贝叶斯网络在精神病理学研究中的应用

文摘   2024-12-25 23:50   北京  


PSYCH统计实验室


Vol.1

背景介绍

贝叶斯网络(Bayesian Networks, BNs)是一种基于概率论的图模型,用于表示变量之间的条件依赖关系和因果关系。它由节点(变量)和有向边(箭头)组成,形成一个有向无环图(DAG)。

贝叶斯网络最初由Judea Pearl于1988年提出,近年来在心理学、医学、生物信息学和人工智能等领域得到了广泛应用。例如,在精神病理学研究中,贝叶斯网络可以用于分析认知功能、情绪调节和生理机制之间的相互关系,以揭示潜在的病理机制和因果链条。

精神病理学研究涉及复杂的神经认知系统和生理过程。传统分析方法难以捕捉这些系统之间的复杂交互关系。而贝叶斯网络不仅能够揭示变量之间的依赖性,还可以通过推断模型中的方向性关系,明确影响路径和潜在的机制。例如,通过分析认知功能和情绪调节之间的因果关系,研究者可以揭示大脑在信息处理和情绪反应中的层级结构,为疾病诊断和干预提供新的视角。


Vol.2

贝叶斯网络的优势

a.可视化依赖关系:通过图结构直观展示变量之间的依赖性和因果方向,有助于理解复杂交互机制。

b.处理复杂交互关系:适合多变量、多层次交互分析,尤其是涉及心理学和医学中的复杂系统。
c.缺失数据处理能力:贝叶斯网络能够在数据缺失的情况下进行推断,不需要完整数据集即可进行分析。
d.因果推断:不仅可以分析相关性,还能明确变量之间的因果关系,有助于决策和干预方案的设计。
e.灵活性和扩展性:支持动态贝叶斯网络(DBN)分析时间序列数据,进一步研究变量随时间变化的动态影响。


Vol.3

贝叶斯网络与横断网络分析的区别

横断网络分析:分析变量间的相关性或联系强度;使用无向图表示变量间关系,不能区分方向性或因果性;适合描述变量之间的静态关联结构。

贝叶斯网络分析:强调因果推断和方向依赖关系;使用有向无环图(DAG)明确因果路径,能够推断变量之间的因果链条;适合探索复杂交互和预测分析,尤其在心理学和医学领域。


Vol.4

分析过程示例

以下是基于R语言和bnlearn程序包的贝叶斯网络分析的代码,应用于精神病理学研究中的认知和情绪调节分析。(来自文章Clarifying directional dependence among measures of early auditory processing and cognition in schizophrenia: leveraging Gaussian graphical models and Bayesian networks)

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#安装并调用 bnlearn 包  

Install.packages( “ bnlearn” )  
library( bnlearn)

# 设置随机种子

set.seed(123)

# 使用爬山算法(hill-climbing)拟合贝叶斯网络

fitBN1 <- hc(EAP_Network_SZ, restart = 50, perturb = 100)  ## 创建有向图

 

# 评估网络分数

bnlearn::score(fitBN1, data = EAP_Network_SZ)          ## 网络整体得分

# 计算边的强度

astr <- arc.strength(fitBN1, EAP_Network_SZ, "bic-g")  ## 边的强度

astr[order(astr[,3]), ]  ## 按边的强度从强到弱排序

 

# 可视化网络结构及强度

strength.plot(fitBN1, astr, shape = "rectangle")

 

# 使用自举法评估网络稳定性

bootnet <- boot.strength(EAP_Network_SZ, R = 1000, algorithm = "hc")  

head(bootnet)

bootnet[bootnet$strength > 0.85 & bootnet$direction > 0.5, ]

 

# 平均化网络

avgnet1 <- averaged.network(bootnet, threshold = 0.85)

avgnet1

bnlearn::score(avgnet1, data = EAP_Network_SZ)

 

astr1 <- arc.strength(avgnet1, EAP_Network_SZ, "bic-g")   

strength.plot(avgnet1, astr1, shape = "rectangle")

 

fitted_model <- bn.fit(avgnet1, EAP_Network_SZ, method = "mle")

print(fitted_model)





Vol.5

结论

贝叶斯网络是分析复杂多变量关系的强大工具,尤其适用于心理学和医学领域的因果推断。它不仅可以揭示变量之间的条件依赖和方向性,还能有效处理缺失数据,并对变量之间的交互作用进行可视化和量化分析。

此外,贝叶斯网络具有灵活性和扩展性,支持动态贝叶斯网络(DBN)处理时间序列数据,进一步探索随时间变化的动态过程。因此,它在精神病理学等领域具有重要的应用价值,为诊断、预测和干预策略提供了科学依据和决策支持。


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