PSYCH统计实验室
前言
PLSgui 是在 2011 年 4 月 27 日发布的。这是一个用于分析磁共振成像 (MRI) 数据的 MATLAB 工具包,通过偏最小二乘法 (PLS) 来帮助研究人员从复杂的脑成像数据中提取有意义的模式。由于年份较为古早,现在用的比较少,同时存在一些兼容性问题,以下是操作流程以及常见报错和解决方法。
数据准备:完成预处理的nii文件
(未进行smooth)
软件准备:下载plsgui
plsgui下载地址https://www.rotman-baycrest.on.ca/index.php?section=84
点击download files
下载plsgui、plscmd两个压缩包
(缺plscmd会导致报错: 未定义函数或变量 'rri_progress_ui'。)
设置到matlab路径
输入:plsgui
选择Structural-Session profile for structural data
填写前两行后,browse数据文件夹
Input condition:这里一次只能读顺位第一的condition的数据,比如下图我设置了四个实验条件,在下一步select subjects中只能读出我的第一个condition包含的被试。所以需要将每个condition分开处理,各创建一个datamat。
select subjects:全选被试文件即可
填写完毕后create datamat,可以看到系统载入image文件
加入mask计算,形成mat文件,这一步结束
接下来再次进入plsgui,选择Run pls analysis,进入以下界面,Add上一步生成的单个mat文件
Group total: 1
PLS Option:
选择regular pls,点击load behavior,载入种子点的txt文件(单列数据)
设置permutation和Booststrap次数
Run
结束
.Input condition
需要注意condition filter的命名方式需要与样本nii命名一致,不一致会影响下一步number的读取,读不出来或者读少了
.Done-create
在这里遇到了问题,mask文件加载不出来,据我所知用过这个插件的人都卡在了同一步骤,原因是plsgui和matlab版本不match,需要下载安装2016b及更古早版本,即可运行。
.mask
需要提前根据自己的被试文件进行reslice(base dpabi)
.txt
种子点是双侧两列数据时,可求平均值进行计算
PSYCH统计实验室
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文稿:Wink
排版:Little Star
责编:Wink
审核:摘星
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