PS：话题选的好，高分少不了！小云这里还有很多的热点思路，你不来试试嘛~）

3. 研究结果可靠：本研究采用多组学数据整合揭示了糖尿病大血管病的代谢物和基因特征，构建了组织-代谢基因-代谢物-代谢途径的网络图谱，为后续糖尿病大血管病的研究和探索提供了坚实的基础。

PS：空间转录组+代谢重编程的组合话题爆火，且实验条件限制少，值得临床宝子学习和复现！如果你也对此方向感兴趣，那就抓紧来联系小云吧！小云这里专业团队的服务，及免费体验生信服务器服务，绝对能帮你实现SCI梦想！机不可失，速速上车~

定制生信分析

生信云服务器

(加微信备注99领取试用)

题目：空间多组学图谱揭示了糖尿病大血管病的平滑肌表型转化和代谢重编程

杂志：Cardiovasc Diabetol

影响因子：IF =8.5

发表时间：2024年9月12日

研究背景

糖尿病大血管病一直是糖尿病患者死亡和残疾的主要原因。除异常葡萄糖和脂质代谢外，平滑肌细胞转化和代谢重编程的潜在机制仍有待进一步探索。

研究思路与数据来源

本研究对11例糖尿病截肢患者的胫前动脉进行单细胞转录组、空间转录组和空间代谢组测序，整合构建了糖尿病血管的空间多组学图谱。通过整合空间组学和单细胞组学获得钙化区的细胞组成和生物学功能特征。随后进行多组学整合、细胞通讯分析、时间序列分析、网络分析、富集分析和基因表达分析，以阐明潜在的分子特征。此外还构建了糖尿病血管活化的代谢网络，关注除异常葡萄糖和脂质代谢外的代谢重编程。

研究结果

1. 糖尿病大血管病的单细胞转录景观

所有聚类注释均根据单R和经典细胞标记（图1）。结果可以看出，SMCs富集了“肌肉收缩”、“周细胞分化”、“成纤维细胞迁移的正向调节”和“成纤维细胞活化”等术语。巨噬细胞被“神经胶质细胞激活”、“神经炎症反应”等术语所富集。内皮细胞被“趋化因子介导的信号通路 ”所富集（图1）。

图1. 从糖尿病患者分离的胫骨前血管的单细胞转录组图谱

2. 糖尿病大血管病的空间转录景观

使用SCTransform对空间转录组进行分析，通过对所有点进行聚类得到14个空间簇（图2A-C）。从空间热图可以看出血管结构存在空间特征。由于每个斑点实际上是由多个细胞堆积而成，因此基于斑点基因特征的每个聚类并不具有类似单细胞的离散聚类（图2C-E），功能富集分析结果如图2所示。

图2. 从糖尿病患者分离的胫骨前血管的空间代谢组和空间转录组图谱

3. 转录因子调控网络的构建

为了评估各种细胞类型在血管钙化进展中的贡献，根据GWAS获得的与钙化事件相关的基因对所有细胞进行了多基因评分（图3A-B）。发现SMC和成纤维细胞具有更高的基因评分。因此得出结论SMCs和成纤维细胞是参与血管钙化的主要细胞。

图3. 钙化细胞的定义和数据验证

4. 平滑肌细胞表型转化趋势和

基于图聚类的Monocle3伪时间分析表明，SMCs在聚类4、8和3之间存在复杂的梯度关系，并有三种趋势：成纤维细胞、APOE+SMC和CXCL3+SMC。此外还利用CytoTRACE2对细胞的分化潜能进行了鉴定，所得结果与上述细胞的转分化基本一致。结论是上述定义的钙化 SMC 也是高度分化的细胞。

图4. 平滑肌细胞的表型转化和驱动基因

5. 糖尿病中的代谢激活网络和代谢重编程

为了进一步探讨糖尿病血管中的代谢重编程，进行了代谢活化网络的交叉分析，得出糖尿病患者血管中CYP27A1和HNMT的表达高于健康人（图5A）。为了验证其表达是否发生了变化，分别在糖尿病截肢者和车祸截肢者的组织化学切片上验证了其表达（图5B-C）。车祸截肢组与糖尿病截肢组HNMT和CYP27A1的AOD无显著差异。免疫组化结果表明，HNMT和CYP27A1在糖尿病血管中的表达更为广泛。

