天驰，新加坡国立大学理学院药学系刘博翔课题组二年级博士生，研究方向为功能基因组学、单细胞组学以及群体遗传学。
RNA 选择性剪接（alternative splicing）是初始mRNA（primary mRNA）向成熟mRNA（mature mRNA）转变的一项重要过程。通过选择性剪接，成熟的 mRNA 会呈现不同的异构体（isoform）。定量RNA 选择性剪接有利于帮助我们了解哪些选择性剪接事件会影响后续复杂疾病的发生。剪接数量性状位点（sQTL）是通过建构线性模型来去鉴定是否基因组中的单核苷酸多态性 (SNP) 与转录组中的某一剪接事件存在显著关系。
迄今为止，针对某些组织或器官的bulk-RNA测序已经被广泛应用于sQTL 鉴定，其中，最为著名的是针对 52 种身体组织的Genotype-Tissue Expression（GTEx）研究。然而，就sQTL鉴定而言，仍然有两个研究空白并未被弥补，第一点是针对细胞类型特异性sQTL 鉴定方面的研究仍然是缺失的，目前为止仅有针对于细胞类型特异性 eQTL 鉴定方面的研究；第二点是针对于亚洲人群的sQTL 鉴定是不足的，目前的sQTL 的研究主要关注于欧洲族群而非亚洲族群。
本次研究详细分析了来自474名不同亚洲族裔健康捐赠者的约一百万个外周血单个核细胞（PBMCs）中的细胞类型特异性、性别偏向和祖源偏向的可变剪接情况。通过分析21种外周血单核细胞亚型，共鉴定出48个性别偏向和1031个祖源偏向的差异剪接事件，10,874个编码蛋白基因的顺式sQTL（cis-sQTL）和703个lncRNAs的顺式sQTL，107个沿B细胞分化轨迹的动态剪接遗传效应顺式sQTL，以及607个反式sGenes（trans-sGenes）。这项研究建立了一个亚洲人群免疫细胞类型特异的sQTL图谱，强调了祖源多样性的重要性，为未来深入细胞层面理解复杂疾病中的剪接机制提供了指导。
关键词：可变剪切、细胞类型特异、遗传调控
1. Tian, C., Zhang, Y., Tong, Y. et al. Single-cell RNA sequencing of peripheral blood links cell-type-specific regulation of splicing to autoimmune and inflammatory diseases. Nat Genet 56, 2739–2752 (2024). https://doi.org/10.1038/s41588-024-02019-8
2. Kock, K. H. et al. Single-cell analysis of human diversity in circulating immune cells. Preprint at https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.30.601119v1 (2024).
2025年1月7日 星期二 09PM（北京）
2025年1月7日 星期二 02PM（欧中）
2025年1月7日 星期二 08AM（美东）
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