《NC》代码复现| scRNA-seq揭示人纤维化皮肤病中的成纤维细胞异质性和间充质成纤维细胞增加

文摘   2024-12-24 09:08   江苏  


学习手册

本次教程中,我们复写了题为"Single-cell RNA-seq reveals fibroblast heterogeneity and increased mesenchymal fibroblasts in human fibrotic skin diseases"的文章(10.1038/s41467-021-24110-y)。
纤维化是一种以成纤维细胞增殖和细胞外基质(ECM)过度积累为特征的病理过程,它可影响任何器官,导致组织瘢痕形成和器官功能障碍。最近,新的证据表明成纤维细胞实际上是形态和功能异质的细胞群体,但其异质性还没有很好的证实。这篇文章中,作者通过使用scRNA-seq 探索了皮肤瘢痕中的成纤维细胞异质性,发现瘢痕中成纤维细胞可以被分为4个亚群, 分泌状、分泌网状、间充质和促炎性。这些发现有助于我们更深入地理解纤维化皮肤疾病的病理,并为纤维化治疗提供潜在的靶点。
本教程基于Linux中的Rstudio环境演示,计算资源不足的同学可参考:
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本教程复现集锦:

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所见即所得

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教程目录

一、文献解读

1.0复现集锦

(1)大群分析
(2)亚群分析
(3)细胞通讯分析

1.1背景介绍

1.2主要内容  

(1)scRNA-seq揭示正常瘢痕和纤维性皮肤病真皮组织的细胞异质
(2)瘢痕疙瘩和正常瘢痕中成纤维细胞形成不同的细胞亚群
(3)纤维化皮肤病中间充质成纤维细胞特征的鉴定
(4)成纤维细胞亚群中的配体-受体相互作用分析
(5) 间充质成纤维细胞通过POSTN促进瘢痕中胶原蛋白表达
(6) sC4 成纤维细胞比 sC1 成纤维细胞更像间充质细胞
(7) 间充质成纤维细胞在硬皮病中增加

1.3总结讨论


二、准备工作

2.1 硬件准备

2.2 单细胞基础


三、数据下载、处理和可视化

  1. 数据下载
  2. 数据整合
  3. Seurat标准流程(harmony去批次)
  4. 细胞注释
  5. 细胞周期计算
  6. 数据可视化
  7. 成纤维细胞亚群
  8. 细胞通讯分析

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