Rstudio-server为什么总是登不进去

文摘   科技   2024-12-10 09:05   江苏  

写在前面

相信大家在使用Rstudio-server时都经历过死亡转圈,这种情况一般发生于网络断开后需要重新连接至Rstudio-server的页面。这是个Rstudio-server固有的bug,有说法认为是由于Rstudio需要通过RSession → C++ → Java → WebSocket → html+js的传递链将R的内核与大家可交互式操作的Rstudio进行信息传递[1]。换句话说,一切的可视化都是有代价的。所以推荐大家在合上自己的笔记本前先save.image(),然后再q()退出,这样再下一次登入时无需加载额外的内容,自然也不会卡在这个界面,需要用到此前的数据直接load(.Rdata)即可。


如果你对下面的教程比较迷茫,那么你可以先行学习Linux教程:
十小时学会Linux
生信Linux及服务器使用技巧

如果你的计算机不足以支持下面流程的计算,可按需选用适合自己的计算资源:
共享(经济实惠):有root权限的共享服务器,报我名字立减200¥
独享(省电省心):生信分析不求人

实体(稳定高效):为实验室准备一份生物信息学不动产

访问链接:https://biomamba.xiyoucloud.net/

更多内容可咨询客服微信[Biomamba_yunying]




解决方法

如果你已经遇到了死亡转圈,首先推荐用无痕模式打开浏览器,若上面的三个按钮均不能让你登入Rstudio界面,这时需要考虑以下方法:
1、杀死rsession对应的用户进程

可以杀死当前的session进程,然后尝试重新登陆 rstudio-server。杀死进程可能会导致 workspace 中计算产生的结果丢失,因此要养成经常将计算结果保存在本地磁盘中的好习惯(保存为Rdata或rds文件),下次使用时直接从磁盘中加载就好了。

COPYps -ef | grep "/usr/lib/rstudio-server/bin/rsession -u $(whoami)" | grep -v grep | awk '{print $2}' | xargs kill -15


2、清除用户rsession

一个 rsession 对应一个 rstudio-server 的会话,用户与 rstudio-server 建立一个连接后,会话信息会保存在一个文件中,如果出现 rstudio 卡住、不能登陆等情况时,在杀死进程后还是没有解决问题,可以清除 session 文件再重新登陆。这一操作通常要搭配杀死rsession对应的用户进程使用,因此*可能会导致 workspace 中计算产生的结果丢失***。

COPY# 新版 rstudio 的 session 文件的存放位置ls ~/.local/share/rstudio/sessions/active# 如果有内容,则删除rm -rf ~/.local/share/rstudio/sessions/active
# 旧版 rstudio 的 session 文件的存放位置ls ~/.rstudio/sessions/active/session-*# 如果有内容则删除rm -rf ~/.rstudio/sessions/active/session-*
# 这里也可能有大量的临时文件需要删除:rm /tmp/
参考
[1]https://blog.csdn.net/zergskj/article/details/82880970
[2]https://xiyoucloud.github.io/2023/01/28/rstudio%E4%BD%BF%E7%94%A8%E6%8A%80%E5%B7%A7/

如何联系我们

公众号后台消息回复不便,这里给大家留一下领取资料及免费服务器(足够支持你完成硕博生涯的生信环境)的微信号,方便各位随时交流、提建议(别问在么,添加时直接说来意)。此外呼声一直很高的交流群也建好了,欢迎大家入群讨论:

永久免费的生信、科研交流群

大家可以阅读完这几篇之后添加
给生信入门初学者的小贴士
如何搜索公众号过往发布内容

您点的每个赞和在看,我都认真当成了喜欢



Biomamba 生信基地
本人为在读博士研究生,此公众号旨在分享生信知识及科研经验与体会,欢迎各位同学、老师与专家的批评指正,也欢迎各界人士的合作与交流。
 最新文章