最近GPTcelltype这款利用chatgpt自动注释包很火，这个方法来源于发表在《Nature Methods》杂志的《Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis》。
这么方便的工具，还没有心动吗？如果你需要在自己本地使用魔改版的GPTcelltype，请后台回复关键词“数信院GPTcelltype”。
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我仔细看了一下文章，发现其实原理很简单：
示例1
文章作者通过将三种注释方法：
人工注释
chatgpt自动注释
其他注释包注释 进行了比较，分析了chatgpt注释结果的利弊。
总的来说，chatgpt注释在初步大类细胞注释中拥有极高的准确率，但在后续亚群注释中性能稍有下降。此外，chatgpt注释在基于10个marker基因的基础上准确率最高，20个或更多反而会下降。
说了这么多，无非就告诉你，这东西就是强！！
那该怎么用？
那不得不说一下GPTcelltype这个包的原理，我们先来看一下官网提供的代码：
#安装包install.packages("openai")remotes::install_github("Winnie09/GPTCelltype")#填写APISys.setenv(OPENAI_API_KEY = 'your_openai_API_key')#加载包#Load packageslibrary(GPTCelltype)library(openai)#准备文件#Assume you have already run the Seurat pipeline https://satijalab.org/seurat/#"obj" is the Seurat object; "markers" is the output from FindAllMarkers(obj)#Cell type annotation by GPT-4##注释res <- gptcelltype(markers, model = 'gpt-4')##添加到metadata# Assign cell type annotation back to Seurat objectobj@meta.data$celltype <- as.factor(res[as.character(Idents(obj))])##可视化# Visualize cell type annotation on UMAPDimPlot(obj,group.by='celltype')
那可以看到，最重要的两步便是：
通过API与chatgpt建立连接
res <- gptcelltype(markers, model = 'gpt-4')分析
道理很简单，可是现在许多想利用chatgpt注释的小伙伴遇到了很多问题：
chatgpt的使用需要vpn
即使连接上了chatgpt，也会出现网络问题导致无法用API连接并分析
chatgpt官方的API需要使用海外银行卡账户才能充值，国内用户无法直接充值且代充有高手续费。
这可不是空穴来风，github上已经有不少反馈：
示例2
因此，针对这些问题，数信院技术团队推出可以自定义url（API）的魔改版GPYcelltype，搭配我们提供的国内直连API，可以完美解决国内网络导致的问题。
教程
markers <- FindAllMarkers(sc.s, only.pos = TRUE, min.pct = 0.25, logfc.threshold = 0.5,test.use = "MAST")top10 <- markers %>% group_by(cluster) %>% top_n(n = 10, wt = avg_log2FC)top10<-as.data.frame(top10)
如上所示，我的seurat对象即为sc.s，FindAllMaker的结果即为markers文件，由于自动注释对于top10基因注释准确性更高，因此我提取了排名前10的基因，用于分析。当然，这里你也可以直接使用markers用于分析。
Sys.setenv(OPENAI_API_KEY = 'xxxxxxxx')res <- gptcelltype(top10, tissuename="xxxx",model = 'gpt-4',mine_url = "http://sxycloud.cn:3000")
原版的代码中需要输入openai账号的API，从而连接到chatgpt，在这里我们提供数信院特殊的API用于替代。在分析这一步，我们对gptcelltype这个函数添加了一个新的参数“mine_url”以链接数信院的AI助手。
注：OPENAI_API_KEY和mine_url需要填写数信院AI小助手的信息（联系客服领取个人独享的OPENAI_API_KEY和mine_url）
我们运行上述代码，可以看到运行窗口中返回了提示信息，即说明注释成功：
示例4
接下来我们把他添加到seurat文件metadata中：
示例5
可以看到已经添加到新的一列了，咱们用图看一下未注射之前的图：
示例6
注释之后变成了如下所示：
示例7
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