原理
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.libPaths()[] "/home/txb/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2"[] "/usr/local/lib/R/site-library"[] "/usr/lib/R/site-library"[] "/usr/lib/R/library"
如图：/home/txb/rpackage 目录下的初始 uwot 版本是 0.1.14，我在这个目录下重新安装了 uwot 的 0.1.13 版本。两个版本没有共存，而是将原来的 uwot 0.1.14 版本卸载掉了，安装上了 uwot 的 0.1.13 版本。这就是我们为什么要构造新的 libpath 的原因 —— 同一个 libpath 下的包只有1个版本。
实现方式
实现方式 1: 将 R 包安装在 rpackage 目录并配置
# 将包安装在指定的 libpath 示例：# 注意：libpath 必须在系统中存在，如果不存在，需要新建对应的目录：mkdir -p /home/txb/rpackage# 将 R 包下载在指定目录命令示例：remotes::install_github("jlmelville/uwot", lib="/home/txb/rpackage")install.packages("xxx", lib="/home/txb/rpackage")devtools::install_github("xxx/xxx", lib="/home/txb/rpackage")BiocManager::install("xxx", lib="/home/txb/rpackage")# 查看未添加 libpath 之前 uwot 的版本library("uwot")packageVersion("uwot")# 向 R 包的 libpaths 中新增一个 libpath，并将它放在第 1 个元素 （最高优先级）.libPaths(c("/home/txb/rpackage",.libPaths()))# 查看添加 libpath 之后 uwot 的版本library("uwot")packageVersion("uwot")
实现方式 2：使用 conda 安装 R 包并配置 libpath
# 使用 conda 安装指定版本的 R 包## 创建 conda 环境conda create -n r-reticulate r-uwot==0.1.11 -yconda activate r-reticulate# 配置 libpath.libPaths(c("/home/txb/miniconda3/envs/r-reticulate/lib/R/library", .libPaths()))# 查看此时 R 找到的第 1 个 R 包的版本。library("uwot")packageVersion("uwot")
效果演示
.libPaths(c("/home/txb/rpackage",.libPaths()))library("uwot")packageVersion("uwot").libPaths(c("/home/txb/miniconda3/envs/r-reticulate/lib/R/library", .libPaths()))library("uwot")packageVersion("uwot")library("Seurat")detach("package:Seurat", unload = TRUE)
# 让 libpath 永久生效，将相关命令写入到文件file.edit("~/.Rprofile")
# lib 参数指定 libpath，即从那个目录下加载 R 包library("remotes", lib = "xxx")
查看已经加载的R包
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