Rstudio常见使用技巧

文摘   科技   2024-12-10 09:05   江苏  

写在前面

Rstudio是R语言最常用的IDE,这篇文章的目的是为了让大家快速熟悉Rstudio的布局与高频使用技巧。需要Rstudio-server服务器环境可见:有root权限的共享服务器

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生信Linux及服务器使用技巧

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Rstudio(server)使用技巧

rstudio布局

关于rstudio的布局可以通过rstudio界面顶部的 Worksapce Panes来设置。如无特殊说明,后文中所有的界面采用下图中红色标注的设置。

查看libpath中安装的R包

在rstudio右下角中选择Packages,然后再下方的搜索框中搜索。

新建一个终端

布局中左下角的位置可以查看 Console、Terminal、Background Jobs,如果不小心关掉了终端,可以这样新建一个终端。

关闭当前Session

布局中右上角可以关闭当前session(会话)

Start New Session

关闭一个session后可以创建一个新的session(会话)

终止代码的执行

执行代码

保存rstudio中的文件

rstudio崩溃会导致文件内容丢失,因此为了防止文件内容丢失,需要养成好习惯,经常对文件内容进行保存。使用 ctrl + s 即可保存文件。对于没有创建文件名的文件,需要手动设置一下文件名,对于已经创建文件名的文件则自动将文件内容保存在文件中。

未保存的文件在文件名的右上角会有一个星号:

查看R中的内存使用报告

在Environment中点击显示内存的下拉框按钮,然后点击 Memory Usage Report 就可以查看 R 和系统的内存使用报告了。

设置工作目录

大家都知道在R中可以使用setwd()可以设置工作目录,但有时候不知道该怎样描述设置的路径,可以参考下面图片将当前项目的目录设置为工作目录。如果你需要设置其他目录为工作路径,酌情更改即可。

rsession异常导致工作空间数据丢失

这里的数据丢失可能包括计算过程中的中间结果和未保存的代码。

避免数据丢失的方式是使用 ctrl + s 保存代码,将重要的工作空间中的变量保存带 Rdata 或 rds 文件中。

在终端中使用R

在终端(Terminal)中输入 R 进入到 R 的交互界面,可以在此交互界面执行 R 代码。

重启rstudio-server服务

如果 rstudio-server 服务异常,比如不能正常访问,可以尝试重启 rstudio-server 服务。

COPY# 重启
sudo service rstudio-server restart
# 查看运行状态
sudo service rstudio-server status

杀死rsession对应的用户进程

由于 rstudio-server 的性能问题,可能会出现在网页端访问 rstudio 卡住,不能加载出数据的情况,此时可以杀死当前的session进程,然后尝试重新登陆 rstudio-server。杀死进程可能会导致 workspace 中计算产生的结果丢失,因此要养成经常将计算结果保存在本地磁盘中的好习惯(保存为Rdata或rds文件),下次使用时直接从磁盘中加载就好了。

COPYps -ef | grep "/usr/lib/rstudio-server/bin/rsession -u $(whoami)" | grep -v grep | awk '{print $2}' | xargs kill -15

清除用户rsession

一个 rsession 对应一个 rstudio-server 的会话,用户与 rstudio-server 建立一个连接后,会话信息会保存在一个文件中,如果出现 rstudio 卡住、不能登陆等情况时,在杀死进程后还是没有解决问题,可以清除 session 文件再重新登陆。这一操作通常要搭配杀死rsession对应的用户进程使用,因此*可能会导致 workspace 中计算产生的结果丢失***。

COPY# 新版 rstudio 的 session 文件的存放位置
ls ~/.local/share/rstudio/sessions/active
# 如果有内容,则删除
rm -rf ~/.local/share/rstudio/sessions/active

# 旧版 rstudio 的 session 文件的存放位置
ls ~/.rstudio/sessions/active/session-*
# 如果有内容则删除
rm -rf ~/.rstudio/sessions/active/session-*

不在同一个浏览器界面打开多个rstudio应用

rstudio-server 使用的登陆机制会导致同一个浏览器界面打开的多个 rstudio-server 应用会互相干扰。比如:同界面的多个 rstudio 应用中,应用 A 的登陆回到应用 B 退出登陆。是否还有其他的干扰就不得而知了,因此更好的方式是使用不同的浏览器来访问不同的rstudio应用。当然,你也可以使用浏览器的私密模式。

无法使用root登陆?

出于安全考虑,rstudio-server不支持root用户登陆。需要新建其他用户用于登陆 rstudio 。




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