图5. 基因的代谢重编程和验证

文章总结

综上所述本研究证明了糖尿病血管中激活的代谢途径以及参与糖尿病代谢重编程的关键基因，为代谢相关药物应用提供更精细化的指导，为进一步研究平滑肌细胞表型转化和代谢重编程提供基础。此篇读完，宝子们是不是对这对CP组合有了重新认知呢？只要找对热点思路、用对研究方法，SCI绝对轻松拿下！如果你也想复现此类文章，那就抓紧来联系小云吧，助你早日拿下高分SCI~

定制生信分析

生信云服务器

热点推荐

代码合集（点击查看）

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwNjE0MDY3MQ==&mid=2650809900&idx=2&sn=a931b63e152e57468c5883c58e688163

云生信学生物信息学

专注生信10余年，原创文章数千篇；公号资料免费领，寻求服务找小云；长期学习加关注，生信干货更不停。

机器学习是真热啊！联合单细胞分析发1区7分+手拿把掐，思路易复现，不用测序就是香！IJBM果然是生信友好宝藏刊，快来薅羊毛~

生信大神用了说好的服务器？趁此机会，你也试试看吧

妥妥的新思路！恭喜中国医科大学团队“单基因纯生信”发双一区8+！孟德尔随机化+多组学+单细胞+UKB，这工作量还是发低了！

又被中药网药硬控了！山西中医药大学接住了这波富贵，联合分子对接，多靶点、多角度干湿结合拿捏1区Top！还收获了4项资助！

DNA甲基化的孟德尔随机化分析：揭示遗传、环境与疾病之间的深层关系

这把MVP跑不了了！哈尔滨医科大学张学院士团队:孟德尔随机化与单细胞强强联手，大招一出，所向披靡！

不愧是顶流！乳酸化一登场，9分+轻松到手！无需测序，盛京医院团队仅凭单细胞公共数据+空间转录组+少量实验，顺利拿下一区Top！

正式进入孟德尔+时代！川大华西医院团队：NHANES+孟德尔随机化，纯生信2图3表发Q1区Top！性价比杠杠的!

没开玩笑！就是纯生信发Nat Commun！多疾病“牵头”,单细胞+转录组+共定位“一条龙”！这模版你也可以！

高水平生信研究到底有什么共性？咱能不能搞？

Cell重磅：二代测序的极致应用！复旦大学高强团队利用泛癌蛋白基因组学分析，揭示跨癌种蛋白新靶点

国产神刊2分白手起家，连涨11年突破13+，审稿快速！中国医学科学院/北大团队这篇多组学研究，联合靶点筛选，2个多月拿下！

IF18.8！复旦团队算是把高分纯生信玩明白了！UKB、蛋白组学、影像组学、孟德尔随机化、PPI…丝丝相扣登上中国版PNAS！

孟德尔随机化就应该这样用，不仅更容易中还能发高分！

这个生信赛道分高不卷！昆明医科大学张岚团队：瘤内微生物+外照射放疗+生物标志物，3张图搞定6分SCI

这本7+Top“神刊”闭眼投！广东二院团队：创新思路出其不意，迭代机器学习助力纯生信预后模型49天接收，5天见刊！

生信爆火新范式：空间转录组+代谢重编程，直达高端局！江苏大学团队8分+思路爽爆啦！速来学习~

机会来了，获得生信大神同款必备生信服务器，不要错过

IF 58.7！国产数据库扬眉吐气！华中科技大学团队携CHARLS登顶Nature大子刊！还得是咱国产的给力！代码公开哦~

“药食同源”还有多少惊喜？老外都爱上了！中外团队联合：网药+转录组+验证，干湿结合天花板思路拿下中医药领域1区TOP“神刊”！

这套孟德尔随机化生信“组合拳”打的也太溜了！12种机器学习+转录组+WGCNA，buff叠满！快学起来！

3个月接收的单基因天花板思路！南京医科大学第二附属医院：单细胞分析+hdWGCNA+PPI，一气呵成，直击我的心巴！

分子对接还能这样做？不要小瞧了分子对接与分子动力学模拟之间的羁绊!

