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有的同学使用Rstudio-server时可能会遇到卡顿的情况,本文就带大家一起找一找可能存在的原因并给出解决方案。
网络问题是最常见的导致Rstudio-server卡顿的情况,常出现在你的本地电脑为校园网或正在"科学上网"的时候。可以先检查一下自己是否处于代理状态:
可以先电脑管家等软件来检测自己的IP、DNS等配置是否正常,然后用ping命令检查自己当前的网络是否与Rstudio的地址能够良好的链接:
ping 你的Rstudio-server的域名(不要加上端口)
例如我下面这个40毫秒的延迟、0丢包便是可以正常链接的:
如果你的结果延迟过高或者存在丢包,那可能得考虑切换网络试一试了。
关于网络,你可能还会遇到防火墙问题,这时安全软件可以暂时关了试一试。
可以在/etc/rstudio/rserver.conf中调整以下设置(利用文件编辑器 vim修改),防止被登出:
auth-timeout-minutes=<分钟> # 设置用户会话的超时时间。用户在此时间内无活动将被自动登出。
auth-stay-signed-in-days=<天> # 设置“保持登录”功能的持续天数。
过大的资源调用不利于Rstudio-server的运行,可以进行限制:rsession-memory-limit-mb=<数字> # 限制每个R会话可以使用的最大内存量(以MB为单位)。
设置好了以后,超过这个资源调度的命令建议提交到后台执行,例如我有一个Biomamba.R的R代码脚本:由于Rstudio-server需要通过RSession → C++ → Java → WebSocket → html+js的传递链将R的内核与大家可交互式操作的Rstudio进行信息传递,这个过程中难免会增加bug和卡顿的出现概率。换句话说,一切的可视化都是有代价的。如果你不愿意抛弃可视化界面像上面那样在终端操作,那么也许专业版的Rstudio(需要使用钞能力)稳定性会更好一些:https://posit.co/blog/pro-drivers-1-8-0-release/。用不同的浏览器访问Rstudio-server也有可能会有不同的性能表现,这里我推荐使用谷歌浏览器开启无痕模式进行Rstudio-server的使用。在正常浏览模式下,浏览器会缓存大量数据,如JavaScript、CSS文件和图片等。无痕浏览模式下,浏览器不会使用这些缓存数据,能够减少卡顿的风险。此外,还可以清除一下浏览器的缓存来提升浏览器的运行效率。当服务器或你本地电脑的CPU利用率过高、内存不足、磁盘I/O读写负荷高时也可能会引起Rstudio-server界面的卡顿。不过由于现在我们的共享服务器都是独立环境的(足够支持你完成硕博生涯的生信环境),硬件问题几乎不存在。所以需要优先考虑上面的几种情况。可以用htop命令来查看CPU的负载:
或者使用free命令来查看内存的使用情况:
如果在你没有运行任何程序的情况下发现CPU和内存的莫名占用,需要考虑是否被盗号。封禁相关程序和账号(可以填工单联系管理员)后重启系统即可: