基于Plsgui处理sMRI操作流程|结构共变网络

文摘   2024-10-22 08:23   北京  


PSYCH统计实验室


前言

PLSgui 是在 2011 年 4 月 27 日发布的。这是一个用于分析磁共振成像 (MRI) 数据的 MATLAB 工具包,通过偏最小二乘法 (PLS) 来帮助研究人员从复杂的脑成像数据中提取有意义的模式。由于年份较为古早,现在用的比较少,同时存在一些兼容性问题,以下是操作流程以及常见报错和解决方法。


基本流程


1

数据准备:完成预处理的nii文件

(未进行smooth)


2

软件准备:下载plsgui

plsgui下载地址https://www.rotman-baycrest.on.ca/index.php?section=84

点击download files

下载plsgui、plscmd两个压缩包

(缺plscmd会导致报错: 未定义函数或变量 'rri_progress_ui'。)


   设置到matlab路径

    输入:plsgui

选择Structural-Session profile for structural data

填写前两行后,browse数据文件夹

Input condition:这里一次只能读顺位第一的condition的数据,比如下图我设置了四个实验条件,在下一步select subjects中只能读出我的第一个condition包含的被试。所以需要将每个condition分开处理,各创建一个datamat。

select subjects:全选被试文件即可

填写完毕后create datamat,可以看到系统载入image文件

加入mask计算,形成mat文件,这一步结束

接下来再次进入plsgui,选择Run pls analysis,进入以下界面,Add上一步生成的单个mat文件

Group total: 1

PLS Option:

选择regular pls,点击load behavior,载入种子点的txt文件(单列数据)

设置permutation和Booststrap次数

Run

结束


常见报错问题



.Input condition

需要注意condition filter的命名方式需要与样本nii命名一致,不一致会影响下一步number的读取,读不出来或者读少了

.Done-create

在这里遇到了问题,mask文件加载不出来,据我所知用过这个插件的人都卡在了同一步骤,原因是plsgui和matlab版本不match,需要下载安装2016b及更古早版本,即可运行。

.mask

需要提前根据自己的被试文件进行reslice(base dpabi)

.txt

种子点是双侧两列数据时,可求平均值进行计算



PSYCH统计实验室

通知公告

网络分析课程目前开放视频课啦

单次课200元/讲(学生),250元/讲(非学生)

共有四讲内容:

①横断面网络分析简介与基础

②网络分析与因子分析

③交叉滞后网络分析

④时间序列网络分析

购买后开放视频权限14天,可多次申请。

并赠送所有课程相关资料(无PPT)

如果想申请购买,请联系M18812507626


更多资讯

关注我们

文稿:Wink

排版:Little Star

责编:Wink
审核:摘星

本文由“Psych统计自习室”课题组原创,欢迎转发至朋友圈。如需转载请联系后台,征得作者同意后方可转载。

Psych统计自习室
大家好,我们是由来自北京师范大学,西南大学,天津医科大学等高校在读硕士、博士研究生组成的一个科研团队——Psych统计自习室。Psych统计自习室旨在关注心理学、精神病学领域的最前沿的系列研究,并做前沿统计知识的分享。
 最新文章