Adv Sci新发!当单细胞+空间转录组遇上了“铁死亡”——创新思路仅凭3+3样本登上顶刊！

这个数据库，心血管已发多篇高分，最快5天接受！北京协和医院张化冰等：ASCVD+多层次比较分析发文1区Top！快来抢发！

老师，我是某科室的，我们能做生物信息学研究吗？

“代谢组”再掀高潮！港中文于君/南医大沈洪兵院士等团队48.8分壮举！这样入手菌群，性价比真高！

TLS热点一出马，简单预后模型也能拿下5分+！机器学习搭配2区生信友好刊，提分效果嗖嗖的，湘雅医院团队这招用的妙啊！

全新思路！“单细胞”角度探究“天然化合物”在非肿瘤疾病中的作用机制，江西中医药大学团队2个月发了14+！

R代码分享：三分钟学会生存曲线加持HR，为论文锦上添花！【代码分享105】

获3项国自然资助！细胞衰老—生信发文新赛道！代谢组学+网络药理学，最佳cp助力南方医科大学团队2个月征服审稿人！

亮瞎审稿人双眼！8种“研究热点”整合，发12分都嫌低！江南大学这篇新作太全面了！MR/NHANES/网药。。。标题都放不下

一分钟讲清什么是网络药理学

药食同源再度“发力”，狠狠拿捏1区Top宝藏期刊！江西中医药大学团队打破常规，代谢组学入手，网药+分子对接助力，一发一个不吱声！

重磅！“棕榈酰化”频频登陆Nature/STTT/Gut/NC等各大顶刊！生信挖掘抓紧提上日程！

“深度学习”是生信的未来！？“国家队”来打样！国家生物信息中心高远团队，神导+神刊，生信人都要来追一追！

每个做生信的人都得有一台服务器

毕业神刊投稿上大分！武汉协和医院二次分析王炸组合“单细胞+空间转录组”数据，多点开花拿捏“0经费”的你！

磷脂代谢这个选题绝对是锦上添花！这篇集“孟德尔随机化、多组学、机器学习、SHAP”多热点于一身的研究，新瓶装新新酒，真香~

想生信快速发文？不蹭“乳酸化”热度你血亏啊！川大华西团队：凭机器学习+单细胞分析（无需测序）1个多月发2区，复现走起！

Aging被踢又如何？这本1区6+Top神刊，清华大学都在投！谁投了谁知道好！

一站式解决中医药科研：1区神刊+发文思路推荐！不信，看中国医科大学团队新作：网药+分子对接+湿实验，轻松到手！

快冲！小众冷门6+纯生信友好期刊！这篇1周前发表的双疾病纯生信1个月接收！分析套路仿佛让我回到了10年前…

中医药又现创新！天然药靶筛选只知道用网药？浙大徐腾飞团队整合“虚拟筛选+化学蛋白组学+代谢组学”，2个月登上1区药学神刊！

老师，别让你的得力干将维护生信服务器了

IF：11.4！双1区顶刊中的“水刊”，巨好投！青岛农大张西峰团队：铁元素切入，多组学加持，4个月拿下！这波操作赢麻了！

MR不仅选题要创新，思路更要创新！复旦团队11+新作：孟德尔随机化结合蛋白组学+机器学习，0实验谁能不爱！

GEO挖够了？来NHANES新赛道！机器学习挑大梁，集结两大发文利器，纯生信3个月斩获Q1区，河北农大团队赢麻了！

分类

时事

民生

政务

教育

文化

科技

财富

体娱

健康

情感

旅行

百科

职场

楼市

企业

乐活

学术

汽车

时尚

创业

美食

幽默

美体

文摘

原创标签

时事社会财经军事教育体育科技汽车科学房产搞笑综艺明星音乐动漫游戏时尚健康旅游美食生活摄影宠物职场育儿情感小说曲艺文化历史三农文学娱乐电影视频图片新闻宗教电视剧纪录片广告创意壁纸头像心灵鸡汤星座命理教育培训艺术文化金融财经健康医疗美妆时尚餐饮美食母婴育儿社会新闻工业农业时事政治星座占卜幽默笑话独立短篇连载作品文化历史科技互联网

发布位置

广东北京山东江苏河南浙江山西福建河北上海四川陕西湖南安徽湖北内蒙古江西云南广西甘肃辽宁黑龙江贵州新疆重庆吉林天津海南青海宁夏西藏香港澳门台湾美国加拿大澳大利亚日本新加坡英国西班牙新西兰韩国泰国法国德国意大利缅甸菲律宾马来西亚越南荷兰柬埔寨俄罗斯巴西智利卢森堡芬兰瑞典比利时瑞士土耳其斐济挪威朝鲜尼日利亚阿根廷匈牙利爱尔兰印度老挝葡萄牙乌克兰印度尼西亚哈萨克斯坦塔吉克斯坦希腊南非蒙古奥地利肯尼亚加纳丹麦津巴布韦埃及坦桑尼亚捷克阿联酋安哥拉

​生信爆火新范式：空间转录组+代谢重编程，直达高端局！江苏大学团队8分+思路爽爆啦！速来学习~

生信爆火新范式：空间转录组+代谢重编程，直达高端局！江苏大学团队8分+思路爽爆啦！速来学习~